Переговоры об установлении патриаршества на Руси царь Теодор и боярин Борис начали в начале 80-х годов. В 1588 году на Русь прибыл Цареградский Патриарх Иеремия. По его прибытии в Москву начались переговоры о патриаршестве, которые проводил в основном боярин Годунов. Вскоре стороны пришли к согласью, и 17 января 1589 года состоялся собор епископов Русской Церкви, на котором царь сообщил о результатах переговоров с Патриархом Иеремией, давшим согласие на учреждение Московского патриаршества. Согласие и благословение Русской Церкви давала ее Церковь-мать — Церковь Константинопольская. Избрание Патриарха было назначено на 23 января, а интронизация — на воскресенье 26 января.

Собор избрал на Московское патриаршество три кандидатуры: Иова, митрополита Московского, Александра, архиепископа Новгородского, и Варлаама, архиепископа Ростовского. С грамотами, скрепленными подписями епископов и содержащими имена избранников, направился Патриарх Иеремия в царские палаты для представления их царю. Теодор Иоаннович выбрал Иова. Предстояло донести эту весть самому митрополиту Иову, который не присутствовал на соборе, равно как и архиепископы Александр и Варлаам. Царь и Вселенский Патриарх послали за смиренным избранником, которому царь Теодор сказал: "По изволению Божью и Пречистые Богородицы и великих чудотворцев Московских и по нашему совету со Святейшим Иеремией Патриархом Вселенским, и со архиепископы и епископы и со всем освященным собором нашего Российского царствия и со всеми бояре приговорили есмя быти тебе, Иову, митрополиту всея России, на великий престол в Патриархи в Московское государство Российского царствия".

Наречение Иова в Патриархи происходило в Успенском соборе после вечерни; Московский первосвятитель завершил вечерню особым молебном, затем с зажженной свечой вышел из алтаря и встал на амвон. Один из бояр, приблизившись к митрополиту, провозгласил формулу избрания его на патриарший престол. Иов ответствовал: "Если меня, грешного, избрал Святой Самодержец и Вселенский господин Иеремия со всем освященным собором, я принимаю столь великий сан с благодарностью". Обратившись к духовенству и народу, святитель дал торжественный обет ревностно блюсти свою паству. Через три дня, 26 января, состоялась патриаршая интронизация.

Когда в соборе торжественно встретили Вселенского Патриарха и царя Теодора, пред лицом освященного собора был приведен Иов для исповедания своей веры и произнесения специальной присяги. По окончании исповедания веры и присяги Патриарх Иеремия произнес, благословляя Иова: "Благодать Пресвятого Духа нашим смирением имеет тебя Патриархом в богоспасаемом граде царствующем Москве и всея Великие России".

Вселенский Патриарх начал Божественную литургию, и во время трисвятого пения соборный протоиерей и архидиакон подвели Иова к царским вратам, а епископы ввели его в алтарь. Патриарх Иеремия возложил на Иова руки и, разогнув Евангелие над его главою, молился о сошествии благодати Святого Духа на поставляемого: "Да будет сей архиерей Иисусов неугасимым светильником веры".

После сего литургию совершали оба Патриарха. Завершая евхаристический канон, Патриарх Иеремия возгласил: "В первых помяни Господи, Святейшего Патриарха нашего Иова Московского и всея России".

По завершении Божественной литургии русские архиереи возвели Патриарха Иова на святительское место посреди собора и трижды посаждали его на патриарший трон с пением многолетия по-гречески. Иеремия возложил на Патриарха Иова подаренные царем Теодором драгоценную панагию и святительские одежды — мантию и белый куколь.

В приветственном слове царь повелел Патриарху Московскому Иову именоваться главою епископов, отцом отцов, патриархом всех земель северных и вручил ему жезл святителя Петра. В свою очередь Патриарх Московский и всея Руси Иов благословил всю паству, радовавшуюся введением Русской Церкви в священное достоинство патриаршества.

Состоялись торжественная трапеза и угощение народа, затем Патриарх Иов совершил "шествие ослята", обойдя Кремль и Китай-город, благословив всех крестом и окропляя святой водой.

Торжества по установлению патриаршества завершились возведением в сан митрополита Александра, архиепископа Новгородского, и Варлаама, архиепископа Ростовского. Чин возведения архиепископа в митрополичий сан совершил Патриарх Иов.

Спустя некоторое время была подготовлена "уложенная грамота", в которой излагались события рождения патриаршества в Москве.

В 1598 году в Константинополе состоялся собор восточных православных Патриархов и многочисленных архиереев (более 80 человек), который канонически утвердил и благословил деяния Вселенского Патриарха Иеремии по учрежденью Московского патриархата. Собор определил русскому Патриарху пятое место в диптихе православных Патриархов.

Святейший Иов, заботясь о церковном устроении учредил четыре митрополии: Новгородскую, Казанскую, Ростовскую и Сарскую (Подонскую). Весьма важным его деянием явилось и введение "поповских старост" (благочинных) в больших городах, в частности, в Москве. На каждые сорок приходов назначался один "поповский староста", который должен был следить за церковным благочинием вверенного в его ведение приходского церковного округа, доводя до приходов волю и указания архиерея.

В свое время Стоглавый собор при царе Иоанне IV был озабочен состоянием духовного образования на Руси, но и ко времени Патриарха Иова улучшений в этом вопросе не произошло. Святейший Иов, будучи весьма книжным церковным деятелем, ясно сознавал необходимость регулярных школ, но его желание наталкивалось в основном на отсутствие православных учителей. Церкви православного Востока, откуда можно было призывать учителей, находились в угнетенном состоянии, а сколько-нибудь грамотные греки бежали в католические города и государства.