После трехлетних испытаний, лишь слегка упомянутых в"Дневнике", отец Вениамин неожиданно получил назначение в Никитский храм города Владимира, где и прослужил до осени 1937 года[24]. Этот период оказался для него относительно благополучным: несмотря на неусыпный надзор, отцу Вениамину удавалось ускользать в Москву, к своим духовным чадам, где он проводил время в молитве и богословских исследованиях[25]. Результатом этой работы, в частности, явилась магистерская диссертация, защищенная впоследствии в Московской духовной академии. Заметим, что еще в начале двадцатых годов отец Вениамин в течение трех лет обучался на богословском факультете в Москве[26] и защитил кандидатскую работу по кафедре патрологии на тему"Преподобный Григорий Синаит. Его жизнь и учение".

Однако настал 1937 год — год"решительного удара"по Церкви. Священники арестовывались, ссылались и расстреливались сотнями и тысячами. Чаша сия не миновала и отца Вениамина: он был сослан на Север, где провел почти десять лет. Об этом времени свидетельств почти не осталось. Только с 1943 года духовные чада начали получать от него письма с просьбами о помощи.

Между тем под влиянием событий второй мировой войны И. В. Сталин начал менять политику в отношении Церкви. В числе прочих договоренностей был вопрос об открытии духовных учебных заведений, а также нескольких монастырей, в том числе Троице–Сергиевой Лавры. Лавру открыли для богослужений на Пасху 8/21 апреля 1946 года. Постепенно стали подбирать братию, которая первоначально (с 1945 г.) была вынуждена ютиться по частным квартирам. Неизвестно, каким образом удалось Святейшему Патриарху Алексию I вызволить отца Вениамина из ссылки[27], но уже в июне он поступил в число братии Лавры, а с осени начал преподавать патрологию в Московской духовной академии в звании доцента.

Сохранились устные свидетельства об отце Вениамине в тот недолгий лаврский период. В числе его духовных чад в Лавре была Татьяна Борисовна Пелих (урожденная Мельникова)[28], которая со времени открытия Лавры пела в хоре под управлением протодиакона Сергия Боскина.

Со слов покойной матери вспоминает Е. Т. Кречетова (урожденная Пелих):"В Лавре появился высокий, худой, еще обритый, как ссыльный, монах. Поселился он вначале, как и другие, на частной квартире. Обнаружив, что у него множество болезней на почве долгого крайнего истощения, Татьяна Борисовна стала доставать ему лекарства, а главное — готовить для него овощные соки, чтобы хоть как‑то помочь его организму окрепнуть. Пришлось также помочь обзавестись ему вещами, ибо у него не было совсем ничего.

В праздники, субботние и воскресные дни отец Вениамин служил раннюю литургию в храме Всех святых, в земле Российской просиявших[29]. При этом он всегда проповедовал[30]. Евхаристический канон отец Вениамин служил с особой проникновенностью и трепетом, всегда со слезами. Трепет охватывал и окружающих.

С 1947 года начались службы в Трапезном храме. Здесь пел уже монашеский хор. Отец Вениамин сам регентовал за всенощными, а в Великий пост всегда пел басом в трио с отцом Антонием (тенор) и протодиаконом Даниилом (баритон):"Да исправится молитва моя…."

С1947 года отец Вениамин стал исповедовать. Популярность его была столь велика, что это послужило поводом для многих искушений".

В июле 1948 года архимандрит Вениамин защитил диссертацию"Божественная любовь по учению Библии и Православной Церкви", получив степень магистра богословия, и был утвержден в звании профессора кафедры патрологии и в должности инспектора академии.

За недолгие годы преподавания он написал несколько работ:"Чтения по литургическому богословию","Грехопадение человеческой природы в Адаме и восстание во Христе"(по учению преподобного Макария Великого),"Опыт приспособления"Догматики"митрополита Московского Макария (Булгакова) к потребностям современной духовной школы", собрание лекций по пастырскому богословию за 1947–1948 годы,"Троицкие цветки с луга духовного"(по воспоминаниям архимандрита Кронида (Любимова), бывшего наместника Лавры)[31].

В июне 1949 года отца Вениамина попросили зайти по какому‑то маловажному делу в отделение милиции Лавры. Назад он уже не вернулся, а оказался в Казахстане на положении ссыльного. Об этом периоде его жизни свидетельствуют письма Татьяне Борисовне и Тихону Тихоновичу Пелих. Усталость, болезни, голод, нищета, зачастую отсутствие крова над головой стали его уделом на целых пять лет. А ведь отцу Вениамину было уже шестьдесят два года и за плечами — двенадцать лет лагерей и ссылок. Удивительно, однако, другое: как только обстоятельства становились минимально терпимыми, отец Вениамин начинал заниматься интеллектуальным трудом — если не богословием, то хотя бы филологией. Поэтому в письмах он постоянно просит присылать ему книги. Уже через два–три года ссылки у него собралась такая библиотека, что он не смог перевезти ее на новое место.

Пять лет прошли в муках, попытках выяснить причину ссылки и каким‑то образом изменить"меру пресечения". В октябре 1954 года Патриарх Алексий I неожиданно вызвал архимандрита Вениамина в Одессу, затем они прилетели в Москву, где отец Вениамин получил должность настоятеля храма святого пророка Илии в Серпухове. А уже 4 февраля 1955 года в Богоявленском кафедральном соборе архимандрит Вениамин был рукоположен во епископа Саратовского и Балашовского. Хиротонию совершали Патриарх Московский Алексий I, Католикос–Патриарх всея Грузии Мелхиседек, митрополит Крутицкий и Коломенский Николай (Ярушевич) и еще семеро архиереев.