Летом 1922 года при поддержке советских властей был организован обновленческий раскол и храмы в Лавре захватили обновленцы. Братия Лавры разделилась, часть придерживалась той точки зрения, что необходимо признать обновленческое ВЦУ, другие были категорически против присоединения к группе предателей Церкви, и им пришлось покинуть Лавру; среди них был и иеродиакон Серафим; 3 июля 1922 года он просил Духовный Собор отпустить его в бессрочный отпуск, и, получив разрешение, был определен на должность псаломщика ко храму великомученицы Екатерины, что на Васильевском острове в Петрограде.

В 1923 году храм великомученицы Екатерины был также захвачен обновленцами, и с 12 апреля 1923 года иеродиакон Серафим стал служить на Никифоровском подворье в Петрограде.

25 декабря 1924 года за ревностное служение он был награжден Патриархом Тихоном грамотой. 12 апреля 1928 года иеродиакон Серафим вернулся в Александро-Невскую Лавру, наместником которой стал в это время строгий ревнитель православия епископ Шлиссельбургский Григорий (Лебедев). В 1929 году иеродиакон Серафим был возведен в сан архидиакона.

27 ноября 1935 года власти города приняли решение об окончательном закрытии всех храмов Лавры. «В связи с тем, — писали они, — что бывшая Александро-Невская Лавра превратилась в большой советский городок, насчитывающий 17 различных учреждений и школ, где и нежелательно нахождение церкви, и, кроме того, идя навстречу наказам избирателей... и массовому ходатайству ряда предприятий и учреждений и физкультурников...

о закрытии церкви, так как помещение необходимо под районный дом физкультуры, — церковь закрыть, а здание использовать для указанной цели». После закрытия в январе 1936 года последнего действующего на территории Лавры храма во имя Сошествия Святого Духа отца Серафима вызвали в НКВД в качестве свидетеля и безуспешно пытались склонить к даче ложных показаний против других.

В отместку следователь взял с него подписку, что в трехдневный срок тот покинет город, и архидиакон Серафим уехал в город Клин Московской области и стал служить в Скорбященском храме.

Архидиакон Серафим был арестован 26 января 1938 года и заключен в Таганскую тюрьму в Москве. Один из дежурных свидетелей показал, что архидиакон, придя к благочинному, говорил: «Большевики, как хорошие музыканты, сменяют свою игру. Смотри, у нас по новой конституции голосовать будут все. Я нахожу в их игре одну их ловушку, не больше, тут надо быть осторожным, а то попадешь в их каземат».

Следователь допросил архидиакона:

— Вы были монахом?

— Да, я был монахом с 1919 года и остаюсь им в соответствии со своими убеждениями до настоящего времени.

— Следствие вам предъявляет обвинение в том, что вы, являясь служителем религиозного культа, высказывали антисоветские суждения против советской власти. Вы признаете себя в этом виновным?

— Виновным себя в предъявленном мне обвинении не признаю.