Порой семья священника голодала. Старшие внуки отца Алексия, десятилетний Василий и семилетняя Зоя, весной бродили по оттаявшим картофельным полям. В вязкой сырой земле дети искали гнилую прошлогоднюю картошку. Они с большим удовольствием ели картофельные дранки, которые приготавливала из принесенного картофеля Серафима Андреевна.

Зимой не хватало сена, чтобы прокормить козу; Василий и Зоя в торговый день шли с мешками на базарную площадь, чтобы там набрать хоть сколько-нибудь сена. Отец Алексий, провожая их, предупреждал: «Из-под морды лошади сено не сметь брать, иначе хозяин ударит вас кнутом».

Лошади у священника не было, на все требы в любую погоду он ходил пешком, а на Пасхальной неделе несколько дней посещал дома прихожан. Еще в Балыках отец Алексий получил травму ноги. Молодой жеребенок ударил его передним копытом по колену, отчего произошел излом коленного сустава. В начале 1930-х годов отец Алексий заболел глаукомой, левым глазом он практически ничего не видел.

В 1930 году хозяйство священника было записано как кулацкое. Ночью в дом явилось несколько человек, которые предъявили документ о раскулачивании. Пришедшие начали выносить из дома вещи. Внучка отца Алексия Зоя, жившая в то время в доме священника, от шума проснулась. Серафима Андреевна просила оставить перовый матрасик, на котором лежала маленькая девочка, однако одна из пришедших женщин выдернула его и унесла с собой.

В дом к священнику часто приходили люди, чтобы получить совет в том или ином житейском деле: как составить письмо в суд, как поступить, к кому обратиться в той или иной сложной ситуации. Отец Алексий, чем мог, старался им помочь, не оставлял в беде, за что очень уважался народом.

Во время беспощадных гонений на Русскую Православную Церковь в конце 1930-х годов безбожные власти поставили перед собой задачу произвести повсеместно массовый арест духовенства и закрытие храмов. По всей стране с новой силой начались аресты и расстрелы священнослужителей и мирян.

В середине ноября 1937 года следователь Зарайского отделения НКВД Крысанов допросил двух человек, которые согласились дать лжесвидетельства против отца Алексия. Одна лжесвидетельница, в частности, показала, что отец Алексий «в сентябре 1937 года высказывался среди населения против советской власти и коммунистов, говорил: антихристова власть опять возвратилась к арестам, в Москве арестовали много священников. Это коммунисты боятся, что их по новой конституции не выберут в советы, поэтому они всю вину кладут на духовенство. Все равно, сколько они ни арестовывай, нас много, да и ведь народ шел за нами, так и пойдет, — они перед народом бессильны».

Другой лжесвидетель показал, что в марте 1937 года отец Алексий ругал сталинскую конституцию и при этом говорил: «...В конституции пишут о свободном вероисповедании, а в действительности этого нет, и верующих под видом всевозможных причин лишают права на отправление религиозных обрядов. Народ требует, чтобы я ходил по домам православных, а советская власть нам этого не разрешает. Я народу везде буду рассказывать, как представители власти нас притесняют, — я как ходил, так и буду ходить. Веру свою православную не брошу.»

Отец Алексий был арестован 24 ноября 1937 года у себя дома. Прощаясь с супругой, он сказал ей: «Спасибо тебе, верной ты была мне женой! Пойду я по стопам Спасителя».

В тот же день протоиерей Алексий был допрошен.

— Следствию известно, что вы среди населения вели контрреволюционную работу. Признаете ли вы это? — спросил следователь.

— Нет, я это отрицаю, это не признаю.

— Следствию известно, что вы среди населения высказывали контрреволюционного характера клевету на советскую власть и пораженческое настроение. Признаете ли это?

— Нет, я это отрицаю, этого не говорил.