Ровно через неделю, в Лазареву субботу, в совершенно разгромленный и опустошенный город вошли немцы, и начались тяжкие для русской эмиграции в Югославии годы. Вместе со всей своей белградской паствой Владыка Митрополит благодушно переносил и голод и холод и всевозможные стеснения и лишения, разные неприятности со стороны оккупационных германских властей и выпады враждебного отношения со стороны известной части сербского населения, поддавшейся коммунистической пропаганде.

Вскоре после оккупации Югославии германскими войсками, чины Гестапо произвели в покоях Владыки Митрополита Анастасия тщательный обыск, а затем изъяли делопроизводство Архиерейского Синода. Им пришлось, однако, убедиться, что Владыка, как истинный Архипастырь Церкви Христовой, глубоко чужд всякой политики, и они оставили его в покое. Несколько позже они сделали попытку использовать в своих целях авторитет Владыки – предложили обратиться к русскому народу с призывом – оказать содействие немцам, в их походе против большевиков. Но несмотря даже на то, что в начале войны многие русские люди доверяли немцам, Владыка Митрополит мужественно отклонил это предложение, считая что цели немецкой политики в отношении России сомнительны и что он не вправе сделать такой призыв.

Никогда Владыка Митрополит ни в чем не проявил какой-либо крайности, а всегда держал себя с полным достоинством, как истинный Архиерей Божий. О таком поведении его дал важные показания в Лондоне разным церковно-общественным кругам Сербский Патриарх Гавриил, подчеркнувший, что Митрополит Анастасий с великой мудростью и тактом держался при немцах, несколько раз подвергался обыскам и не пользовался доверием немцев.

В сентябре 1941 года Владыка Митрополит дал благословение русским патриотам, надеявшимся, что наступил час освобождения русского народа от кровавого гнета большевизма, на образование Русского Корпуса. Однако, этот Корпус не был допущен немцами к участию в военных действиях на Восточном фронте, а был оставлен в Югославии для защиты от местных коммунистических банд.

Когда очутившаяся, в результате войны, в критическом положении советская власть решила, ради самосохранения, опереться на религиозные и национальные чувства русского народа, и Соборе еще уцелевшего российского епископата в составе 18-ти лиц избрал 8 сентября 1943 года в Москве митрополита Сергия (Страгородского) патриархом, многие наивные русские люди склонны были радостно приветствовать это событие. Тогда Владыка Митрополит 21 октября 1943 года в Вене созвал совещание 8 заграничных епископов, которые установили полную неканоничность этого избрания и невозможность вследствие этого признать митрополита Сергия законным патриархом.

С Пасхи 1944 года начались почти ежедневные налеты на Белград англо-американских бомбардировщиков, уносившие множество жертв. Несмотря на явную угрозу жизни, Владыка Митрополит ни в чем не изменял своего обычного образа жизни, так же служил и проповедовал по всем воскресным и праздничным дням, навещал раненых, хоронил убитых, утешал разоренных и обездоленных, всегда тщательно справляясь, не пострадал ли кто-либо из его паствы. Воодушевляемое им духовенство ежедневно обходило с чудотворной иконой Божией Матери Знамения дома прихожан. Отмечен был целый ряд поистине чудесных случаев.

В сентябре 1944 года, когда советские войска уже приближались к Белграду, главная масса русских обитателей его устремилась в Вену. Туда же эвакуировался вместе со всем составом Архиерейского Синода и его канцелярией и Митрополит Анастасий. И в Вене он не переставал совершать богослужения в наших двух церквах – старой посольской и новой домовой, буквально под бомбами и среди пылающих пожаров. И здесь Чудотворная икона ежедневно обходила дома и убежища русских людей и даже некоторых австрийцев, проникнувшихся величайшим уважением к нашей святыне, вслдствие бывших от нее явно-чудесных знамений.

Из Вены Владыка Митрополит со всем Синодом переехал сначала в Карлсбад, а затем – уже по окончании войны – летом 1945 г. в г. Мюнхен (Германия), который на время сделался крупным центром русской церковной и общественной жизни. В одном Мюнхене с его ближайшими окрестностями образовалось около 14 приходов и шла весьма интенсивная церковная жизнь во многих местах с ежедневными богослужениями. Летом же этого 1945 года Владыка Митрополит Анастасий уже в Мюнхене, совместно с Митрополитом Серафимом, хиротонисал во Епископа Киссингенского, викария Германской епархии, настоятеля Мюнхенского прихода архимандрита Александра (Ловчаго).

Желая возобновить связь, после нарушенного войной единения, отдельных частей Русской Зарубежной Церкви с Архиерейским Синодом, Владыка Митрополит добился разрешения, на поездку в Швейцарию, и из Женевы быстро наладил письменные сношения со всеми странами, где находились подведомственные нашей Русской Зарубежной Церкви церковные общины, чем укреплена была пошатнувшаяся было организация нашей Церкви заграницей.

В Швейцарии Владыка Митрополит оставался около 7 месяцев и за это время совершил, совместно с прибывшим из Америки Епископом Иеронимом, две архиерейских хиротонии – Архимандрита Серафима (Иванова) во Епископа Сант-Ягскаго и Архимандрита Нафанаила во Епископа Брюссельского и Западно-Европейского.

К Пасхе 1946 года он возвратился в Мюнхен, где вскоре 23 апреля им созван был Собор Зарубежных Епископов, в котором приняли участие и епископы Автономной Украинской и Белорусской Церкви, на одинаковых правах с представителями других округов. В этом Соборе приняли участие личным присутствием 15 архиереев, а остальные, из далеких стран, прислали свои пожелания и письменные мнения по вопросам повестки. Уже тогда Собор этот постановил отметить приближающийся юбилей Митрополита Анастасия – пятидесятилетие священно-служения, сорокалетие епископского служения и десятилетие возглавления им Русской Зарубежной Церкви – принятием им титула «Блаженнейшего», правом ношения двух панагий и преднесением креста. Но Владыка Митрополит категорически отверг все это, как и отклонил проекты празднования его юбилея, заявив, что «теперь не время праздновать».

И Владыка остался верен ceбе: в Мюнхене празднование этого знаменательного юбилея состоялось... без самого юбиляра, укрывшегося от чествования в тихой иноческой обители.

По окончании войны главное внимание Владыки Митрополита было устремлено на то, чтобы помочь православным русским людям выехать из разоренной Германии и организовать в новых местах их жительства нормальную церковную жизнь. Был открыт целый ряд новых архиерейских кафедр в разных странах, и архиереи, собравшиеся в результате войны в Зап. Германии, постепенно получали назначения на эти новооткрытые кафедры.

В сентября 1950 г. Митрополит Анастасий предпринял поездку в Западно-Европейскую епархию, где совершил два важных акта: хиротонисал в Женеве 11/24 сентября Архимандрита Леонтия (Бартошевила) во Епископа для Женевского викариатства и освятил 18 сентября /1 октября в Брюсселе новопостроенный Храм-Памятник Царю-Мученику и всем русским людям, в смуте убиенным. Вернувшись в Германию, он 25 сентября/8 октября освятил во Франкфурте новый храм в честь Воскресения Христова.