19 августа следователь составил заключение по делу и написал: «Рассмотрев дело о гражданине Иване Алексеевиче Артоболевском, бывшем профессоре Петровско-Разумовской сельскохозяйственной академии по кафедре богословия, обвиняемом в использовании своего положения священнослужителя с целью контрреволюционной агитации во время проповедей в храме и в частном быту, в организации в Петровской сельскохозяйственной академии кружков христианской молодежи, в руководстве и придании им черносотенного характера, в разлагающей деятельности среди студенчества в виде постоянной антисоветской и антикоммунистической пропаганды, облеченной в религиозную форму, в распространении и чтении в церкви провокационного послания Тихона перед изъятием ценностей, то есть в пассивном сопротивлении изъятию, и в том, что с момента Октябрьского переворота и до настоящего времени он не только не примирился с существующей в России в течение пяти лет рабоче-крестьянской властью, но ни на один момент не прекращал своей антисоветской деятельности, причем в моменты внешних затруднений для РСФСР он свою контрреволюционную деятельность усиливал, — нашел, что всё вышеизложенное материалами, имеющимися в деле, подтверждается. И посему, на основании статьи 2 литер Е положения о ГПУ от 6.02.1922 года, полагаю: в целях пресечения разрушительной антисоветской деятельности гражданина Артоболевского Ивана Алексеевича выслать его из пределов РСФСР за границу, но, принимая во внимание его заявление с просьбой о разрешении добровольного выезда за свой счет, из-под стражи освободить, обязав его подпиской о выезде за границу в семидневный срок».

21 августа 1922 года Коллегия ГПУ постановила выслать священника «из пределов РСФСР за границу... Освободить на семь дней с обязательством явки в ГПУ по истечении указанного срока».

На основании этого постановления отец Иоанн был освобожден. Однако 22 августа следователь Революционного Трибунала составил свое заключение, написав, что, «как видно из заявления обвиняемого Артоболевского, он, Артоболевский, подлежит высылке из пределов РСФСР как являющийся опасным для общественного правопорядка и могущий причинить ущерб диктатуре рабочего класса», что «по настоящему делу Артоболевскому грозит тяжелое наказание», что «поэтому пребывание его на свободе является общеопасным» и необходимо «заключить Артоболевского, священника церкви Петра и Павла в Петровском-Разумовском, под стражу в Таганской тюрьме».

На следующий день священник был арестован. 7 октября было составлено окончательное заключение по делу, в котором писалось, что священник «в период изъятия церковных ценностей оглашал в церкви с амвона во время богослужения послание бывшего Патриарха Тихона, призывающее к сопротивлению изъятию церковных ценностей, что с момента Октябрьского переворота и до настоящего времени он не только не примирился с существующей в России рабоче-крестьянской властью, но остался ее врагом... Материал в отношении Артоболевского достаточно полный, и следственных действий более производить не требуется... Материал о священнике представить в Московский Революционный Трибунал на предмет приобщения к имеющемуся делу по обвинению Артоболевского в контрреволюционной деятельности».

Дело было передано в Революционный Трибунал. На процессе, проходившем в Москве в ноябре—декабре 1922 года, отец Иоанн виновным себя не признал. 13 декабря 1922 года Революционный Трибунал приговорил отца Иоанна к трем годам тюремного заключения. 17 января 1923 года постановлением ВЦИК священник был освобожден.

Вернувшись из заключения, отец Иоанн в 1924 году был награжден митрой и включен в состав членов Высшего Церковного Совета при Святейшем Патриархе Тихоне. В Москве он служил в Петропавловском храме при академии до его закрытия в 1925 году, после чего был назначен настоятелем Введенского храма в Черкизове.

28 января 1933 года власти снова арестовали священника и заключили в Бутырскую тюрьму в Москве. Вместе с ним было арестовано тринадцать человек. Все они обвинялись в том, что собирались для бесед на религиозные темы, на которых будто бы вели антисоветскую пропаганду. Следователи, однако, не сумели выдвинуть против них никаких сколько-нибудь основательных обвинений, за исключением тех, которые содержались в показаниях лжесвидетелей, данных ими по приказу следователей. Отец Иоанн на вопрос следователя ответил, что в 1922 году он участвовал в собраниях союза христианской молодежи, которые проходили в помещении Тимирязевской академии. «Беседы велись на церковно-философские темы», — написал следователь. Основной задачей кружка являлось воспитание молодежи в религиозно-нравственном духе. «Участниками кружка являлись студенты высших учебных заведений, но фамилий их я не помню», — сказал отец Иоанн. Когда следователь предложил подписать протокол, написанный со слов священника, отец Иоанн написал: «В христианском кружке молодежи никаких бесед на церковно-философские темы я не вел, да там их и вообще не было. Все дело там сводилось к истолкованию Слова Божия (отдельных мест и отрывков), совокупному обмену мыслями по поводу прочитанного стиха или отрывка. В предъявленном мне обвинении виновным себя не признаю».

15 марта 1933 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило протоиерея Иоанна к трем годам ссылки в Северный край, которую он был отправлен отбывать в Вологодскую область. По окончании ссылки он вернулся в Москву.

22 января 1938 года власти снова арестовали священника, и он был заключен в Таганскую тюрьму в Москве.

На допросе следователь спросил отца Иоанна:

— Что такое академический день?

— Постановлением советского правительства была закрыта Московская Духовная академия; мы, воспитанники пятидесятого курса академии, живущие в Москве, в память о Духовной академии собирались на молитвенные собрания и товарищеские обеды, — ответил отец Иоанн.

— Какие обсуждались вопросы на ваших собраниях? — спросил следователь.