В 1910 году отец Иоанн предпринял еще одну поездку для изучения духовных нужд переселенцев. На этот раз он объехал Туркестан от персидской границы до северных пределов Сырдарьинской области, посетил Семиреченскую и Семипалатинскую области. В этом же году он участвовал в работе Общесибирского Миссионерского съезда, проходившего в Иркутске с 24 июля по 5 августа 1910 года. Общим собранием съезда отец Иоанн был избран Товарищем Председателя.

К мысли о проведении такого съезда отец Иоанн пришел еще в 1908 году во время поездки по Сибири в качестве синодального проповедника–миссионера. Предложение это было поддержано Иркутским епархиальным начальством и одобрено Святейшим Синодом.

Отцу Иоанну было поручено сделать при открытии съезда доклад, в котором он, в частности, сказал: «Собрались здесь миссионеры под небесным благодатным покровом у раки святого миссионера святителя Иннокентия, жизнь которого, от земных утеснений и скорбей до небесной славы, есть как бы символ пути всякого миссионерского делания… Здесь пройдут пред нами, как ободрение и живое поучение миссионерам, величавые образы двух современных апостолов: одного — архиепископа Николая, полстолетия подвизавшегося в Японии и создавшего там из ничего Церковь из язычников, его представитель здесь — преосвященный Киотский Сергий; другой, среди нас находящийся, апостол Алтая архиепископ Макарий. Каждый из них полстолетия горит на свещнице Церкви, каждый перейдет в историю, каждый примером своей жизни и деятельности показывает нам, как много может сделать ревность, молитва и благочестие в святом апостольском деле».

По возвращении в Москву неутомимый синодальный миссионер участвует в организации Высших Богословских женских курсов в Москве. Митрополит Владимир назначает его 5 октября 1910 года руководителем курсов. Через два дня он возлагает на отца Иоанна еще одну обязанность — Председателя Совета по управлению Московским епархиальным домом.

С 15 ноября по 15 декабря 1910 года отец Иоанн руководит первыми Московскими епархиальными миссионерскими курсами. В январе 1911 года по благословению Святейшего Синода отец Иоанн посетил Рим и город Бари, где приобрел земельный участок для строительства православного храма и странноприимного дома для паломников, приезжающих из России поклониться мощам святителя и чудотворца Николая. В августе 1911 года с соизволения Государя Николая Александровича он становится членом комитета по строительству в городе Бари храма и странноприимного дома.

Определением Святейшего Синода протоиерей Иоанн Восторгов был направлен в Белгород для произнесения проповедей в дни праздничных торжеств в связи с открытием святых мощей святителя Иоасафа Белгородского.

В 1912 году отец Иоанн организовал для Сибири и Дальнего Востока выездные пастырско–миссионерские курсы: в июле в Тобольске и в августе в Хабаровске.

25 ноября 1912 года митрополитом Московским стал Высокопреосвященный Макарий (Невский). Он, как и его предшественник по кафедре, высоко оценил деятельность отца Иоанна и опирался на него как на одного из ближайших своих помощников, прежде всего в делах миссионерских.

В 1913 году протоиерей Иоанн Восторгов был назначен настоятелем Покровского собора на рву (Собора Василия Блаженного). Для отца Иоанна это было очень значимым событием. Он, несомненно, имел особое призвание к священству: человек глубокой церковности, обладавший огромными пастырско–педагогическими дарованиями, выдающийся проповедник, неутомимо–ревностный в служении и послушаниях христианин. Лишь один год приходского служения молодого батюшки в селе Кирпильское принес замечательные плоды. Хотя большая часть его дальнейшей жизни была посвящена исполнению важнейших общецерковных послушаний, священство свое он всегда считал самым драгоценным достоянием. В слове на праздник Сретения Господня (2 февраля 1901 года) в церкви Тифлисской Духовной семинарии он сказал: «Священство, подобно царству и пророчеству, не есть сословие, оно выше этого обычного деления общественной жизни. Если же мы, носители священства, говорим о нем как о духовном первородстве, то, как видите, говорим с чувством трепетного смирения и сознания своего недостоинства… И доныне, и до конца времен, и на вечные веки священство во Христовой Церкви имеет значение, подобное первородству Иакова: оно есть первенец духовный, оно есть залог жизни духа, оно есть семя мира, оно есть жертва Богу всенародная, всемирная».

Свое священство отец Иоанн сознавал как великую милость Божию к себе и стремился до последнего дня своей земной жизни быть верным и достойным этого дара. Принимая 21 мая 1900 года от своих чад наперсный крест, он сказал: «Вы подчеркиваете мою любовь к долгу моего звания. И в эти минуты и пред этим крестом не могу я отречься от того, что действительно люблю его больше жизни».

Протоиерей Иоанн обладал высоким даром проповедника. Исключительная сила его поучения и назидания заключалась и в кристальной ясности творческой мысли, и в красоте выразительного слога, и в удивительной цельности его духовно–нравственного облика, насквозь пронизанного духом церковности, и конечно в чуткости и отзывчивости ко всем нуждам современной ему жизни. Все его слова, беседы, поучения и статьи исполнены стремления на все жизненные вопросы пролить свет высшей евангельской правды. Проповеди его производили на современников сильное и благодатное воздействие.

В начале 1915 года умерла жена протоирея Иоанна — Елена Евпловна (урожденная Маковкина). Сколь велико было его переживание, известно из письма отца Иоанна к митрополиту Макарию: «Возлюбленный и незабвенный Владыко, отец мой и архипастырь! От всей души благодарю Вас за слово участия и соболезнование моему горю. Тяжело оно, несказанно тяжело, но да будет и совершится воля Божия. Теперь уже нет у меня ничего на земле, в смысле земных плотских привязанностей: пусть безраздельная любовь к Святой Церкви и служение ей совершенно заполнят мою жизнь».

Митрополит Макарий, ценивший протоиерея Иоанна Восторгова как выдающегося церковного деятеля, специальным Представлением от 22 апреля 1916 года предложил Святейшему Синоду возвести отца Иоанна по принятии монашества в сан епископа, викария Московской епархии, с целью объединения в митрополии всего миссионерского дела. Владыка Макарий закончил Представление надеждой найти в лице Иоанна Восторгова умелого и верного пособника во всяком добром и церковном деле, особенно в деле миссии и организации приходской жизни.

Предложение это вызвало новую волну клеветнических выступлений против отца Иоанна. В связи с промедлением Святейшего Синода в решении вопроса о епископстве отца Иоанна владыка Макарий 23 мая направил дополнительное Представление. Касаясь публикаций против отца Иоанна, он писал: «Заметки и статьи не сообщают ровно ничего нового и повторяют старые клеветы на протоиерея Восторгова, давно и документально опровергнутые, пишутся его недоброжелателями — личными завистниками, охотно печатаются на страницах противоправительственных и противоцерковных газет, очевидно, потому, что в протоиерее И. Восторгове они справедливо опасаются найти сильного и опасного для них борца за Святую Церковь и за государственный порядок, чем он доселе и отличается. Для доказательства неправды всех изветов прилагаю несколько экземпляров его брошюры, составленной в ответ на обвинения некоего Н. Дурново, давнего и известного хулителя русских архиереев и церковных деятелей».