С переселением старца Амвросия в Шамордино весь многочисленный поток посетителей направился в эту обитель. Посещая старца, многие влиятельные люди познакомились с Шамординской обителью и, видя любовь старца к ней, из уважения к отцу Амвросию сами становились усердными благотворителями обители, что крайне необходимо было для ее дальнейшего существования. Всю зиму старец ежедневно принимал посетителей, но заметно было, что он постепенно слабел. Часто к вечеру он приходил в полное изнеможение и терял совершенно голос. В воскресенье и праздничные дни в келье старца совершали "бдения", для чего специально приезжал иеромонах из Оптиной Пустыни. Первое время, когда батюшка имел больше сил, он сам во время бдения делал возгласы и читал Евангелие. Когда наступало время чтения Евангелия, все присутствовавшие (несколько сестер и немного из приезжих) подвигались к дверям батюшкиной кельи и обращались в слух и внимание. Старец выходил своей торопливой походкой к аналою и тихим старческим голосом читал Евангелие. Его чтение производило на всех глубокое впечатление. Один из очевидцев пишет: "Какая это была торжественная минута: седой, сгорбленный старец - живой проповедник Евангелия, и слова, им произносимые, становились как бы живыми, росли... и наполняли собой всю душу!.."

Живя в Шамордино, о.Амвросий причащался один раз в две недели.

Особым торжеством для Шамординской обители в зиму 1890 года было 7-е декабря - день ангела их любимого старца. Храм к этому дню был убран по-праздничному. Из Оптиной Пустыни приехали архимандрит Исаакий со старшей братией поздравить с днем тезоименитства своего духовного отца. Было торжественное бдение, божественная литургия и молебен с многолетием имениннику. Вся многочисленная шамординская семья пришла поздравить старца. Многие сестры приготовили ему подарки: кто икону, кто четки, кто связал какую-то вещь. Батюшка был очень растроган единодушным выражением любви, всех благодарил, но был несколько смущен торжеством и даже сказал о.Исаакию: "Уж... очень много параду сделали".

Шла зима. Сестры ежедневно назидались душеспасительным словом батюшки. Сам же он постепенно таял и все чаще стал прикровенно говорить окружающим о своей смерти. Когда на Новый год все сестры пришли к о.Амвросию поздравить его и получить благословение, он вышел к ним, благословил всех, затем сел на диван и очень серьезно произнес начало стихотворения: "Лебедь на водах Меандра песнь последнюю поет..." И затем прибавил: "Лебедь на водах Шамордиандра песнь последнюю поет". При этом старец пояснил, что лебедь поет свою песнь только однажды, перед смертью. Все сестры были опечалены этими словами, но вскоре они забылись, потому что жизнь текла своим обычным порядком; старец, хотя и был слаб, но продолжал принимать посетителей.

Спокойно, в обычных иноческих трудах прошел Великий пост. С особой радостью шамординские сестры встретили Св. Пасху; их любимый старец был с ними. Всю светлую седмицу сестры пели в келье у старца утреню, часы и вечерню. Батюшка сам пел вместе с певчими, младенческая радость сияла на его лице. В пятницу на светлой седмице, благодаря сестер за то утешение, которое они ему доставили, о.Амвросий ласково сказал им: "Спаси Господи, - а потом прибавил, - будете вы вспоминать эту Святую (седмицу)". Сестры не придали особого значения этим словам, и только через год, когда в этот же день отмечалась полугодичная память со дня кончины старца, им стал понятен смысл слов старца.

Когда наступила теплая погода, о.Амвросий неоднократно выезжал на место строительства корпусов и детского приюта. Ни один важный вопрос хозяйственной, дисциплинарной и духовной жизни не решался в это время без совета мудрого старца. Непрестанные заботы лишали о.Амвросия последних сил. Многие из его близких говорили, что ему нужен полный покой и отдых, но старец на это отвечал со свойственным ему юмором, что покой для человека настанет только тогда, когда пропоют над ним: "Со святыми упокой". Часто старец был настолько слаб, что не мог принимать многочисленных посетителей и, зная, что на него обижаются те, кто долго не мог попасть к нему, говорил: "Ведь не верят, что я слаб, а ропщут".

