С 1919 года Михаил Федорович стал служить псаломщиком в храме. В 1925 году он был рукоположен во священника.

Отец Михаил служил в различных приходах Московской епархии: в Благовещенской церкви в селе Матвеевское, в Успенской церкви села Кузьменки. Последним местом его служения был храм в честь Воскресения словущего в родном селе Молоди Чеховского района. За усердное служение Церкви Христовой отец Михаил был награжден наперсным крестом.

Во время массовых арестов духовенства и верующих в 1937—1938 годы власти приняли решение арестовать священника Михаила Рыбина. Следователь Подольского районного отделения НКВД 19 января 1938 года допросил четверых свидетелей, которые подписали протоколы допросов, необходимые следствию.

25 января 1938 года священник Михаил Рыбин был арестован и заключен под стражу в Серпуховской тюрьме. В день ареста он был допрошен.

— Кого из служителей культа в Подольском районе вы хорошо знаете и с кем имели связь и знакомство? Назовите их фамилии и где они сейчас находятся, — сказал следователь.

a □

— Из священников я хорошо знаю следующих лиц, служивших и проживавших в Подольском районе: священника Петра Ворона, священника Михаила из села Валищево, священника Евгения из села Прохорово, священника Сергия из селения Сер-тякино и благочинного протоиерея Николая Агафоникова. Все они в данное время арестованы органами НКВД.

— От кого вам стало известно об аресте перечисленных вами служителей культа и когда вы об этом узнали?

— Об аресте указанных мною священнослужителей Подольского района я узнал от своих прихожан и частью от прихожан, где они ранее служили, так как они обращались ко мне с просьбой прибыть к ним для исправления треб, и я выезжал в село Сер-тякино, в село Сергеевку и в Климовский поселок, и узнал я вскоре после их ареста, но точно дату не припомню, а также не припомню лиц из числа прихожан, кто мне об этом говорил.

— Вы среди населения проводили антисоветскую агитацию, высказывая недовольство против политики советской власти и коммунистической партии, признаете в этом себя виновным?

— Я никогда не высказывался против проводимых мероприятий советской властью, и виновным себя в предъявленном мне обвинении, то есть в антисоветской агитации, я не признаю.

2 февраля 1938 года тройка НКВД приговорила отца Михаила к расстрелу.

Священник Михаил Рыбин был расстрелян 17 февраля 1938 года на полигоне Бутово под Москвой и погребен в безвестной общей могиле.