«Вы видели воочию, как немногие, силу и власть греха, несущего ужасы войны и страданий людских. Что же, созерцание всего этого внушило ли вам сильнейшее отвращение к первопричине этих несчастий — греху? Вид постоянной смерти — последствия того же греха — научил ли вас быть мертвыми плоти и греху и живыми Богови? Вид ужасных страданий согрел ли сердце ваше жалостью и искреннею любовью ко всякому меньшему брату, преисполнил ли вас чувством глубочайшей благодарности к Промыслителю за то, что эти страдания выпали не на вашу долю; внушило ли все это вам сознание, что Всемилостивый»не по беззакониям нашим'' воздает нам? Видя лишения, испытываемые воинами, научились ли вы быть довольными тем малым, что дает вам Господь? Видя терпение и безропотное несение болезней и несчастий искалеченных, изуродованных братий своих, научились ли вы от них христианскому терпению в несении добровольно возложенного на себя Креста Христова? Слыша и видя постоянную готовность и желание других умереть во имя долга, навыкли ли и вы быть готовыми всю жизнь свою отдать на дело любви и не только не получить никакой награды земной или похвалы за дело служения своего, а, наоборот, получить, может быть, оскорбление, гонение, болезнь и самую смерть?

Если таковы результаты вашего путешествия, то дело милосердия приобрело в лице вашем великих, истинных служителей… Приветствуя вас с благополучным возвращением, молю Господа, да поможет Он вам уподобиться шедшим из пустыни Иорданской с проповеди Иоанна, возвращавшимся в духе покаяния и сокрушения о грехах, но, вместе, и в радостном ожидании скорого спасения, с горячим желанием последовать за грядущим Спасителем и быть достойными Его, с чувством глубокой благодарности к Богу. Аминь».

6 мая 1915 года по представлению Православного Палестинского Общества за пятнадцатилетние безвозмездные и ревностные труды на пользу Общества в качестве члена его Московской комиссии отец Сергий был награжден камилавкой. 29 июня 1917 года он был награжден золотым наперсным крестом.

После октябрьского переворота 1917 года отец Сергий продолжал служить в Иверском храме. Поскольку община была лишена средств, на которые обеспечивалось прежде ее существование, и был ликвидирован капитал, на проценты от которого содержался причт, он, подобно многим другим священникам в это время, устроился на государственную службу. Местом его работы стал Юридический отдел Замоскворецкого Совдепа. Именно в качестве служащего Юридического отдела 5 февраля 1919 года поставил он свою подпись на договоре общины верующих с Моссоветом о пользовании Иверским храмом и его имуществом. Встречается его подпись и на подобных договорах других церквей Замоскворечья. О том, что и в этой деятельности он оставался верен Церкви, свидетельствует составленный в январе 1920 года запрос, в котором Отдел юстиции Моссовета требует в срочном порядке объяснить, на каком основании Замоскворецким Совдепом, вместо ликвидации, домовые церкви сохранены и сданы группам верующих.

24 июня 1919 года отец Сергий был назначен настоятелем храма во имя святых апостолов Петра и Павла на Большой Якиманке. В августе 1919 года батюшка хлопотал о передаче в храм, настоятелем которого он стал, богослужебного имущества из закрытого домового храма святого Александра Невского и о разрешении богослужения в этом храме. Не оставлял он и преподавания Закона Божия. Он являлся секретарем Совета приходских общин во имя Святого Духа в Замоскворечье, которым были организованы богословские чтения для взрослых в храме святых апостолов Петра и Павла на Якиманке и для юношества — в храме святителя Николая в Голутвине.

26 марта 1920 года митрополитом Крутицким Евсевием отец Сергий был возведен в сан протоиерея. В феврале 1922 года отцу Сергию «за выдающиеся пастырские труды разрешено Московским епархиальным советом принять и носить золотой с украшениями наперсный крест, поднесенный прихожанами».

В том же 1922 году он был арестован по подозрению в преподавании Закона Божия детям и содержался две недели в Доме предварительного заключения, но был освобожден.

4 апреля 1922 года проходило изъятие церковных ценностей в храме святых апостолов Петра и Павла. В июне — начале октября 1922 года протоиерей Сергий был членом Московского епархиального управления, которое в этот период находилось в руках обновленцев. В качестве члена Московского епархиального управления он присутствовал на собрании духовенства третьего отделения Замоскворецкого сорока. В условиях обновленческой смуты отец Сергий был поначалу в числе тех, кто признал обновленческое Высшее Церковное Управление.

19 июля 1922 года по поручению обновленческого Высшего Церковного Управления отец Сергий выступал на благочинническом собрании священноцерковнослужителей второго округа Звенигородского уезда. Собравшиеся под председательством благочинного протоиерея Виноградова постановили «…единогласно присоединиться к резолюции московских столичных благочинных и обратить внимание ВЦУ на необходимость сохранения неизменности догматов веры и основных канонов Церкви… Считать необходимым скорейший созыв Всероссийского Церковного Собора».

Однако, когда отец Сергий разобрался в истинной сути и источниках обновленческой смуты, он отошел от обновленцев и занял но отношению к ним непримиримую позицию.

В феврале 1924 года протоиерей Сергий, стоявший во главе православной общины, организовал активное сопротивление общине «Союза церковного возрождения», захватившей церковь Петра и Павла. Он подавал апелляцию заместителю наркома юстиции и даже сдал группу обновленцев, начавших переоборудовать храм по своему вкусу, в отделение милиции, так что обновленческий «епископ» Антонин (Грановский) вынужден был оправдываться. Отец Сергий с прихожанами организовали охрану храма. Когда явились обновленцы, то были заперты внутри, и отец Сергий привел к храму милицию, которая потребовала прекращения работ и препроводила участников в отделение для составления протокола, пообещав вернуть отцу Сергию ключи от храма.

В связи с этим 22 февраля Антонин написал на отца Сергия в Московский Совдеп донесение, которое заканчивалось словами: «Возрожденческая община просит Отдел управления принять меры к ликвидации махаевщины и содействия ей ко вступлению и пользованию храмом соответственно обряду»Союза возрождения»».

1 марта 1924 года отец Сергий подал митрополиту Крутицкому Петру (Полянскому) прошение следующего содержания: «Ввиду передачи нашего храма Управлением Моссовета группе верующих»Союза возрождения», прошу причислить временно, впредь до решения дела в Наркомюсте, к храму святого Марона Чудотворца, что в Старых Панех, прихожан, состоящих в каноническом общении со Святейшим Патриархом Тихоном, и причет в составе меня, диакона Федора Чемичева и просфорницы Марии Введенской».

В том же году отец Сергий был арестован и содержался в заключении три месяца.