С 1588 года у гроба блаженного Василия, Христа ради юродивого, Московского чудотворца, начали совершаться многочисленные чудеса. Первосвятитель Иов с собором епископов и архимандритов определил праздновать память блаженного Василия 2 августа, а царь Теодор повелел построить придел над гробом святого. По окончании строительства Патриарх Иов первый отслужил службу в храме во имя Василия Блаженного, Московского чудотворца. В 1597 году Патриарх совершил чин обретения мощей блаженного.

По кончине своего современника — блаженного Иоанна, по прозвищу "Большой Колпак", Святейший Патриарх Иов установил церковную память и сему Московскому чудотворцу.

Почитая своих святых предшественников на Московском первосвятительском престоле и веруя, что по их молитвам Русская Церковь взыскала патриаршее достоинство, Святейший Патриарх Иов установил соборное празднование Московским святителям Петр Алексию и Ионе.

Патриарх Иов весьма чтил память преподобного Даниила Александровича, князя Московского. Он повелел боярину Олферьеву и иноку Переяславского Даниловского монастыря Сергию написать службу князю Даниилу.

Первый Патриарх продолжал и развивал отношения с братскими Православными Церквами. К концу XVI века относится установление связей между Иверией (Грузией) и Русью. Еще в 1686 году грузинский царь Александр обратился к царю Теодору Иоанновичу с тем, чтобы он принял Иверию под свое покровительство. Спустя два года митрополит Иов отвечал царю Александру, что русский царь "землю твою Иверскую взял в свое царское достояние под свою руку".

Царь и Патриарх посылали в Грузию материальную помощь и духовные послания. Сохранилось замечательное учительное послание Патриарха Иова митрополиту Иверскому Николаю.

Почти каждый год патриаршества Иова был ознаменован постройкою в Москве нового храма. Самое величественное строение — колокольня на Соборной площади Московского Кремля с церковью Иоанна Лествичника. Строили ее в условиях всеобщего длительного голода, работа на строительстве колокольни гарантировала заработок и пропитание массам крестьян, укрывавшихся в Москве и получавших хлеб из государственных запасов.

Многостороннее церковное домостроительство первого Московского Патриарха также касалось укрепления веры и благочестия просвещенных святым крещением восточных народов. Однажды святитель Казанский Гермоген обратился к Патриарху Иову за советом по поводу отступления крещеных Казанцев от обычаев и обетов христианских. Патриарх рекомендовал охранительные меры — создавать христианские слободы в казанских землях и не позволять христианам поступать на службу к некрещеным татарам.

По Божьему благоволению для укрепления в вере казанских христиан явилась чудотворная икона Пресвятой Богородицы, именуемая Казанской. После обретения святыни святителем Гермогеном им была составлена о том повесть. "Заступница Усердная" вскоре стала спасительницей Руси от великой Смуты.

Смута продолжалась во все правление Иова. В своем духовном завещании Иов говорит следующее: "Бог знает, в какие рыдания и слезы я впал с тех пор, как возложен был на меня сан святительства; или из-за своей немощи, не имея сил духовных, или соболезнуя бедам паствы своей, погружаем был в лютые напасти, озлобления, клеветы и укоризны; все это меня, смиренного, постигло". Попущением Божьим в Угличе в 1591 году совершилось несчастье: при загадочных обстоятельствах погиб царевич Димитрий, сын Иоанна IV. Возник стихийный бунт и устроен самосуд над государевыми людьми. Правительство послало для расследования дела авторитетную комиссию во главе с митрополитом Сарским и Подонским Геласием и боярином Василием Шуйским — будущим царем.

Выводы расследования комиссия представила Думе и освященному собору; комиссия доказывала, что кончина царевича была нечаянной вследствие его болезни. Собор духовенства и бояр согласился с выводами следственной комиссии и определил, что "смерть Димитрия царевича учинилась Божьим судом". Патриарх Иов не верил в причастность Бориса Годунова к убийству царевича и сохранил свою уверенность в этом до конца дней.

Спустя семь лет по преставлении царевича Димитрия скончался царь Теодор Иоаннович. Умирающему царю явился "муж в светлых одеждах", которого царь назвал Патриархом и велел окружавшим его одр боярам воздать сему мужу должную честь.

Придя к царю, угасающему рабу Божью Теодору, Патриарх Иов благодарил Бога за чудное явление Ангела Господня. Затем Патриарх совершил святое таинство елеосвящения и причастил Теодора Святых Христовых Тайн. Вскоре царь Теодор скончался, наследников он не оставил, и так пресеклась прямая династия Рюриковичей.

Патриарх Иов благословил завершить панихиду и пение надгробного рыдания раздачей милостыни бедным, церквам, и монастырям, а также освобождением узников из темниц.