По окончании академии Роман Иванович был назначен помощником инспектора, затем инспектором Виленской Духовной семинарии и прослужил в этой должности до 1900 года. 7 января 1901 года Роман Иванович по благословению отца Иоанна Кронштадтского сочетался браком с Анной Николаевной Невзоровой, которая училась вместе с сестрой Романа Ивановича Ольгой на медицинских курсах. Отец Анны Николаевны служил священником в Старорусском уезде Новгородской губернии. Это был благочестивый священник, сподобившийся праведной, мирной кончины. Он умер в день своего Ангела после причащения Святых Христовых Таин во время служения литургии.

3 марта 1901 года епископ Черниговский и Нежинский Антоний (Соколов) рукоположил Романа Ивановича в сан священника ко храму Воздвижения Креста Господня, находившемуся в имении помещика Неплюева, возглавлявшего в то время Крестовоздвиженское братство, в основу деятельности которого были положены скорее коммунистические идеалы, нежели христианские. В братстве ограничивалось вмешательство приходского священника в жизнь братчиков, в результате чего он становился здесь исключительно требоисполнителем. Руководителем духовной жизни братчиков был сам помещик Неплюев, что приводило к конфликтам между священниками и помещиком. Неприемлемым для священников было и то, что основой материального благосостояния братства было производство и продажа спирта. Увидев, что существующих в братстве порядков он никак не сможет изменить, отец Роман послал обстоятельный доклад епархиальному архиерею. Одновременно он подал в общее собрание членов братства свое суждение о религиозно–нравственной стороне жизни братства, где ставил на вид принципиально нехристианское отношение ко многим людям, не состоящим в братстве. «В отношениях к»не братьям», — писал он, — рекомендуется жесткость и бесчувственность через принципиальное отвержение необходимости для себя частной благотворительности… Это показывает, что»высшая систематическая благотворительность»братства — мертвая умственная выкладка для замаскирования своего эгоизма и скупости, а не составляет истинной потребности братства на основе жалости к человеческому горю… Отсекать от себя частную благотворительность — значит… отсекать от себя питающие соки живого чувства, значит застраховать себя от возможного сознания своих ошибок и мертвости своего дела через встречу с истинною человеческою бедою».

Отец Роман заметил руководителю братства, что тот сознательно держит членов братства в состоянии невежества. «Усвоения православного учения почти нет, — писал он. — Первоначальное научение в начальной школе и то же первоначальное научение в низших сельскохозяйственных школах при одном–двух уроках в неделю и только — этого времени для приобретения полноты учения Церкви крайне недостаточно. Так дело обстоит в школах. В братстве еще хуже… Учредитель братства не желает большого умственного развития для членов братства; он прямо боится его и считает излишним…»

Все эти принципы и установки братства создавали тяжелые отношения между членами братства и священниками — ни один из них не смог прослужить в братстве в течение сколько‑нибудь продолжительного времени. Столкновения с жесткими принципами братства привели к тому, что отец Роман вынужден был определить для себя, каким он видит образ христианского пастыря, что считает идеалом и от каких принципов считает невозможным отказаться. Его церковные представления о месте пастыря в приходе и принципы, которыми руководствовалось братство, оказывались в непримиримом конфликте. Отец Роман писал по этому поводу в своем письме братству: «Братство доселе еще не стало на путь чистого, святого добывания хлеба. Этому мешают винокуренный завод и смешение помещичьего хозяйства с братским. Настоящая экономическая организация братства грозит обратить его в коллективного помещика, весьма тяжелого для округи, поскольку всякая частная благотворительность является запрещенной по уставу. Получается самая жесткая форма капиталистического строя, без всякого приражения не только христианских, но и просто человеческих чувств. Труд братства потерял нравственнооздоровляющее значение, следовательно, по своему жизненному принципу братство неуклонно стремится в самоуслаждение… По вопросу о постах у братства существует грустный софизм. Не соблюдавший их истово блюститель странно переиначил слова Апостола о ядении мяса, говоря, что по нашему времени их надо бы понимать так: не буду поститься вовек, чтобы не соблазнить брата моего — соседнюю крестьянскую округу, твердо соблюдающую посты… Братство принципиально закрывает себе дорогу, ведущую к самоотречению и смерти для мира и греха.

Могут ли после этого быть у братства чистыми отношения к главному условию духовного развития — Церкви и ее служителям. Есть в братстве ходячий принцип о предпочитающих торговать своим трудом и духовными силами вместо того, чтобы состоять членом трудового братства. По этому принципу священник, получающий от братства жалованье, есть лицо, продающее ему свой труд и духовные силы. Уж не покупает ли у него братство и благодать таинств за платимое ему жалованье? Едва ли благоразумно ставить себя в такое странное положение в отношении таинств.

