Он ограждал свою Церковь богослужебными уставами, изложил письменно чин литургии, сократив употреблявшийся дотоле состав литургии Василия Великого; установил всенощные бдения, крестные ходы с пением антифонов. Действуя и словом, и примером, он приучил снова духовенство исполнять долг святого служения, и Церковь точно воздвигалась вновь, и народ толпами стремился к ней.

Он всячески старался привлекать к православию и многочисленных ариан, которых более всего было среди готов. С этой целью он посвящал им священников из их племени, отдал им церковь для богослужения на их родном языке, сам часто там проповедовал, причем его слова переводились на готский язык особым переводчиком. Также имел он горячую заботу о распространении Евангелия в отдаленных странах, отправлял проповедников к скифам, к готам, к славянам. Мало-помалу восторженная любовь, которую он сумел возбудить в Антиохии, возгорелась к нему и среди его новой константинопольской паствы. И сам он всей душой привязался к тем, которых силой своей любви вывел на широту: "Вы, — говорил он своему народу, — вы мои отцы, мои братья, мои сыновья, мои члены, мое тело, моя жизнь, мой венец, мое утешение, мой свет!"

Тяжело останавливаться на последних годах жизни великого святителя, видеть, как торжествовали низость и насилие, как страдала святая добродетель.

Императрица Евдоксия, евнух Евтропий и Феофил Александрийский — вот имена нечестивых, не стерпевших праведника и погубивших его. Евнух Евтропий, любимец Аркадия, сам вначале указал императору на Иоанна — в надежде, что патриарх, ему обязанный своим возвышением, будет служить и ему опорой; но скоро убедился в своей ошибке и увидел в Иоанне грозного обличителя своих беззаконий. Феофил Александрийский вначале противился избранию Иоанна на патриарший престол и не мог простить ему его возвышения. Злоба, таившаяся в душе его, ждала случая обнаружиться. Императрица Евдоксия, стремясь избавиться от ненавистного ей господства Евтропия, который совершенно овладел слабоумным Аркадием, в новом патриархе думала найти себе могущественного союзника и всячески старалась снискать его расположение и содействие. Она богато наделяла церкви, помогала бедным и своим благочестием старалась привлечь к себе сочувствие патриарха.

В 398 году, когда совершалось перенесение мощей в усыпальницу за стенами города, она смиренно следовала за крестным ходом, босая, с непокрытой головой, и этим так тронула сердце Иоанна, что он, увлеченный и воображением, и собственным красноречием, в пламенных словах изобразил это светозарное шествие: "Смиренная, как раба Господня, светлая, как один из Его Ангелов!" Когда же она собственными усилиями сумела устроить падение Евтропия и стала сама руководящей властью в империи, то отношения ее к Иоанну изменилось. Враги Иоанна успешно воспользовались ее самолюбием, передавая ей слухи о намеках на нее, которые патриарх будто бы позволял себе делать в проповедях своих. Этого было достаточно, чтобы возбудить чувство мести в гордой, властолюбивой душе царицы; а в совести своей она должна была сознавать, что не чужда тех пороков, которые обличал Иоанн, угрожая за них судом Божиим. Евдоксия жаловалась императору; Иоанну делались выговоры за его смелые речи, а он отвечал: "Я — епископ, и мне вручено попечение о многих душах. Если царица не знает зла за собой, то ей не за что сердиться: я обличаю беззаконие, никого не называю, но учу всех не делать зла". Раздраженная достоинством епископа, Евдоксия не могла уже владеть собой — она приблизила к себе врагов его, и вместе с Феофилом Александрийским решили они созвать собор и на его обсуждение предоставить обвинения, возводимые на Златоуста. Собор, составленный из 36 епископов, вырванных из среды врагов Иоанна, открылся при Дубе, в селении близ Халкидона, на противоположном Константинополю берегу Босфора. Всех обвинений было 29 — и все они были основаны на самой наглой клевете. Иоанна обвинили, между прочим, в оскорблении императрицы, которую он будто бы дерзнул всенародно сравнить с Иезавелью. Беззаконный собор произнес низложение патриарха, приговорил его к изгнанию, и приговор был утвержден императором.

