Приехали в Дивеево в канун дня преподобного Сергия, 17 июля 1926 года. В течение долгого времени Дивеевская игумения Александра не разрешала ссыльному владыке служить в храме. После его упорных просьб наконец согласилась — очистили подвальный храм во имя иконы Божией Матери «Утоли моя печали» под Тихвинской церковью. Здесь епископ Серафим стал служить раннюю литургию. Обычно он старался успеть закончить ее прежде, чем начнется служба наверху, для чего начинал литургию в четыре часа утра. После литургии шел на «канавку», обходя ее по завету преподобного Серафима, читая полтораста «Богородице Дево, радуйся». Заходил в келейку преподобного Серафима, перевезенную в Дивеево из ближней пустыньки в Саровском лесу. Потом молился у алтаря Преображенской церкви.

1 августа 1926 года, в день прославления преподобного Серафима, епископ Серафим вместе с епископом Зиновием ездил на праздник в Саров. Народу было множество. При выносе мощей злоумышленники пытались опрокинуть гроб преподобного, но Господь не допустил. В день Успения Пресвятой Богородицы, на престольный праздник, владыка вновь, уже один, молился в Сарове. Это было последнее торжество в Сарове и последнее архиерейское служение епископа Серафима. Когда он вернулся в Дивеево, приехал представитель нижегородского НКВД и объявил: в Дивееве служение разрешается, в Саров въезд запрещен.

Эту зиму епископ Серафим жил в комнатах Елены Ивановны Мотовиловой, в корпусе за «канавкой». 14 февраля 1927 года, после всенощной под Сретение, которую совершали дома в келии, он вдруг бросился к окну, к одному, к другому, с молитвенными восклицаниями: «Пречистая Дева Богородица идет по канавке. Не могу зреть пречудной Ее красоты и неизреченной милости!»

Бывало, владыка делился своими скорбями с блаженной Марией Ивановной. Сетовал, что брат Михаил все собирается принять священство, но это ему не удается. «Так дьячком и помрет», — заметила блаженная. Беспокоило владыку и то, что нет у них с игуменией Александрой надлежащего духовного общения. «На одной лошади из Дивеева вывезут», — ответила блаженная Мария Ивановна.

В Дивееве стал владыка свидетелем того, как из Сарова 30 марта 1927 года увезли мощи преподобного Серафима.

Осенью 1927 года приехали представители власти и объявили о закрытии Дивеевской обители. Пришли к владыке. «Куда хотите выехать?» — спрашивали. «На место своего служения — в Дмитров. И больше никуда». Незваные гости зачастили. Святыни пришлось убрать, поделили частички от келии, от лычка, от вещей преподобного. Мать игумения дала епископу часть мощей от главы преподобного Серафима.

Рождество Пресвятой Богородицы, престольный праздник обители, прошел благополучно. В ночь под 22 сентября были арестованы епископы Серафим и Зиновий, игумения Александра, старшие сестры и духовенство. Владыка выехал из Дивеева в одном с игуменией тарантасе, за кучера — владыка Зиновий и милиционер. Всех заключили в Арзамасскую тюрьму.

26 сентября, вечером под Воздвижение, когда во всех храмах выносили Животворящий Крест Христов для поклонения, заключенных этапом отправили в Нижний Новгород. Вскоре из Нижегородской тюрьмы пришли известия, что у владыки Серафима опять начались приступы каменной болезни. 8 октября 1927 года епископов Серафима и Зиновия, игумению Александру освободили, но 17 октября 1927 года епископов неожиданно вызвали в Москву. В Москве они искали пристанища, и владыка сказал: «Легче упокоиться навеки, чем так скитаться». На другой день отправились в главное управление ОГПУ. Их пригласил Тучков, принял вежливо. Предложил:

— Кого будем вам посылать для посвящения — посвящайте. Вот Вы, епископ Зиновий, и Вы, епископ Серафим, поезжайте, управляйте епархиями. Побывайте у митрополита Сергия, приходите, договоримся и поедете.

— Я морально не могу, — отвечал владыка Зиновий.

— Я монах, при посвящении во епископы давал обет управлять по каноническим правилам, — сказал епископ Серафим.

— Тогда в 24 часа выезжайте из Москвы подальше.

— Я — в Муром, — решил епископ Зиновий.

— А я — в Меленки, — сказал владыка Серафим.