2(15) декабря 1918 года епископ Феодор (Поздеевский) в Троицком соборе Данилова монастыря рукоположил монаха Агафона в сан иеродиакона, а 9 октября 1920 года в храме Троицкого Патриаршего подворья Патриарх Тихон рукоположил его в сан иеромонаха.

На каких бы послушаниях отцу Агафону ни приходилось трудиться, он никогда не прерывал внутренней духовной работы. Внимательный ученик строгого старца, он воспитывал себя в нищете духовной, находя удовлетворение душе своей в строгом иноческом делании. После рукоположения в сан иеромонаха он первое время старался сторониться людей, посетителей монастыря, ограничиваясь лишь краткими ответами на задаваемые вопросы.

30 января 1923 года скончался игумен Герман, и вскоре Зосимова пустынь была закрыта. Отец Агафон по благословению иеросхимонаха Алексия (Соловьева) переехал в Москву. Его приютили духовные дети отца Алексия, жившие на Троицкой улице, неподалеку от Патриаршего подворья. Хотя семья, в которой он поселился, была многодетной, ему дали отдельную комнату, которая стала на несколько лет его кельей.

«Келья была маленькая, в одно окошечко, выходившее в сад бывшего Патриаршего подворья. Туда не проникала уличная суета. В переднем углу справа от окна стоял киот с иконами. Вдоль стены была убогая постелька, покрытая куском полосатого ситца. Кроме киота, были две большие иконы: Господа Вседержителя с Евангелием и Божией Матери Черниговской. Над постелькой висели портреты старцев. Из других святынь у батюшки были очень почитаемые им мощи святых мучеников, лежавшие в верхнем отделении киота, часть пояса Пресвятой Богородицы, мощи преподобного Сергия Радонежского в небольшом серебряном медальоне и большой медный крест — благословение из Казани», — вспоминала духовная дочь отца Агафона.

В октябре 1923 года епископ Варфоломей (Ремов) пригласил отца Агафона и некоторых других из братии Зосимовой пустыни в создаваемое им братство в Высокопетровском монастыре. 18 мая 1924 года епископ Варфоломей возвел отца Агафона в сан архимандрита и назначил наместником монастыря. Главным деланием отца Агафона в монастыре стала исповедь монашествующих и приходящих в монастырь богомольцев. Владыка Варфоломей предоставил ему просторный левый клирос храма во имя преподобного Сергия Радонежского. Вначале отца Агафона ожидало два–три человека, но со временем людей становилось все больше и больше; он был очень внимательным духовником, и скоро вокруг него собралась самая большая паства в Петровском монастыре. Его духовническая деятельность не у всех, однако, находила сочувствие. Были прихожане, которые говорили, что он рано начал старчествовать, были скорби и от братии.

В середине 1924 года Петровский монастырь был закрыт и монашествующие нашли прибежище в одной из московских церквей на Антиохийском подворье.

Вскоре епископу Варфоломею удалось отхлопотать стоявший в то время закрытым большой холодный Боголюбский собор, находящийся неподалеку от входа в монастырь. Здесь братия подвизалась в течение нескольких лет. В это время архимандрит Агафон совершал литургию лишь в воскресные дни, в остальные дни он исповедовал на отведенном ему владыкой левом клиросе. По воспоминаниям очевидцев, отец Агафон исповедовал, сидя в маленьком креслице. Он внимательно слушал говорящего, иногда ненадолго закрывал глаза, сам говорил очень мало, лишь иногда задавая какой‑нибудь необходимый вопрос; иногда только разрешит грехи, ничего не говоря, иногда скажет слово, которое точно насквозь пронзит душу. Молодых девушек, которые приходили к нему, отец Агафон старался подготовить к монашеству. Некоторые из них, наиболее решительные, сразу разрывали связи с миром и принимали монашество, другие продолжали жить в семье, учиться и работать, не оставляя намерения принять в будущем монашеский постриг.

Духовная дочь отца Агафона вспоминала впоследствии: «Руководство к монашеству не было поспешным, не было делом одного дня, оно не было и внешним; напротив, оно было как сама жизнь: постепенным, простым, повседневным, действующим во всяком случае и событии…

Основой духовного руководства, особенно для идущих по монашескому пути, было искреннее, всестороннее, без утайки откровение всех своих поступков, мыслей и даже начатков этих мыслей. Только после этого откровения батюшка принимал душу и вел ее.

Батюшка считал важным, чтоб мы следили за своими чувствами, мыслями, поступками, за своей душой, чтобы, начиная с того момента, как мы встали, мы отдавали себе отчет в том, что было не как должно.

Приходящий к старцу должен был говорить все, что он переживает, называть вещи своими именами, пусть эти помыслы были некрасивые и пусть было очень трудно их исповедовать. Но чем бывало труднее исповедовать, тем батюшка серьезней становился. Некоторым он говорил:«Я могу хоть день сидеть, слушать, как ты доберешься до главного. Вот ты показала наружность‑то, а серединку‑то не показала. Орешек надо расколоть, показать, что в орешке, а не только снаружи — скорлупку показать».

Если не было возможности рассказать отцу весь свой день, мы должны были записать все свои поступки и движения сердца. Иногда это не была настоящая вражда или настоящий грех, а было только мысленное приражение:«Такой‑то смутил, на того‑то подумала, тем‑то огорчилась, на того‑то посмотрела не так». Как встал, как помолился, как пошел, где рассердился, где покричал — все нужно было писать.

Одни писали кратко, другие подробно, кто как умел. Батюшка не требовал, чтобы помыслы были мудреными, напротив, он предостерегал от этого. Больше всего он любил, чтобы после каждого поступка или худой мысли было написано»простите».«Почаще это слово пиши — это самое полезное», — учил отец.

В 1926 году батюшка счел, что пришло время положить начало и монашеству. Постепенно, по благословению владыки, он начал совершать тайные постриги в рясофор. Большего батюшка не благословлял. Мы были молодые, но он говорил так:«В ряске проскочишь, — то есть справишься с искушениями в миру: ты же в миру живешь, — а в мантии — запутаешься».