В течении всего лета в Шамординскую обитель приходили слухи, что новый Калужский архиерей, Преосвященный Виталий собирается посетить их обитель. Приезд владыки вызывал у многих опасения, так как было известно, что Преосвященный был недоволен столь долгим пребыванием о.Амвросия в Шамордино. Сестры спрашивали с тревогой батюшку, как встретить им владыку? На это старец, ободряя их, полушутя говорил: "Не мы его, а он нас будет встречать, а мы ему "аллилуйя" пропоем". Когда в другой раз сестры сказали о.Амвросию, что владыка хочет с ним о многом поговорить, он ответил: "Мы с ним потихоньку будем говорить, никто не услышит". Эти слова вызывали недоумение у сестер и стали понятны им лишь тогда, когда наступили для обители дни печали...

Наступила осень 1891 года. 21 сентября, в субботу, как всегда, приехал иеромонах из Оптиной для совершения бдения в келье батюшки, но в этот день старец настолько ослаб, что не смог слушать службу, у него появился озноб. Тревожная весть, подобно молнии, облетела обитель и встревожила всех. "Батюшка захворал", - передавали друг другу с трепетом сестры. Все понимали, что для старца, истощенного многими трудами, любая болезнь может быть очень опасна. Никто не хотел думать, что началась болезнь, которая сведет старца в могилу, но это было так. На следующий день у отца Амвросия заболели уши, в течении нескольких дней боль усиливалась, и он почти совершенно потерял слух. В эти дни старец сказал одной из прислуживающих ему сестер, что "это последнее испытание". Болезнь постепенно прогрессировала; к боли в ушах прибавилась еще боль в голове и во всем теле. Встревоженная настоятельница послала телеграмму в Москву, прося приехать к больному старцу известного опытного врача. 27 сентября нарыв в ухе о.Амвросия прорвался, и боль стала утихать. Вечером приехал доктор и успокоил всех, сказав, что болезнь не опасна. Старец действительно стал видимо поправляться и даже принимал некоторых посетителей. Однако ко всеобщему огорчению, 4-го октября головные боли у старца усилились, а к вечеру поднялся жар. Все следующие дни старец находился в лихорадочном состоянии, иногда от сильного жара погружался в забытье. В редкие промежутки, когда о.Амвросию становилось лучше, он делал распоряжения по обители, призывал некоторых лиц и беседовал с ними.

В эти дни проявилась прозорливость старца. Большая толпа его почитателей с утра до вечера стояла у его крыльца, хотя по состоянию здоровья он никого не мог принимать. Но однажды старец вдруг проговорил вслух: "Кто это опять там проситься в монастырь?" В келье никого из посторонних не было, и старца пытались успокоить, что никто не проситься. Через несколько минут болящий опять, но уже с гневом произнес: "Да что же мне не скажут, кто это еще проситься в монастырь?" После этих слов келейник вышел на крыльцо, недоумевая, как ему узнать, кто из многочисленной толпы желает поступить в обитель. Когда келейник появился на крыльце, к нему обратился молодой человек, желавший спросить у о.Амвросия, в какой монастырь благословит он его поступить. Вопрошавший был некогда послушником в Оптиной Пустыни, затем ушел на Афон, но и там не смог ужиться; но душа его тосковала в мире, и он решил с благословения о.Амвросия опять поступить в какую-либо обитель. Келейник передал просьбу вопрошавшего. Батюшка пригласил его к себе, благословил и велел поступить в известную по высоте и строгости духовной жизни Глинскую Пустынь. Восьмого числа усилился жар, который временами сменялся ознобом, временами больной бредил и впадал в забытье. Из скита были вызваны о.Анатолий (скитоначальник) и о.Иосиф (старший келейник о.Амвросия). Весь день батюшка был без сознания. Жар доходил до сорока градусов. К вечеру было решено совершать над болящим таинство Елеосвящения, но он был настолько слаб, что окружающие думали, что он умрет, и о.Иосиф прочитал отходную; а затем было совершено елеосвящение. Все время совершения таинства о.Амвросий был без сознания. После 12-ти часов жар стал постепенно спадать, и больной пришел в сознание. 9-го в шесть часов утра старец с большим трудом причастился Св.Таин. В этот день он не терял сознание, но был очень слаб. Когда к нему подошла матушка Евфросиния, он ласково посмотрел на нее и тихо произнес: "Плохо, мать".

