7 января 1930 года он снова был арестован и заключен в тюрьму в городе Верее по обвинению в том, что не донес на диакона, которого власти обвинили в контрреволюционной деятельности. С диаконом Николаем Богаевым у Ивана Семеновича издавна были плохие отношения. Отсутствие любви породило страх и малодушие и привело к тому, что псаломщик признал себя виновным и дал следующие показания: «Я хорошо знал о том, что диакон Богаев в 1928 году летом во время жатвы вел агитацию и пропаганду среди крестьян, которая явно была направлена против советской власти... Зная, что священник Зачатейский тоже хорошо знал об этом, я судебным властям не сообщал об этом, потому что боялся, что меня лишат места работы. Я лишен прав и не имею средств прокормить семью из шести человек, притом думал, что этот факт не смогу подтвердить. Виновным себя в недонесении о пропаганде Богаева судебным властям признаю».

ПсаломщцК Иоанн Шувалов

j ^ Москва. Тюрьма НКВД. 1938 ^ ^

3 марта 1930 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило псаломщика к шести месяцам тюремного заключения.

Спустя некоторое время после происшедшего Иван Семенович тяжело заболел; болезнь продолжалась много лет и была такова, что он почти не мог передвигаться. Однако это не остановило гонителей, и 26 января 1938 года он был арестован по обвинению в активной контрреволюционной и антисоветской деятельности и заключен в тюрьму в городе Можайске. Лжесвидетели обвиняли Ивана Семеновича в антисоветской агитации и говорили, что псаломщик высказывал среди колхозников неудовольствие существующим строем, говоря, что раньше люди жили как люди, все ждали Рождества Христова и все радовались, чувствовался праздник, а теперь все ходят как зачумленные; раньше: умрет человек — его похоронят с честью, а теперь: родится — не крестят, а умрет — закопают, как собаку, без отпевания.

— Вы арестованы за контрреволюционную деятельность. Требуем от вас правдивых показаний о вашей контрреволюционной работе, — заявил следователь.

— Никакой контрреволюционной работы я не вел и не веду, — ответил Иван Семенович.

— Следствием установлено, что вы в ноябре 1937 года вели агитацию против советской власти.

— Никакой контрреволюционной агитации я никогда не вел, а в ноябре я был болен.

И далее на все вопросы следователя Иван Семенович отвечал, что не согласен со всем, что говорит следователь, и отрицает свою вину.

2 февраля 1938 года Тройка НКВД приговорила его к расстрелу. Псаломщик Иоанн Шувалов был расстрелян 17 февраля 1938 года и погребен в общей безвестной могиле на полигоне Бутово под Москвой.