В конце 1930-х годов, когда безбожная власть приняла решение о повсеместном закрытии храмов и приступила к массовым арестам служителей Церкви, местные безбожники в городе Истре решили закрыть Троицкий храм. Председатель сельсовета совершил продажу школьного помещения под дачу некоему профессору, а школу и учащихся решил разместить в маленькой деревянной Троицкой церкви. Община храма обратилась с жалобой на действия председателя сельсовета. Комиссия разобрала дело и обязала председателя сельсовета расторгнуть договор о продаже школы, поэтому церковь не была закрыта.

Летом 1937 года сотрудники НКВД приступили к массовым арестам священнослужителей и верующих. 7 ноября 1937 года был арестован священник Александр Машков, который вместе с отцом Иоанном служил в Троицком храме. Во время допросов он

оговорил себя, а также отца Иоанна, диакона Петра Троицкого и старосту храма Михаила Строева в том, что они под его руководством организовали контрреволюционную группу для борьбы с советской властью.

Вместе с другими служащими Троицкого храма священник Иоанн Орлов был арестован 18 ноября 1937 года. В тот же день начались допросы.

— Вы арестованы как участник контрреволюционной группы. Дайте показания по этому вопросу.

— Участником контрреволюционной группы я не являюсь.

— Знаете ли вы ныне арестованного по линии НКВД гражданина Машкова?

— Священника Троицкой церкви Александра Машкова я знаю хорошо, примерно с 1911 года.

— Показаниями обвиняемого Машкова вы уличаетесь как участник контрреволюционной группы. Дайте показания по этому вопросу.

— Утверждаю о том, что я участником контрреволюционной группы не являюсь.

— Следствие предлагает вам быть правдивым и дать показания о вашем участии в контрреволюционной группе.

— Заявляю, что я участником контрреволюционной группы не являюсь.

— Вам зачитываются показания обвиняемого Машкова, подтверждаете ли вы это?

— Не подтверждаю.

— Когда и за что вы судились?

— Никогда не судился.

— Знаете ли вы граждан Машкова, Троицкого и Строева и какие у вас взаимоотношения?

— Священника Александра Машкова, диакона Петра Троицкого и церковного старосту Михаила Строева я знаю хорошо. Взаимоотношения у меня с ними нормальные.

— Посещали ли вы их квартиры и ходили ли они к вам?