В конце 1930-х годов храм в селе закрыли, богослужения в нем прекратились, но отец Иоанн по-прежнему окормлял своих прихожан — крестил, исповедовал, причащал, соборовал и отпевал. Когда во второй половине 1937 года прокатилась массовая волна арестов, его брат, священник, стал просить отца Иоанна перестать совершать требы и вообще скрыться, уехать, хотя бы ради детей, но отец Иоанн отказался. В 1937 году он был награжден наперсным крестом.

21 января 1938 года следователь НКВД допросил священника Василия Крестова, служившего в Бронницком районе в селе Сал-тыково. На вопрос следователя, что ему известно об антисоветской агитации священника Фрязинова, он ответил: «Мне извест-

но, что Фрязинов среди населения Сильвачево систематически ведет контрреволюционную агитацию против проводимых мероприятий советской власти. В начале января 1938 года Фрязинов заявлял: “При царском правительстве весь народ жил во много раз лучше, чем сейчас при советской власти, каждый имел возможность купить себе все, что ему нужно. Теперь же, хотя есть и деньги, но ничего нет, за исключением кондитерских. Жизнь стала тяжелая, народ все же одумается, и придет время, пойдем душить всех правителей-коммунистов”».

25 января на основании этих показаний была составлена справка на арест отца Иоанна. Священник Иоанн Фрязинов был арестован в ночь на 26 января и заключен в Таганскую тюрьму в Москве. 31 января состоялся допрос.

— Следствие располагает материалом, что вы в июне 1937 года распространяли среди граждан селения Сильвачево клеветнические слухи о войне и поражении в этой войне СССР и восхваляли фашизм, дайте по этому поводу показания, — потребовал следователь.

— Такого случая и факта не было, каких-либо слухов о войне я не распространял и фашизм не восхвалял, — ответил священник.

— В том же месяце вы высказывались против займа. Дайте по этому вопросу объяснения.

— Высказываний с моей стороны против займа не было, если я и говорил, то только против того, что предлагали одну сумму подписки, а я просил меньше.

— Вы лжете, следствию известно, что вы в январе 1938 года высказывались среди граждан села Сильвачево о применении репрессий против коммунистов и восхваляли старый строй. Признаете себя виновным?

— Каких-либо настроений против коммунистов и о применении репрессий к ним не высказывал, этого не было, а также и не восхвалял старый строй. Виновным себя не признаю.

8 февраля следствие было закончено. 11 февраля тройка НКВД приговорила отца Иоанна к расстрелу. Священник Иоанн Фрязинов был расстрелян 22 февраля 1938 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.

После расстрела священника храм в селе разорили, он стал разрушаться и его превратили в коровник, который вскоре сгорел.