Патриарх предостерегал царя Бориса от приглашения иностранных вероучителей. Иов говорил по этому поводу: "...В настоящее время во многих странах разгорелся великий пламень зло-хитрых ересей, так что даже и Трисвятого Божества коснуться дерзают".

Строгое Православие и забота о его чистоте ясно обнаруживались в распоряжениях святителя Иова.

Уже целое столетие Русская Церковь была озабочена исправлением богослужебных книг: началась книжная справа при преподобном Максиме Греке, продолжилась она в форме книжного собирательства при святителе Макарии Московском и встала перед Патриархом Иовом как важнейшее средство миссионерства и просвещения народов, живущих к востоку от Казани.

Исправление книг было ответственным и важным мероприятием. Святейший Патриарх Иов предпринимает поиски наименее поврежденных текстов и размножение их типографским способом. Учитывая неизбежность поврежденности рукописных текстов, Патриарх приносит в каждой отпечатанной книге послесловное извинение за возможные несовершенства переписки и печати этих книг.

В годы патриаршества Иова печатаются следующие богослужебные книги: Триодь Постная (1589), Триодь Цветная (1592 — 1594; 1604), Псалтирь (1591, 1602), Октоих (1594), Апостол (1597), Часослов (1598), Минея общая, Чиновник (1600) и другие. Все книги, кроме Псалтири, Апостола и Часослова, были изданы впервые.

Несмотря на то, что на Руси в последние годы правления царя Бориса свирепствовал опустошительный голод, книги печатались, и эта работа рассматривалась церковной и государственной властью как важнейшее средство духовного образования россиян. К концу XVI века была покорена Москвою сибирская страна; возникли опорные миссионерские городки Тюмень и Тобольск.

Русь издревле выработала способ христианского просвещения покоренных или осваиваемых земель — образование монастырей как центров культуры. Первые подвижники, стремившиеся привести к Богу души туземцев, терпели величайшие опасности, не ожидая при этом для себя никакой материальной выгоды. Так, содействием и по благословенью Патриарха Иова возникают монастыри, выдвинутые далеко на восток и в глубь Сибири — Спасский Енисейский (1593) и Николаевский Верхотурский (1604). По В. В. Зверинскому, в 1605 г. основана приходская Воскресенская церковь, в 1635 г. при ней основан монастырь Воскресенский Березовский (1635) и Знаменский Тобольский (1605). Царский двор содействовал Патриарху и предоставлял всевозможные льготы строителям этих монастырей: монахи и священнослужители, переселявшиеся в Сибирь, получали особое царское хлебное и денежное содержание.

При Патриархе Иове происходило массовое крещение Сибири — крестились коренные сибиряки и их князья.

Патриарх Иов учредил более десяти монастырей; среди этих обителей славнейшей является Московский Донской монастырь, основанный в 1591 году в память об избавлении Руси от полчищ крымских татар.

Особенно много потрудился Святейший Патриарх Российский в прославлении святых угодников Божьих. Он был обрадован обретением мощей Германа, архиепископа Казанского, бывшего архимандрита Старицкого Успенского монастыря. Мощи святителя Германа были перенесены из Москвы в основанный им Свияжский Богородицкий монастырь, что близ Казани, и 25 сентября была установлена в честь сего перенесения церковная память.

В 1595 году были обретены мощи святителя Гурия, архиепископа Казанского, и Варсонофия, епископа Тверского. Патриарх повелел построить церковь над местом их погребения и благословил

Гермогена, митрополита Казанского, составить житие святителей, что и было исполнено. По ходатайству Гермогена, митрополита Казанского, Святейший Патриарх повелел творить церковную память трех Казанских мучеников — Иоанна (память 24 января), Стефана и Петра (память 24 марта).

Таким образом Патриарх Иов положил основание прославлению Собора Казанских святых.

Так продолжалась макариевская традиция собирания и прославления русской святости. Трудами и благословениями Московского Патриарха установлены общецерковные празднования памяти преподобных: Антония Римлянина, Иосифа Волоцкого, Мартирия Зеленецкого, Корнилия Вологодского, перенесены мощи святителя Филиппа из Тверского Отроча монастыря в Соловецкий монастырь и особенно прославлены Московские святые. Около двадцати церковных памятей, новых прославлений и особых чествований установил Святейший Иов.