Столь трезвое и вдумчивое отношение ко всем проявлениям «освободительного движения», умение видеть в них богоборческую природу и разрушительные цели (чаще всего прикрытые словами об общем благе) являются главной причиной участия отца Иоанна в патриотических союзах. Человек не только мысли и слова, но и дела, отец Иоанн был убежден, что все, кто видел в монархическом государстве защитника и охранителя православия, должны объединиться. Он яснее других понимал, что с падением царской власти жесткие удары будут направлены против святой Церкви. «Патриотические русские союзы, ставя православие во главу угла своего политического исповедания, делают это не по»тактическим соображениям», а по глубокому убеждению в истине, спасительности и исключительной духовно–культурной силе религии».

Беспредельно преданный Церкви, покорявший силой своего необычайно сильного и яркого слова сердца и умы многих людей, отец Иоанн посвящал свое время общественно–монархической деятельности, видя в патриотических союзах средство к внешней защите Церкви и святого православия. «Народ русский есть народ православно–христианский, составляющий царство христианское, имеющее мировое призвание, указанное Промыслом, — призвание сохранить и распространить святую истину православия; народ наш входит в Церковь, гибель его есть потрясение Церкви, следовательно потрясение мира и человечества, есть умаление истины… Служить в этом смысле народу — значит служить Богу, Христу, Церкви, истине, православию, спасению мира и человечества. Патриотизм и национализм тогда — не цель, а средство для высшей цели, для служения вечной истине». В 1912 году он вышел из всех монархических союзов, когда увидел, что их руководители стали национально–политические цели ставить выше религиозных.

Горячая ревность отца Иоанна Восторгова о благе святой Церкви, мужественная защита православия от клеветы, искренняя любовь к царю и, несомненно, активное участие в патриотических организациях навлекали на него нападки тех, кто, напитавшись «прогрессивными» идеями, испытывал явную или скрытую вражду к православию и вековым отечественным традициям. «Тяжкая тревога закрадывается в сердце при виде этой зияющей бездны ненависти, окружающей Церковь и истинно церковных людей, — писал отец Иоанн. — Мы видим опасность: все эти рассуждения, таящие ненависть к Церкви, однако прикрытые и замаскированные общелиберальными и прогрессивными фразами то о свободе, гуманности и прочих приманках современности, то о свободе и силе самой Церкви, делают свое пагубное дело».

Отец Иоанн, все свои колоссальные силы и время отдававший церковному делу, почти не участвовал в полемике. На выпады против себя отец Иоанн старался не отвечать. Лишь однажды, когда Н. Н. Дурново выпустил брошюру, в которой отца Иоанна Восторгова обвиняли в блуде и присваивании казенных денег, он выступил с опровержением. Упомянутое сочинение и аналогичные публикации побуждают задуматься об умственном и душевном здоровье авторов. Так, Дурново писал: «Русская революция выдвинула чуть не на высоту расстриг: архимандрита МихаилаЖидовина, попа Георгия Гапона, Огнева, Тихвинского, Бриллиантова, Григория Петрова и о. Иоанна Восторгова». В своем опровержении отец Иоанн писал: «Полагаю, что для многих и, особенно, для меня — совершенная новость, что я будто бы»расстрига». Кто и когда и за что с меня снял сан и расстриг, не знаю и не помню. Но я ведь состою на службе, совершаю богослужения, проповедую, имею должность при Святейшем Синоде, получаю различные поручения, и в формуляре у меня не значится, что я лишен сана».

Ложные печатные обвинения, несмотря на их фантастичность, подхватывали недоброжелатели и распространяли повсюду. В проповеди, произнесенной 24 августа в станице Ново–Александровской, в которой прошло детство отца Иоанна, он говорил: «Вы знаете, что по рассказам ваших смутьянов, усердно распространяемым здесь, на моей родине, и я будто бы за что‑то сослан в Сибирь, совершал преступления, убил жену, бежал даже в Америку. Все это клевещут за то одно, что я остался верен долгу и присяге, Богу, Царю и отечеству и, как ныне перед вами, везде, куда Бог привел меня учить, я обличал смутьянов, бунтовщиков и лжеучителей. Но вы видите, вот я пред вами, не сослан, не обвинен и не был никогда и никем обвиняем в преступлениях». С сожалением нужно признать, что и среди людей, находившихся в церковной ограде, в том числе священников, были те, кто, поддавшись настроениям социально–общественного обновления или будучи теплохладными в вере, питали к отцу Иоанну неприязнь.

Он глубоко печалился от этого, но утешался тем, что люди, которые его знали и были едины в общем деле служения Церкви, его горячо любили. Принимая в августе 1912 года по завершении пастырско–миссионерских курсов в дар Албазинскую икону Божией Матери, он сказал: «Святыня эта будет знаком нашего духовного с вами общения. Ведомо вам и то, что мне приходится идти часто над зияющей бездной ненависти человеческой. Страшно заглядывать в нее, и нередко сердце сжимается от боли и естественных страхований. В эти минуты ваш святой дар будет у меня перед глазами — укреплением и утешением. Он мне будет говорить о том, что на пути моем встречал я не одних врагов, но встречал и друзей, не одну ненависть, но и любовь».