В этот день к умирающему приезжал проститься настоятель Оптиной Пустыни о.Исаакий. Войдя к нему, он был поражен его изможденным видом и заплакал от жалости. В это время старец уже не мог говорить, но он узнал о.Настоятеля. Устремив на него глубокий пристальный взгляд, он поднял руку и снял шапочку - этим он выразил свое последнее приветствие своему горячо любимому настоятелю.

Очевидец последних часов жизни старца Амвросия рассказывает, что в последнюю ночь старец шептал молитву вплоть до утра; в три часа утра жар начал спадать, но вместе с тем последние силы начали оставлять старца. Его взор начал останавливаться на какой-то точке, губы перестали шевелиться, пульс становился слабее. В одиннадцать часов прочитали отходную молитву. Через несколько минут началась агония: ноги вытянулись, присутствующие могли заметить, что старец быстро взглянул на лево и быстро же отвернулся, страдальчески скосив лицо как бы от испуга или от острой боли. Правой рукой он будто отмахнулся, бросив ее к левому плечу, и, повернул голову вправо, просиял, лицо осветилось, и он чуть-чуть улыбнулся. Лицо старца начало покрываться мертвенной бледностью - старец умирал. Дыхание становилось все реже и реже. Вскоре он сильно вздохнул; через несколько минут вдох повторился, после этого батюшка поднял правую руку, слабо перекрестился и вздохнул в третий и последний раз. Душа великого старца-подвижника оставила его многострадальное тело. Все присутствующие в священном трепете стояли вокруг одра своего духовного отца, никто не решался нарушить священную тишину, во время которой произошла тайна разлучения души с телом; все молчали, а "святая душа его была уже далеко: она тихо отлетела в иной мир и предстала престолу Всевышнего, в сиянии той любви, которой он полон был на земле".

Через несколько минут после кончины батюшки вся обитель погрузилась во всеобщий стон. Невозможно словом описать горе сестер, для которых старец Амвросий был единственной опорой в их тяжелой земной участи.

В этот же день было разослано множество телеграмм во все концы России с извещением о кончине старца. Была послана телеграмма и Калужскому епископу Виталию, но она застала его уже на дороге в Шамординскую обитель. Владыка выехал из Калуги в половине двенадцатого, в то самое время, когда скончался старец. Узнав о смерти о.Амвросия, Преосвященный произнес: "Теперь я вижу, что это старец меня пригласил на отпевание; простых иеромонахов не отпевают епископы, но этот старец так велик, что его непременно должен отпевать епископ. Меня доктора отпустили с условием, чтоб я нигде не служил, но я считаю обязанностью отпевать старца".

Сразу же после кончины старца в соседней комнате начали читать попеременно псалтырь по усопшему. 11-го октября в Шамординской обители, Оптиной Пустыни и многих других местах были отслужены заупокойные литургии. После литургии началось непрерывное служение панихид, во время которых непрестанно прибывавшие почитатели старца изливали горячие молитвы об упокоении его души и в этом находили облегчение своему безутешному горю. Панихиды большей частью служили представители белого духовенства, съехавшиеся из окрестных сел и городов. Они считали за честь отслужить панихиду по великом старце. Белевский женский монастырь прислал свой хор певчих. Уставших шамординских певчих сменяли белевские, затем пели воспитанницы приюта, пели оптинские монахи, пели, наконец, все, кто мог петь, и как придется, потому что все-таки не хватало сил служить все панихиды. В два часа гроб с телом почившего старца перенесен из настоятельского корпуса в храм. Народ нескончаемой вереницей стал подходить к гробу и, прощаясь с великим печальником, воздавал ему последнее целование. Многие приносили своих детей и прикладывали их ко гробу. Приносили также платки, куски холста и разные вещи, прикладывали их к телу праведника и, как великую святыню, уносили обратно.