В сказанном одна чистая правда, и я, таким образом, являюсь жертвой судебной ошибки. Болея душой и сердцем о своей семье, ужасаясь тому, как она будет жить, зная болезненность своей супруги, я раздираюсь на части, а потому обращаюсь к вашей человечности и умоляю пересмотреть мое дело».

22 февраля 1924 года Комиссия НКВД по административным высылкам изменила приговор на два года ссылки в Зырянский край. Через восемь месяцев отец Сергий был освобожден; возвращаясь в Симбирск, он остановился в городе Вятке, так как не имел средств сразу доехать до Симбирска. На следующий день по его приезде в Вятку епископ Авраамий (Дернов) назначил протоиерея Сергия настоятелем Успенского собора в городе Яранске. 3 ноября он отслужил первую службу в соборе и с тех пор служил часто, проповедуя за литургией и всенощной, и деятельно участвовал во всех церковных событиях города. Это было время тяжелое для церковной жизни Вятской епархии, так как власть захватили обновленцы, и бывали периоды, когда на кафедре не оставалось православного епископа, а обновленческие спешили рукоположить своих священников. В результате, когда во главе епархии все же становился православный епископ, клиры храмов разделялись, так как одни священники были рукоположены православными архиереями, а другие обновленческими, причем зачастую обновленцы, когда их храм переходил под омофор православного архиерея, отказывались приносить покаяние. Все это порождало нестроение и смуту в приходах. Такое положение было и в Успенском храме.

В начале января 1925 года в Яранск прибыл направленный сюда Патриархом Тихоном епископ Нектарий (Трезвинский), который назначил протоиерея Сергия своим секретарем; в этой должности отец Сергий пробыл до ареста владыки.

После того как во главе Яранского викариатства стал православный епископ, духовенство усилило борьбу против обновленцев, которые при помощи советской власти отнимали храмы у православных и достигли в этом некоторых успехов. Теперь же многие приходы возвращались в православие. 27 февраля 1925 года протоиерей Сергий направил рапорт Святейшему Патриарху Тихону, в котором писал: «Два года Яранская епископия была обновленческой под управлением Сергия Корнеева. Но верующая душа, которая по природе — христианка, чутьем своим опознала ложный путь, указываемый ей, не подчинилась водительству изменника православия, изгнала его и вступила в каноническое общение с Вашим Святейшеством. Ныне под духовным водительством Преосвященнейшего епископа Нектария она вся православная. Главными деятелями в такой перемене и восстановлении православия были церковный староста собора Иван Васильевич Охотников и следующие граждане: Николай Павлович Стародумов и братья Михаил и Иаков Алексеевичи Чернышевы. О первом я уже делал доклад его Преосвященству, и последний представил его к благословению Вашего Святейшества. Но было бы несправедливо оставить без внимания деятельность и последних трех, вместе с Охотниковым перенесших за свое святое дело тюремное заключение, а посему, вспомнив о них, когда я ехал к Вашему Святейшеству, решил их также представить к благословению Вашего Святейшества с выдачею грамот, будучи вполне убежден, что его Преосвященство вполне будет согласен с таковым моим представлением».

14 марта Святейший Патриарх Тихон написал на рапорте свою резолюцию: «Указанным здесь лицам изъявляю признательность и призываю на них Божие благословение».

Обновленцы пытались отомстить епископу Нектарию и стали жаловаться на него Патриарху Тихону. Патриарх переслал жалобу владыке и благословил разобраться в происходящем.

Но пасомые увидели обман своего пастуха и изгнали его вместе с его помощником, настоятелем кафедрального собора отцом Турутиным. Оставшись одни среди этого болота, верующие молили Пастыреначальника Господа послать им»пастыря добра», который бы душу свою готов был положить за вверенные ему Богом люди, а не наемника, подобного изгнанному Корнееву, который ради временных своих благ, ради собственного спокойствия, из‑за тщеславия (архиепископства ради) и шкурничества вел к гибели всю паству свою.

Бог вложил Вашему Святейшеству назначить нам епископа Нектария. Теперь мы видим, что такого первосвященника нам и подобает иметь. Он сразу исторг плевелы Сергия Корнеева. Кораблю Яранской церкви сразу дал верный курс и руль его держит крепкими руками. Правда, он горяч, но эта горячность есть ревность по Бозе, по вере, по святому делу душеспасения, что так ценно в очах Божиих, Которому ненавистна теплохладность.

Почему и просим не придавать значения жалобам на нашего епископа, унижающим авторитет нашего архипастыря».

Активная церковная деятельность православных привлекла внимание властей, и ОГПУ составило следующее заключение о происходящих событиях: «Агентурными действиями ОГПУ было установлено, что в декабре 1924 года сгруппировавшийся в церковном совете Успенского кафедрального собора города Яранска кулаческо–монархический элемент — купцы Чернышевы, Охотников, думец Стародумов и другие, называя себя примыкающими к тихоновской ориентации, грубой физической силой религиозной толпы этой же ориентации разогнав в городе Яранске так называемые обновленческие церковные советы, захватив все церкви под свое руководство, послали к бывшему Патриарху Тихону в Москву делегата Чернышева за епископом. Тихоном был послан в Яранск епископ Нектарий Трезвинский, совершенно неизвестный населению Вятской губернии.

Трезвинскому во всей работе помогал вернувшийся только что из ссылки священник Знаменский».

5 апреля 1925 года епископ Нектарий был арестован и заключен во внутреннюю тюрьму Вятского ОГПУ.

22 мая сотрудники ОГПУ допросили протоиерея Сергия и, отвечая на их вопросы, священник сказал: «С епископом Нектарием я всегда служил обедню. Точно сказать относительно его проповедей я не могу, так как проповеди говорились всегда в конце обедни, когда я был занят в алтаре. Лично я также говорил проповеди, в каждой из которых касался обновленцев и что путем погибельным они ведут; имел выражения: лучше идти постарому с Богом, чем по–новому без Бога. В проповедях своих о советской власти я никогда не говорил».

На следующий день сотрудники ОГПУ произвели в доме священника обыск.