Указом Святейшего Синода от 16 февраля 1908 года отец Иоанн Восторгов был назначен членом Особого Совещания при Святейшем Синоде о миссионерском деле для разработки мер к наилучшему устроению внутренней и внешней миссий и к оживлению их деятельности.

1909 год прошел для отца Иоанна, как и предшествующий, в напряженных делах и многотрудных поездках. Митрополит Московский Владимир утверждает его 4 января в звании Товарища Председателя Братства Воскресения Христова в Москве.

В конце 1909 года Государь Николай Александрович поручает ему совершить поездку по восьми переселенческим епархиям (включая Владивостокскую) для определения порядка открытия в них новых приходов и школ, построения церквей и школьных зданий. Святейший Синод сделал эту поездку еще более насыщенной, поручив отцу Иоанну: 1) обозрение состояния и дел Пекинской духовной миссии в Китае; 2) рассмотрение на месте вопроса о епархиальном управлении церквами Северной Манчжурии в связи с возникшими разногласиями между Пекинским и Владивостокским епархиальными начальствами; 3) обозрение духовных семинарий, духовных мужских и женских епархиальных училищ в восьми епархиях Зауралья. Кроме того, Совет Православного Миссионерского общества поручил ему ознакомиться с состоянием миссионерского дела в Японии и Корее с обозрением местных миссионерских учреждений.

В течение многих месяцев он совершал путешествие по обширным просторам Сибири, Китая, Кореи, Манчжурии и Японии. Исполнение такого множества поручений было под силу лишь недюжинному по своим духовным и физическим силам человеку. Дневниковые записи, сделанные отцом Иоанном в этой поездке, свидетельствуют о его высоком чувстве долга и самоотверженности ради блага святой Церкви и своего отечества. К примеру, такая запись: «Проехал Китай и Японию, посетил Сеул, Чемульно, а оттуда прорезал всю Корею к северу с большими неудобствами и лишениями через реку Ялу и горы Манчжурии, мимо знаменитого Тюринчена. Посетил всюду могилы русских воинов, совершил везде панихиды».

Понаблюдав за жизнью переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке и очень хорошо поняв их духовные нужды, отец Иоанн пришел к мысли организовать в Москве пастырско–миссионерские курсы по подготовке священников и учителей для создаваемых в переселенческих районах приходов и школ. Он издал пособие «Народно–Миссионерские и Катехизаторские курсы» с подробными программами занятий, с указанием учебников и руководящими статьями по этому вопросу.

Московские курсы, проходившие с 15 октября 1909 по 15 февраля 1910 года, менее всего походили на просветительский лекторий. Они оживотворялись участием слушателей в пастырской практике: слушатели четыре раза в неделю посещали богослужения, произносили проповеди, вели в различных местах Москвы миссионерские беседы с сектантами и раскольниками, проводили совместные собрания с церковнопросветительскими обществами (Миссионерским обществом, Православным Палестинским обществом, Братством Петра–митрополита и др.), совершали паломнические поездки в Тоице–Сергиеву Лавру, в Ново–Иерусалимский монастырь и др. Работа курсов оказалась успешной: 105 слушателей было рукоположено для переселенческих приходов в Сибири и на Дальнем Востоке.

«Этот человек незаурядного ума и огромной энергии, — писал об отце Иоанне протопресвитер Михаил Польский, — отлично справился с этой трудной задачей, избирая в священники способных псаломщиков и сельских учителей и подготовляя их на специальных курсах. Особенно поразительны были результаты обучения проповедничеству. В год по его методе ученики совершенно овладевали церковным ораторским искусством. Коллективно разработанные его учениками проповеди печатались и раздавались после произнесения их по церквам». Сам отец Иоанн писал: «Я могу сказать собратьям — пастырям одно: попробуйте только раз завести народно–катехизические или народно–миссионерские курсы, возьмите хоть несколько человек для обучения, проведите чрез 4—6 месяцев правильного обучения — ручаюсь, что потом от этого святого дела и радостного труда сами уже не отойдете. Вы увидите преданных прихожан, отличных и осведомленных сотрудников по миссии, воистину чад духовных, любовью преданных Церкви и пастырю. Вкусите и видите, прииди и виждь — вот единственно путь к тому, чтобы убедиться в пользе курсов. Надо собирать чад Церкви, скреплять их, единить пасомых, вооружать духовным оружием, и тогда мы будем пастырями, а не требоисполнителями, не формальными лекторами–проповедниками с церковной кафедры, а будем стоять в центре живого дела, окруженные живыми людьми, близкими нам, верующими и ревностными, — и тогда посрамится всякое сектантство. Тогда будет успешна борьба с тем, что, может быть, опаснее открытого сектантства: с сектантствующим настроением, с сомнениями и недоумениями, которые часто долго живут среди членов Церкви, постепенно охлаждая их преданность православию».

Отец Иоанн широко создавал народно–миссионерские курсы на уровне приходов. «Такие курсы теперь ведутся во многих местах Москвы… и имеют до 8 тысяч слушателей, которые объединяются в «Братстве Воскресения», имеют свою газету «Церковность», — писал он.