Беспокоясь об отце, сыновья священника Василий и Петр поочередно оставались с ним на ночь.

Шел декабрь 1931 года. Отец Иоанн отслужил всенощную и по обыкновению вместе с псаломщиком Федором обошел храм, затем поднялся на колокольню в свою комнату, где в это время сын Василий топил печь и готовил на ней скудный ужин. Поужинав и подбросив дров в печь, они легли спать.

Около часа ночи псаломщик Федор встал и еще раз обошел храм; не заметив ничего подозрительного, он вернулся домой и уснул. И видит во сне, как к нему подходит отец Иоанн Кронштадтский, портрет которого у него висел на стене, и говорит: «Чадо Федор, пойди, помоги своему священнику, ему плохо!» А немного погодя к нему подошла жена Варвара и, растолкав его, говорит: «Федя, вставай, мне сейчас видение было, пришел Батюшка Кронштадтский и наказывал:«Разбуди Федора, идите, помогите вашему священнику»».

Они быстро оделись и побежали к колокольне. Двери были на запоре, они стали стучать, и этот их стук придал сил Василию, он добрался до двери, открыл ее и упал, только и успев сказать: «Идите скорее к отцу, я его вытащил на площадку — мы угорели».

Господь хранил Своего пастыря. Протоиерей Иоанн прослужил в Никольском храме семь лет; за каждой службой он проповедовал, объяснял смысл церковных молитв, убеждал молиться прилежней, чему сам был примером. Так продолжалось до осени 1937 года. В ночь с 5 на 6 сентября отец Иоанн был арестован в комнате на колокольне. Пришедшие утром сыновья обнаружили, что все вещи в комнате перевернуты, а постель и подушка — в крови.

Протоиерей Иоанн был заключен в Бутырскую тюрьму. Все обвинения и вопросы были стандартными.

—Следствие располагает материалами, что вы… будучи антисоветски настроены, воспитывали верующих в антисоветском духе…

—Не могу вспомнить, когда бы это я занимался воспитанием верующих во враждебном духе… — ответил отец Иоанн.

— Вы говорили окружающим о якобы существующем гонении на религию в СССР…

— Я допускаю, что мог бы сказать… но… без специальной цели…

День за днем шли допросы. Следователи упрямо склоняли священника к признанию своей вины и, вероятно, прибегали для этого к пыткам. 14 сентября состоялся последний допрос.

— Следствие располагает данными, что вы среди окружающих… выражали недовольство советской властью.

— Я действительно выражал недовольство… я отрицательно отношусь к действиям советской власти относительно церковных вопросов, считаю, что храмы закрываются без согласия верующих, ссылаются священнослужители, которые обрекаются на вымирание.

— В результате чего сложились ваши антисоветские убеждения?