Пробыв недолго в Крыму, Владыка возвратился в Архангельск, где принимал больных, но не оперировал.

Весной 1934 года Владыка Лука посещает Ташкент, затем переезжает в Андижан, оперирует, читает лекции. Здесь он заболевает лихорадкой папатачи, которая грозит потерей зрения, после неудачной операции он слепнет на один глаз. В этом же году, наконец, удается издать «Очерки гнойной хирургии». Он совершает церковные службы и руководит отделением ташкентского Института неотложной помощи.

13 декабря 1937 года — новый арест. В тюрьме Владыку допрашивают конвейером (13 суток без сна), с требованием подписать протоколы. Он объявляет голодовку (18 суток), протоколов не подписывает. Следует новая высылка в Сибирь. С 1937 года по 1941–й Владыка жил в селе Большая Мурта Красноярской области.

Началась Великая Отечественная война. В сентябре 1941 года Владыка был доставлен в Красноярск для работы в местном эвакопункте — здравоохранительном учреждении из десятков госпиталей, предназначенных для лечения раненых.

В 1943–м Преосвященный Лука становится архиепископом Красноярским. Через год его переводят в Тамбов архиепископом Тамбовским и Мичуринским. Там он продолжает медицинскую работу: на его попечении 150 госпиталей.

В 1945 году была отмечена пастырская и врачебная деятельность Владыки: он удостаивается права ношения бриллиантового креста на клобуке и награждается медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».

В феврале 1946 года архиепископ Тамбовский и Мичуринский Лука стал лауреатом Сталинской премии 1 степени за научную разработку новых хирургических методов лечения гнойных заболеваний и ранений, изложенных в научных трудах «Очерки гнойной хирургии» и «Поздние резекции при инфицированных огнестрельных ранениях суставов».

В 1945–1947 годах им закончена работа над эссе «Дух, душа и тело», начатая в начале 20–х годов.

26 мая 1946 года Преосвященный Лука, несмотря на протесты тамбовской паствы, переведен в Симферополь и назначен архиепископом Крымским и Симферопольским.

1946–1961 годы были всецело посвящены архипастырскому служению. Болезнь глаз прогрессировала, и в 1958 году наступила полная слепота.

Однако, как вспоминает протоиерей Евгений Воршевский, даже такой недуг не мешал Владыке совершать Божественные службы. Архиепископ Лука входил без посторонней помощи в храм, прикладывался к иконам, читал наизусть богослужебные молитвы и Евангелие, помазывал елеем, произносил проникновенные проповеди. Ослепший архипастырь также продолжал управлять Симферопольской епархией в течение трех лет и иногда принимать больных, поражая местных врачей безошибочными диагнозами.

Скончался Преосвященный Лука 11 июня 1961 года в День Всех Святых, в земле Российской просиявших. Похоронен Владыка на городском кладбище Симферополя.

В 1996 году Святейшим Синодом Украинской Православной Церкви Московского Патриархата было принято решение о причислении Высокопреосвященного архиепископа Луки к лику местночтимых святых, как Святителя и исповедника веры. 18 марта 1996 года состоялось обретение святых останков архиепископа Луки, которые 20 марта были перенесены в Свято–Троицкий кафедральный собор Симферополя. Здесь 25 мая состоялся торжественный акт причисления Высокопреосвященного Луки к лику местночтимых святых. Отныне каждое утро, в 7 часов, в кафедральном Свято–Троицком соборе Симферополя совершается акафист Святителю у его раки.

Высокопреосвященный Владыка Лазарь освятил место в поселке Кяцивели для строительства храма в честь Святителя Луки. Позже был освящен закладной камень храма.