23 января 1935 года, в 35 градусов мороза, выехали из Уральска, но, к счастью, через Москву. После трехлетнего отсутствия в Москве на Павелецком вокзале встретили духовные чада. Утром владыка причастил пришедших, и после молитвы все собрались вокруг владыки, а он поучал с теплой, отеческой любовью свою московскую паству в последний раз. 28–го вечером провожали в Омск с Ярославского вокзала, принесли на дорогу денег и гостинцев, чем очень поддержали.

30 января прибыли в Омск. После пяти дней пребывания в Омске ОГПУ приказало немедленно выехать в Ишим. Прибыли туда 3 февраля 1935 года ночью. До апреля, когда оканчивался срок ссылки, оставалось три месяца. Здесь нашелся старичок Александр Павлович, который пригласил владыку на жительство в дом с палисадником и квартирой на втором этаже. «Горницею устланною, яко красная палата», показалась комната ссыльным. Прежде всего устроили домашнюю церковь, и жизнь пошла обычным порядком: молитва утром, Божественная литургия, чай, отдых, чтение Священного Писания, чай, вечерняя служба, небольшой ужин, вечерние молитвы — и затворялся владыка, соединяя с отдыхом молитву и чтение даже и ночью. Прошла Пасха, наступило лето 1935 года. Срок ссылки закончился, но освобождения владыка не получил. Только осенью пришли бумаги. На предложение выбрать место жительства (минус шесть городов) епископ Серафим ответил, что решил остаться в Ишиме, где ему дали паспорт на жительство.

Добираться из Москвы до Ишима можно было без пересадок; не близко, но доступно всем. Духовные чада приезжали каждый месяц, привозили исповеди от всех и вопросы — владыка всем отвечал.

Во время частых болезней и сердечных приступов владыка говорил: «Умираю, прощайте, мои дорогие. Кто‑то меня отпевать будет?» 1 июля 1936 года пришло сообщение о смерти брата Михаила. «Я остался один из семьи, моя очередь», — сказал владыка и даже отслужил по себе отпевание. В конце 1936 года епископ Серафим хотел принять великую схиму, но постриг устроить не удалось.

В Ишиме Анна заболела тропической малярией. Три дня была без сознания, температура — выше сорока. Врач сказал, что такая форма малярии смертельна, но, когда владыка причастил Святых Христовых Тайн, — температура стала нормальной и больше не повышалась. Только тогда ей сказали, что ее считали безнадежной.

С Рождества 1937 года в Москве начались массовые аресты духовенства. Всю зиму владыка Серафим каждое воскресенье, произнося отпуст, добавлял: «Воскресый из мертвых Христос, истинный Бог наш… помилует и спасет нас. Слышишь: не только помилует, но и спасет, непременно помилует, непременно спасет».

Еще осенью хозяина вызывали в НКВД и обязали немедленно сообщить, если он заметит у владыки какие‑либо приготовления к отъезду. Последнее время какие‑то лица следили за каждым шагом ссыльных.

23 июня, в день памяти святителя Иоанна Тобольского, покровителя Сибири, владыка после службы и чая вышел в садик; возвращаясь, пропел дома «вечную память». Окончив вечерние молитвы, владыка ушел к себе. В это время через палисадник в дом вошли работники НКВД. Начался обыск, проверили все и увезли владыку в 5 часов утра 24 июня 1937 года. С Ишимской тюрьмы начался последний этап земной жизни владыки Серафима.

В ночь с 23 на 24 июня 1937 года в Ишиме арестовали 75 священноцерковнослужителей. Владыка был еле жив, вновь начались сердечные приступы, добавилось кишечное заболевание, температура 40°. В ответ на передачи писал дрожащей рукой, прося помощи, но тюремные стражи говорили, что температура не избавляет от этапа… 18 июля разрешили свидание, предупреждая: «Прощайтесь навсегда. Больше никогда его не увидите».

28 июля Анна и Клавдия, принесшие передачу, увидели, что во дворе тюрьмы идет перекличка и заключенные стоят рядами. Когда пересчитали всех, владыку с вещами посадили на повозку. «Прощайте, мои дорогие, больше не увидимся», — успел сказать он. У вагонов конвой обыскивал заключенных. Душно было, как перед грозой, и узники попросили попить. Послушницы умоляли конвоиров дать воды, но те отказали: нет разрешения, воду можно передать только кипяченую и с печатью врача.

Епископа Серафима поместили в товарном вагоне. Когда поезд уходил из Ишима, владыка трижды перекрестился и осенил обеими руками по–архиерейски остающихся. «Никто из наших попов не перекрестился, — заметили жители Ишима, — только владыка сам перекрестился трижды и всех нас благословил». Различие это бросилось в глаза, потому что в Ишиме было много обновленцев.

На следующий день Анна и Клавдия встретили поезд на железной дороге близ Омского вокзала. «Вот началась моя схима», — успел сказать им владыка. Путники изнемогали от жажды — прошли сутки без питья в июльскую жару. Говорили, что в тюрьме теперь всем остригают волосы, и владыка просил Анну: «Похлопочи, чтобы меня не стригли». Анна побежала хлопотать, и в прокуратуре распорядились: «московского архиерея не стричь»…

Стражники выводили арестованное духовенство, сажали в «черный ворон» и везли в тюрьму. Потом из набитой заключенными зловонной тюремной камеры узников отправили на кирпичный завод, превращенный в лагерь.

Передачу не брали, справок не давали: «У нас такого нет». Служащие признавались: «Хотя он и здесь, но иначе говорить не приказано. Находится там, куда передачи не допускаются». В Омской тюрьме епископ Серафим пробыл в камере–одиночке девять дней, затем — снова в переполненной камере, где были обновленцы, духовенство, снявшее с себя сан, и уголовники. Владыка страдал от камней в почках, мучился болями. Возле него на пол положили заключенного, избитого уголовниками до полусмерти. Епископ Серафим утешал его, подавал пить, кормил, и бедняга растрогался: «Никто не жалел. А Вы, сам больной, ухаживаете за мною». Владыка отвечал: «Есть душа, которая еще больше меня страдает».