В 1916 году Владимир Фаддеевич был рукоположен во диакона ко храму мученицы Ирины, что на Воздвиженке в Москве. Здесь он прослужил до 1919 года и был рукоположен во священника ко храму Саввинского подворья на Тверской улице. В 1921 году он был назначен настоятелем храма святителя Митрофана Воронежского в Петровском парке в Москве.

С первых дней служения в храме святителя Митрофана отец Владимир стал пытаться наладить приходскую жизнь. В том океане страстей, бед и страданий, который представляла собой в это время советская Россия, для верующих этот приход стал островком любви. Молодой священник ревностно отнесся к своим пастырским обязанностям, и к нему сразу потянулась верующая молодежь, которой он старался привить любовь к православному богослужению и храму. В храм святителя Митрофана часто приезжали хоры из разных церквей, что привлекало многих молящихся и любителей церковного пения, так что бывали случаи, когда храм не мог вместить всех желающих.

Во время разгула обновленчества, когда раскольники при помощи безбожных властей дерзко захватывали храмы, отец Владимир, чтобы избежать такого самочинного захвата, сам запирал после богослужения двери храма и уносил ключи домой. Увидев, что не могут захватить храм без согласия на это священника, обновленцы пригласили отца Владимира к обновленческому епископу Антонину (Грановскому); тот, потребовав у священника ключи от храма, закричал на него:

— Отдай ключи!

— Не отдам, владыка, не отдам! — ответил отец Владимир.

— Убью! Как собаку убью!

— Убейте, — ответил священник. — Перед престолом Божиим мы с вами вместе предстанем.

— Ишь, какой! — сказал епископ Антонин, но настаивать больше не стал. И храм не удалось захватить обновленцам.

В 1923 году отец Владимир был награжден камилавкой. В 1925 году власти арестовали священника и, предъявив ему обвинения, стали угрожать заключением в концлагерь. Освободиться, по их словам, можно было лишь согласившись на сотрудничество с ОГПУ. Отец Владимир дал согласие на это и был освобожден. ОГПУ давало ему какие‑то задания, в основном касающиеся Местоблюстителя митрополита Петра, которые он исполнял, но чем дальше, тем больше он входил в разлад с совестью и тем мучительнее переживал свое положение. Ни ревностное служение в храме, ни пастырская добросовестность не могли утишить этой жгучей душевной боли. В конце концов отец Владимир решил прекратить свои отношения с ОГПУ в качестве секретного сотрудника и исповедал грех предательства духовнику. 9 декабря 1929 года следователь ОГПУ вызвал его повесткой в один из кабинетов на Большой Лубянке и потребовал от него объяснений. Отец Владимир заявил ему, что отказывается от дальнейшего сотрудничества. В течение трех суток его уговаривали переменить свое решение, но отец Владимир на это не согласился, заявив, что он все равно уже рассказал обо всем священнику на исповеди. 11 декабря был выписан ордер на его арест, и ему было предъявлено обвинение в «разглашении… сведений, не подлежащих оглашению». 3 февраля 1930 года Коллегия ОГПУ приговорила отца Владимира к трем годам заключения в концлагерь, которое он отбывал на строительстве Беломорско–Балтийского канала.

Семья его в это время была выселена из церковного дома и осталась без крова. Этого всего более опасался священник. Находясь в заключении, он стал усердно молиться преподобному Сергию и его родителям, схимонаху Кириллу и схимонахине Марии, чтобы их молитвами семья нашла себе пристанище. И они нашли себе кров в Сергиевом Посаде. Вначале им помогла в этом Ольга Серафимовна Дефендова, известная в свое время благотворительница, которая в двадцатые годы ухаживала в Николо–Угрешском монастыре за больным митрополитом Макарием (Невским).

В 1930 году на праздник Воздвижения Креста Господня сын отца Владимира Николай пошел в Ильинский храм в Сергиевом Посаде. Когда он подошел к елеопомазанию, настоятель храма отец Александр Маслов сказал ему:

— Я вас, молодой человек, первый раз вижу в нашем храме.

— У нас, батюшка, большое горе, — сказал Николай. — Нас пять человек осталось, папу взяли. Вот мама с Ольгой Серафимовной ходили два дня по городу. Как узнают, что пять человек детей, никто не пускает на квартиру. Не знаем, что делать.

Отец Александр подозвал одну из прихожанок и сказал ей: