Пред своей кончиной Патриарх-нищелюбец писал, что он сооружал церкви и ставил патриаршие дворы ради нужд церковных, всем нуждающимся крестьянам и погорельцам всегда помогал, а оттого, что приобрел в свою келью, никто не пострадал. Когда же он скончался, то в его келье было обнаружено всего лишь 15 рублей, несколько икон и немного домашнего имущества.

Архимандрит Новоспасского монастыря вскоре стал епископом Коломенским. Пробыв на этой кафедре пять лет, Иов был поставлен на Ростовскую архиепископию, а некоторое время спустя — 11 декабря 1687 года — на Московскую митрополию.

Для архиепископа Иова это поставление было исполнением послушания царской воле и благословения освященного собора: в прощальной грамоте он говорит, что был "понужден от него (государя) аз смиренный на великую митрополию".

На всем пути церковного служения смиренный Иов был водим не собственной волей, но вопреки ней. Промысел Божий вел Иова тесным путем между боярскими смутами и бедственными воздыханиями русского народа. Святитель Иов течение жизни совершал так, как требует святое Евангелие: возлюбил кротость, милосердие и плач о грехах.

Смиренный митрополит приобрел государственный ум, содействуя царям мудрым словом и советом.

В то время, когда Русь возвеличилась как царство, Руси дан был кротчайший и смиреннейший из ее первосвятителей от Бога, воспринявший патриарший чин и звание.

С падением Константинополя и воцарением великого князя Иоанна IV Москва все более становилась центром Вселенского Православия. Идея "Москва — третий Рим" была реальностью, с которой считался весь православный мир. Многие считали, что "православнейшему царю" должен содействовать высший чин духовной иерархии — Патриарх, а Церковь царствующего града должна быть патриархатом. Все шло к тому, что возведение Московской митрополии в патриархат воспринималось как естественный ход событий. Кроме того, мысль об учреждении патриархата укреплялась тем, что московский царь, будучи охранителем Православия внутри страны, как государь-могущественной державы, мог оказывать материальную и политическую поддержку восточным Православным Церквам.

Переговоры об установлении патриаршества на Руси царь Теодор и боярин Борис начали в начале 80-х годов. В 1588 году на Русь прибыл Цареградский Патриарх Иеремия. По его прибытии в Москву начались переговоры о патриаршестве, которые проводил в основном боярин Годунов. Вскоре стороны пришли к согласью, и 17 января 1589 года состоялся собор епископов Русской Церкви, на котором царь сообщил о результатах переговоров с Патриархом Иеремией, давшим согласие на учреждение Московского патриаршества. Согласие и благословение Русской Церкви давала ее Церковь-мать — Церковь Константинопольская. Избрание Патриарха было назначено на 23 января, а интронизация — на воскресенье 26 января.

Собор избрал на Московское патриаршество три кандидатуры: Иова, митрополита Московского, Александра, архиепископа Новгородского, и Варлаама, архиепископа Ростовского. С грамотами, скрепленными подписями епископов и содержащими имена избранников, направился Патриарх Иеремия в царские палаты для представления их царю. Теодор Иоаннович выбрал Иова. Предстояло донести эту весть самому митрополиту Иову, который не присутствовал на соборе, равно как и архиепископы Александр и Варлаам. Царь и Вселенский Патриарх послали за смиренным избранником, которому царь Теодор сказал: "По изволению Божью и Пречистые Богородицы и великих чудотворцев Московских и по нашему совету со Святейшим Иеремией Патриархом Вселенским, и со архиепископы и епископы и со всем освященным собором нашего Российского царствия и со всеми бояре приговорили есмя быти тебе, Иову, митрополиту всея России, на великий престол в Патриархи в Московское государство Российского царствия".

Наречение Иова в Патриархи происходило в Успенском соборе после вечерни; Московский первосвятитель завершил вечерню особым молебном, затем с зажженной свечой вышел из алтаря и встал на амвон. Один из бояр, приблизившись к митрополиту, провозгласил формулу избрания его на патриарший престол. Иов ответствовал: "Если меня, грешного, избрал Святой Самодержец и Вселенский господин Иеремия со всем освященным собором, я принимаю столь великий сан с благодарностью". Обратившись к духовенству и народу, святитель дал торжественный обет ревностно блюсти свою паству. Через три дня, 26 января, состоялась патриаршая интронизация.

Когда в соборе торжественно встретили Вселенского Патриарха и царя Теодора, пред лицом освященного собора был приведен Иов для исповедания своей веры и произнесения специальной присяги. По окончании исповедания веры и присяги Патриарх Иеремия произнес, благословляя Иова: "Благодать Пресвятого Духа нашим смирением имеет тебя Патриархом в богоспасаемом граде царствующем Москве и всея Великие России".

Вселенский Патриарх начал Божественную литургию, и во время трисвятого пения соборный протоиерей и архидиакон подвели Иова к царским вратам, а епископы ввели его в алтарь. Патриарх Иеремия возложил на Иова руки и, разогнув Евангелие над его главою, молился о сошествии благодати Святого Духа на поставляемого: "Да будет сей архиерей Иисусов неугасимым светильником веры".

После сего литургию совершали оба Патриарха. Завершая евхаристический канон, Патриарх Иеремия возгласил: "В первых помяни Господи, Святейшего Патриарха нашего Иова Московского и всея России".

По завершении Божественной литургии русские архиереи возвели Патриарха Иова на святительское место посреди собора и трижды посаждали его на патриарший трон с пением многолетия по-гречески. Иеремия возложил на Патриарха Иова подаренные царем Теодором драгоценную панагию и святительские одежды — мантию и белый куколь.