Исторические отношения братства к православному священнику ненормальны. Братство постоянно разделяло в священнике нравственную личность и носимый им сан и через то открыло себе широкую дорогу для осуждения и попирания священства. Согласно этому разделению, все в пастырском руководстве неприятное для овцы и стада может быть относимо к личности священника, не имеющей никакого отношения к носимому им сану. Пастырь должен пасти овец, как того желают овцы. Если же, согласно указаниям своей совести и долга, пастырь станет призывать овец к покаянию в сладких для них грехах, овцы назовут это недостойным сана православного священника стремлением к духовному деспотизму и попиранием прав мирян православной Церкви на устроение жизни согласно их личным убеждениям.

Священство — не колдовство, таинства — не шаманские действия. Возможно, и бывают священники, сана недостойные, когда необходимо отделять личность от священства, так как Господь может действовать и через недостойное посредство. Но общая норма — не такова. Священство есть сила нравственно–мистическая. Огульное разделение между священным саном и личностью священника вносит разделение смерти в основную церковную жилу. Презирать священника как личность и получать от него Святые Тайны — не дело доброго мирянина. Добрый мирянин, если увидит болезнь в пастыре, отнесется к ней по примеру Сима, а не несчастного его брата, будет болеть от мысли, как прикрыть отчую наготу, сам пойдет во священники и покажет, каким должен быть истинный пастырь. Если же братство этого не сделало даже на одном примере, то пусть убоится предаваться осуждению священства… В противном же случае пусть вспомнит об участи третьего сына Ноева».

В 1902 году отец Роман получил назначение в храм Марии Магдалины в Санкт–Петербурге. Здесь во время его служения образовалась многочисленная духовная община и было организовано общество трезвенников. Священник всего себя посвятил приходской деятельности, и эти несколько лет напряженной жизни сказались на состоянии здоровья: он и его жена заболели туберкулезом, и дальнейшее пребывание в климате Санкт–Петербурга было сочтено врачами опасным для них. Но была и иная причина переезда отца Романа из Петербурга. В 1907 году на квартиру к нему пришел Григорий Распутин, и отец Роман, будучи человеком прямым, счел нужным в лицо высказать пришедшему свое мнение о нем. В гневе и раздражении покинул тот священника и вскоре ему отомстил. Через две недели последовал указ Святейшего Синода о переводе отца Романа полковым священником в город Томашов Польский, на границу Польши с Германией.

Перед тем как туда отправиться, отец Роман с женой поехал к отцу Иоанну Кронштадтскому и рассказал о случившемся.

— Это все кратковременно, все будет хорошо, скоро он о тебе забудет, — сказал отец Иоанн.

И действительно, уже через несколько месяцев пришел указ о назначении отца Романа настоятелем Свято–Владимирского адмиралтейского собора в Севастополе и благочинным береговых команд Черноморского флота. В его подчинении были СвятоВладимирский собор и храмы Покрова Божией Матери, Архистратига Михаила на Екатерининской улице и святителя Николая на Братском кладбище на Северной стороне и около пятидесяти священников.

Летом 1912 года произошло восстание матросов на линкоре «Святой Иоанн Златоуст». Для оздоровления нравственной обстановки среди моряков отец Роман предложил командованию флота употребить духовное средство — индивидуальную исповедь, дабы с помощью таинства покаяния поднять дух моряков. Командование согласилось.

После ликвидации восстания командующий флотом обратился к протоиерею Роману с вопросом — нужно ли вводить во флоте тайную полицию для выявления настроения моряков? Отец Роман заверил командующего, что настроение моряков здоровое, и тайная полиция введена не была. По поручению командующего протоиерей Роман написал и выпустил книгу «Дисциплина и товарищество».

Многие послушания в Свято–Владимирском соборе несли в то время сами матросы, на них же был возложен и тарелочный сбор. Некий моряк по фамилии Докукин решил этим воспользоваться и стал красть церковные деньги. Вскоре он был уличен и по распоряжению отца Романа отправлен на корабль. После февральской революции 17–го года был организован солдатско–матросский революционный комитет, и Докукин стал его председателем. В декабре 1917 года комитет постановил арестовать и расстрелять протоиерея Романа, но из‑за того, что священник был весьма известен и очень любим народом и отсутствие его на Рождественском богослужении могло вызвать возмущение верующих, решили исполнение постановления отложить до святок. Один из матросов предупредил супругу священника о готовящейся расправе, и она купила билет на поезд, который отходил в самый день Рождества. Отслужив Рождественскую службу, отец Роман, не заходя домой, отправился на вокзал. Хорошо знакомый ему начальник вокзала посадил его в вагон еще до того, как состав был подан к перрону. Все вещи Анна Николаевна отвезла накануне, и они были заблаговременно отнесены в купе. Во время посадки пассажиров на перроне дежурила революционная стража на случай, если бы отец Роман решил уехать, и ночью члены революционного комитета пришли арестовывать священника. Они перерыли весь дом, допросили Анну Николаевну, которая во все время обыска держала на руках шестимесячную дочь Ирину. Анна Николаевна держалась мужественно, сказалась ничего не знающей о местонахождении мужа, и матросы ушли, но затем приходили с обысками еще несколько раз.