Мощи святителя Алексия, главную Чудовскую святыню, с начала обстрела 27 октября/9 ноября 1917 года перенесли в деревянном гробе в пещерную церковь, в подземелье, где 300 лет назад томился в заключении священномученик Патриарх Ермоген. Здесь, под нескончаемый грохот орудий, денно и нощно молились о России архимандрит Серафим со всей братией и гостями Чудова монастыря, делегатами Поместного Собора — будущим священномучеником митрополитом Петроградским Вениамином (Казанским), архиепископом Гродненским Михаилом (Ермаковым), архиепископом Новгородским Арсением (Стадницким), епископом Белостокским Владимиром (Тихоницким) и с Зосимовским старцем иеросхимонахом Алексием (Соловьевым).

Представители новой власти закрыли Кремль, с весны 1918 года начали поступать распоряжения о выселении монахов. Осложнилась и внутренняя жизнь братии. 26 июля 1918 года, в день празднования Собора Архистратига Гавриила, епископ Арсений и архимандрит Серафим навсегда покинули Чудов монастырь[23].

Погостив в Зосимовой пустыни, владыка Арсений и архимандрит Серафим переехали в августе 1918 года в Серафимо–Знаменский скит к схиигумении Фамари (Марджановой), любящей духовной дочери владыки. Матушка окружила изгнанников заботой; имея в лесу близ скита маленький домик, устроила для них киновию. Здесь, в полном уединении, они молились и трудились: копали грядки, рубили дрова. Отец Серафим читал Священное Писание по правилу преподобного Серафима: за неделю — четыре Евангелия, Деяния Апостолов и Послания. Ежедневно он сослужил епископу Арсению в киновийном храме во имя святителя Иоасафа.

Ежедневное совершение Божественной литургии навсегда сроднило их. Всю жизнь они считали потерянными дни, в которые не служили литургию без какой‑либо основательной причины: тяжелая болезнь, путешествие или заключение.

В конце лета 1919 года архимандрит Серафим был вызван Святейшим Патриархом Тихоном в Москву. Помолившись, проводил владыка Арсений своего друга и брата. Патриарх объявил, что имеет в нем нужду и желает видеть в епископском сане. Старец Алексий благословил отца Серафима на архиерейское служение.

3 января 1920 года, в день святителя Петра, митрополита Московского, в храме Троицкого подворья Святейший Патриарх Тихон совершил епископскую хиротонию архимандрита Серафима в сослужении митрополита Владимирского Сергия (Страгородского), архиепископа Харьковского и Ахтырского Нафанаила (Троицкого), епископа Вятского Никандра (Феноменова) и епископа Аляскинского Филиппа (Ставицкого).

Вручая посох новопоставленному епископу, Святейший сказал: «Господь призвал тебя быть епископом и сподобил сего великого сана в день празднования первого святителя Московского Петра. Сказано в тропаре сему святому, что он был утверждением граду Москве. Желаю, чтобы ты был для града Дмитрова тем же, чем был святитель Петр для Москвы. Будь и ты утверждением граду Дмитрову».

Во время праздничного обеда митрополит Сергий (Страгородский), взяв свою столовую ложку, заметил: «Советую, владыка, запастись ложкой, придется Вам в тюрьму идти. Не забывайте этого предмета, он там будет очень нужен».

Патриарх Тихон, напутствуя епископа Серафима на труды архиерейские, сказал: «Иди путем апостольским… где придется пешком — пешком иди. Нигде ничем никогда не смущайся. Неудобств не бойся, все терпи. Как ты думаешь, даром разве кадят архиерею трижды–по–трижды? Нет, недаром. За многие труды и подвиги, за исповеднические его болезни и хранение до крови веры Православной».

25 января 1920 года, в день святой мученицы Татианы, владыка Серафим прибыл в Богом данный ему удел. Еще в 1915 году, будучи Чудовским архимандритом, он проезжал Дмитров, когда вместе с епископом Арсением возвращался в Москву из Пешношского монастыря. Возле собора лошади стали и отказывались двигаться с места. Владыка и архимандрит пошли в собор и приложились к главной святыне города — Животворящему Кресту. Епископ Арсений сказал тогда, что событие это, видимо, не случайное, есть в нем указание на какое‑то Божие изволение. И теперь владыка Серафим, в сане епископа прибыв в Дмитров, прежде всего совершил благодарственный молебен.

Три года, проведенные им в Дмитрове, остались для жителей города незабываемыми. Пламенная молитва, приобщение отпавших, взыскание заблудших, утешение старцев, воспитание подростков, непрестанное поучение словом Божиим — таким было его служение.

Дмитровцы полюбили трогательное и вдохновенное служение владыки и старались не упускать возможность с ним молиться. После окончания службы они с пением молитв провожали его до самого дома. Вечерами после всенощной, в темноте, стоя на высоком крыльце, подолгу не расставался епископ со своими чадами, продолжавшими пение акафиста.

Спустя много лет, в 1930 году, находясь уже в изгнании в Меленках, владыка Серафим в письме к своей дмитровской пастве вспомнил это время: «Чада мои, зело о Господе возлюбленные, с ними же разлучен телом, но соединен духом в молитве, премного благодарствую за ваше приветствие моего недостоинства с десятилетнего моего странствия. Премного вспоминал вас всех, больших и малых, когда читал житие святителя Григория Акрагантийского, — в сем житии про вас написано: когда епископ вышел из церкви, весь бывший у утрени народ пошел за ним, ибо у акрагантийцев таков был обычай — всегда провожать своего епископа от храма до самого дома. Дошедши до своих дверей, святитель Григорий обращался к провожавшим, давал им разные наставления и благословлял их.

Когда прочитал я эти слова в житии, так и вспомнилась мне служба в Подлипецком храме, как вы меня всегда провожали до дома, и я своими грешными руками благословлял вас всех.