С начала 1919 года в России повсеместно вскрывались и изымались мощи святых угодников. В Поиме Великим постом было получено известие о поругании святых мощей в Воронеже. На Божественной литургии 23 марта отец Иоанн Козлов сказал проповедь, обличающую действия безбожной власти по отношению к святым мощам. В тот же день за вечерней Василий Федорович сказал слово о святыне Креста. Вечерня вышла очень торжественная, собралось много народу, интеллигенция и молодежь, пел добровольно собравшийся хор певчих, после вечерни три священника читали акафист Божественным Страстям Христовым.

В апреле 1919 года Василий Федорович приехал в Москву. 27 апреля, в Фомино воскресенье, он обвенчался с Еленой Сергеевной и вместе с нею возвратился в Поим, где жил и учительствовал до 1921 года. В эти годы, не оставляя намерения послужить Богу в священном сане, самоотверженно трудясь, неся тяготы и скорби своих близких, он укреплялся духом и созревал для служения духовной семье — своей будущей пастве. После скоропостижной кончины в Поиме сестры Василия Федоровича — Анны, также оказавшейся на его попечении, отец их, Федор Алексеевич Надеждин, в письме к сыну писал: «Бедный наш мальчик, как много жизненных осложнений свалилось на твою милую головку! Утешаюсь мыслию, что, может быть, Господь Бог испытует Своего избранника. А все-таки, несмотря ни на какие личные невзгоды и напасти, следует спешить делать добро».

Для завершения академического образования Василий Федорович в июле 1920 года приехал в Москву; экзамены выпускники академии сдавали на квартире отца Владимира Страхова. В марте 1921 года Василий Федорович переехал ближе к Москве и устроился счетоводом в Построечном управлении узкоколейки города Орехово-Зуево. Вскоре вместе с Еленой Сергеевной и сыном Даниилом они поселились в Петровско-Разумовском у тестя Сергея Алексеевича Борисоглебского.

24 июня 1921 года Василий Федорович был рукоположен во диакона, а 26 июня, в неделю Всех святых, — во иерея к церкви во имя святителя и чудотворца Николая у Соломенной Сторожки3.

Никольский храм — единственное место священнического служения отца Василия до дня его ареста в 1929 году — был построен усердием офицеров расквартированной в Петровско-Разумовском 675-й пешей тульской дружины и освящен епископом Можайским Димитрием (Добросердовым) в 1916 году. Церковь была построена на земле Сельскохозяйственного института и приписана к институтской Петропавловской церкви. Институтский храм, как и все храмы при учебных заведениях, после революции был закрыт, и прихожане его перешли в Никольскую церковь. К 1924 году в южной части летнего неотапливаемого храма был устроен теплый придел.

Приход Никольской церкви в основном составляла научная интеллигенция, жители поселка при Сельскохозяйственном институте. Группа профессоров института после закрытия институтского храма обратилась к отцу Василию Надеждину с просьбой заняться христианским просвещением их детей. Отец Василий с радостью принял это предложение. Он сумел привлечь к участию в богослужении приходскую молодежь, и таким образом из юношей и девушек составился прекрасный церковный хор. Вел с духовными детьми беседы об основах православного вероучения, посещал с ними концерты классической музыки, разбирал литературные произведения. Просветительскую деятельность среди молодежи вели по благословению отца Василия и некоторые члены приходской общины.

За год до ареста у отца Василия началось обострение туберкулеза, и ему пришлось летом уехать в Башкирию на лечение кумысом. В отсутствие отца Василия в Никольском храме по его просьбе служил священник Владимир Амбарцумов, впоследствии мученической смертью засвидетельствовавший верность Христу. Находясь на лечении, отец Василий молился за богослужением в местной церкви и сблизился со служащими в ней священниками Иоанном и Сергием. Как пастырь, он не мог обойти вниманием особенностей местной церковной жизни. «Служат здесь хорошо. Уставнее нашего. Это очень приятно, когда духовенство на высоте... Местный архиерей обязал священников всякое Таинство предварять объяснительным поучением... Вот это правильно, а мы еще не додумались до этого...»

Служения и проповеди отца Василия, активная пастырская деятельность не остались незамеченными гонителями Церкви. 28 октября 1929 года отец Василий был арестован и помещен в Бутырскую тюрьму. 1 ноября он был допрошен. На вопросы следствия о посещающей его молодежи батюшка ответил: «О близкой ко мне молодежи могу сказать следующее: пришла ко мне она сама. Все лица, впоследствии бывавшие у меня, были связаны между собой еще школой, где они вместе учились. Вероятно, поэтому они также всей группой и перешли ко мне... Сама молодежь была неактивна в изучении хотя бы церковной истории, поэтому я сам читал им иногда на темы по истории Церкви выдержки из церковных писателей Болотова и Лебедева, читал им некоторые подлинники сочинений церковных писателей (Василия Великого, Григория Богослова и др.). Делал доклад о впечатлениях от моей поездки в Саровскую пустынь, о тех сказаниях, которые связаны с Дивеевым монастырем и Серафимом Саровским. Были у меня беседы, посвященные юбилеям Первого Вселенского Собора, Григория Богослова и Василия Великого. Собственно, проповедь в церкви была по этим вопросам, а дома молодежи я читал только некоторые документы той эпохи.

Специальных вопросов по поводу существующего социального порядка и по поводу отдельных моментов взаимоотношения Церкви и государства, равно и чисто политических вопросов, мы никогда не обсуждали. Последние, то есть политические вопросы, иногда только, и то вскользь, в обывательском разрезе, трактовались у нас; говорили, например, что жестока политика власти по отношению к детям лишенцев и к лишенцам вообще. Специально вопросов о лишенцах не разбирали. В вопросах об арестах церковников я придерживаюсь той точки зрения, что трудно провести грань между церковным и антисоветским и что поэтому со стороны власти возможны перегибы. Только в таком разрезе я и касался этого вопроса в беседах с молодежью, не ставя, конечно, этот вопрос специальной темой для беседы...

Когда у нас затрагивался вопрос об исповедничестве, то есть о возможности примирения верующих с окружающими условиями, то здесь я проводил такую точку зрения: есть пределы (для каждого различные), в которых каждый христианин может примиряться с окружающей его нехристианской действительностью; при нарушении этих пределов он должен уже примириться с возможностью и неприятных для него лично изменений условий его жизни, иначе он не есть христианин. Христианином надо быть не только по имени...»

В Бутырской тюрьме отец Василий встретился с отцом Сергием Мечевым, которого хорошо знал; их беседа продолжалась несколько часов и была очень значительной для обоих. Отец Сергий засвидетельствовал впоследствии, что отец Василий был уже готов предстать пред Господом.

По приговору Особого Совещания при Коллегии ОГПУ от 20 ноября 1929 года священник Василий Надеждин был отправлен в Соловецкий лагерь особого назначения, но, ввиду того что навигация была уже закрыта, оставлен до весны в Кеми. В лагере отец Василий заболел сыпным тифом. В санчасти ему сделали укол и внесли инфекцию — началась гангрена.

Матушке Елене Сергеевне разрешили приехать к умирающему мужу в Кемь. Батюшку остригли, он сильно исхудал, мучительные для больного перевязки изнуряли его.

Перед своей кончиной, последовавшей 19 февраля 1930 года, отец Василий сподобился принятия Святых Христовых Тайн. Последние слова его были: «Господи, спаси благочестивыя и ус-лыши ны». Начальник лагеря разрешил матушке Елене Сергеевне молиться ночью рядом с умершим мужем и предать его тело погребению в Кеми. Со временем место могилы отца Василия было утрачено и сейчас неизвестно.