В середине декабря 1931 года отец Игнатий был арестован. В тюрьме его продержали десять дней. Хозяева квартиры, где он жил, стали настаивать, чтобы он прекратил прием духовных детей дома, и он был вынужден переехать жить в другое место, в Никоновский переулок. Монахиня Афанасия (Давыдова) и Вера Вишвякова обменяли свои квартиры на одну, и получилось три комнаты, в одной из которых поселился отец Игнатий.

В октябре 1933 года был закрыт храм преподобного Сергия на Большой Дмитровке и монахи перешли служить в храм Рождества Богородицы в Путинках. В 1934 году, перед праздником Покрова Божией Матери, священноначалие под давлением НКВД запретило схиархимандриту Игнатию прием народа в церкви, и он был отправлен на покой. Отец Игнатий сказал тогда, что поскольку для него все дети духовные равны, то он больше никого принимать на исповедь не будет. Смиряясь перед постановлением церковной власти, отец Игнатий, тем не менее, болезненно переносил невозможность принимать духовных детей; некоторое время он тяжело хворал, сильно страдая от головной боли. В это время батюшка углубился в чтение святоотеческих книг, находя в них ответ и поддержку.

10 апреля 1935 года схиархимандрит Игнатий был арестован и заключен в Бутырскую тюрьму. Тогда же были арестованы иеромонах Косма (Магда), монахини Афанасия (Давыдова) и Агафона (Комарова), Анастасия Печникова и Агриппина Дворецкая, духовная дочь протоиерея Романа (Медведя).

Обосновывая необходимость ареста старца, сотрудники НКВД написали: «Архимандрит Агафон, разыгрывая из себя юродивого (искусственно трясет руками), среди верующих пользовался авторитетом прозорливца и блаженного, имеет большое количество последователей (духовных детей), которые находятся под его полным влиянием, систематически посещают его квартиру, где он обрабатывает их в религиозном и контрреволюционном духе. При этом архимандрит Агафон внушает своим почитателям о необходимости систематического посещения церкви, и в случае невозможности ходить в церковь из‑за работы в советских учреждениях он советует уволиться с работы.

Последовательница архимандрита Агафона тайная монахиня Агапия (Агриппина Емельяновна Дворецкая) по его указанию у себя на квартире производит прием верующих, которым она предсказывает будущее и дает советы, проводя при этом антисоветскую агитацию.

Часть последователей архимандрита Агафона по возвращении из ссылки, не получив московского паспорта, по его указанию поселились под Москвой, где под его руководством проводят антисоветскую агитацию. Так, проживающая в городе Можайске монахиня Анастасия Печникова проводит среди населения систематическую антисоветскую агитацию, распространяет ложные слухи о войне и скором падении советской власти».

Во время ареста схиархимандрита Игнатия у него находилась монахиня Агафона (Комарова) и была задержана вместе с ним.

Этого было достаточно, чтобы выдвинуть против нее обвинение в контрреволюционной деятельности.

На следующий день после ареста отец Игнатий был допрошен. Отвечая на вопросы следователя, он сказал: «Служа в церкви в Петровском монастыре, затем преподобного Сергия и Рождества в Путинках, я имел около двухсот человек духовных детей, почитателей, которые поддерживают со мной тесную связь, систематически приходя ко мне на исповедь за советами и благословением. Когда я бывал в церкви Рождества в Путинках, туда являлось значительное число верующих, желающих поговорить со мной и получить от меня совет и благословение».

В следующий раз отец Игнатий был допрошен незадолго перед окончанием следствия.

— В предъявленном мне обвинении по статье 58, пункт 10 уголовного кодекса виновным себя не признаю. Действительно, меня на квартире ежедневно навещали мои знакомые, которые делились со мной своими переживаниями, просили у меня советов. Беседы между мной и моими знакомыми обычно были на религиозные темы. Посетители приносили мне продукты и деньги, так как я не имел средств к существованию по увольнении меня за штат в октябре 1934 года, — сказал отец Игнатий.

— Следствие располагает данными, что вы распространяли среди своих почитателей ложные слухи о якобы проводимых советской властью гонениях на религию и верующих; объясните, что именно вы говорили по этому вопросу? — спросил следователь.

— Церкви являются имуществом государства, поэтому советская власть может распоряжаться ими как угодно. При закрытии церквей верующие бывают недовольные этими мероприятиями советской власти, но должны подчиняться, хотя бы и были недовольны. Я верующих, высказывающих недовольство закрытием храмов, призывал к терпению и указывал, что молиться можно еще в других незакрытых храмах.

4 июня 1935 года в больнице Бутырского изолятора врачи освидетельствовали схиархимандрита Игнатия и пришли к заключению, что он «страдает органическим поражением центральной нервной системы в форме энцефалита, выражающемся в скованности, резкой заторможенности движений, маскообразности и затруднении речи… По своему физическому состоянию к труду не годен».