Когда весть об этом разгласилась, весь народ пришел в волнение. Со всех концов Константинополя устремился он к соборному храму святой Софии и архиерейскому дому, соединенному с ним галереей, и днем, и ночью окружил их как бы живой стеной. В городе стали ходить самые тревожные слухи; говорили уже не только об изгнании, но даже и о смертном приговоре. Народ, взволнованный такими слухами, наполнял церкви, молясь за Иоанна, или толпился на соборной площади, чтобы хоть издали увидеть архиепископа или услышать звук его голоса.

Среди общего смятения один Иоанн был спокоен. "Никто и ничто не может разлучить нас, — так говорил он своей пастве, — мы разделимся местом, но любовью останемся соединены; даже смерть не может разлучить нас: хотя умрет мое тело, но душа будет жива и никогда не забудет о сем народе. Не тревожьтесь настоящими событиями, в одном покажите мне любовь вашу — в непоколебимой вере. Я же имею залог Господа и не на свои силы полагаюсь. Я имею Его Писание; оно мне опора, оно мне крепость, оно мне спокойная пристань; слова в нем для меня щит и ограда. Какие слова? — Я с вами до скончания века(Мф. 28: 20). Христос со мною: кого мне бояться? Что Богу угодно, то да будет. Если Ему угодно оставить меня здесь, благодарю Его; взять отсюда — опять благодарю Его".

На следующий день, около полудня, один из придворных императора принес Иоанну повеление немедленно оставить город. "Я обязан повиноваться императору, — сказал он, — и не желаю, чтобы хоть одна капля крови пролилась из-за меня". Он поспешно вступил на корабль, уже готовый принять его, и вскоре ночная темнота скрыла от взоров народа удалявшегося святителя.

Но поутру смятение все еще росло. Народ наполнял храмы, толпился на улицах и площадях, воссылая горячие моления о любимом пастыре, негодуя на врагов его.

Ночь принесла с собой новые ужасы: произошло сильное землетрясение. Подземные удары были особенно сильны около царского дворца и в самом дворце. Среди ночи императрица Евдоксия, в ужасе, вся в слезах, вбежала к императору. "Мы изгнали праведника, — воскликнула она, — и Господь за то карает нас. Надобно его немедленно возвратить, иначе мы все погибнем". Евдоксия сама написала Иоанну письмо, в котором, уверяя его, что невиновна в его осуждении, именем Бога умоляла его возвратиться. За первым посланным последовал второй, третий: так нетерпеливо ожидала испуганная императрица возвращения Иоанна. Народ узнал о случившемся, и вскоре весь залив Константинопольский покрылся лодками. Кто спешил навстречу святителю, кто ждал его в пристани, чтобы его приветствовать; к ночи лодки осветились факелами; по всему берегу зажглись огни; и архиепископ вернулся при радостных кликах народа. Иоанн отказался вступить в город, пока низложение его не будет отменено новым собором. Настроение же народа было так мятежно, что императрица умоляла его прибыть немедленно: ради общего успокоения, он исполнил ее желание. Предшествуемый и сопровождаемый народной толпой при звуках торжественного песнопения, он вступил в город и вошел в храм свой. В храме он благословил свой народ, громко восклицая: "Благословен Бог, удаливший меня! Благословен Он, возвративший меня! Благословен Бог, попустивший бурю, и благословен Он, укротивший ее!" Новый собор из 65 епископов объявил незаконность Дубского собора, и Иоанн вступил вновь в управление своей паствой. Но вслед за этим просветом, осиявшим жизнь Златоустого, стали снова скопляться над ним мрачные тучи. Не прошло двух месяцев, как императрица успела оправиться от суеверного ужаса. Отуманенная высотой власти, до которой она теперь достигла, она пожелала, чтобы ей была воздвигнута статуя посреди города. Статуя была поставлена на площади против храма святой Софии, и открытие ее ознаменовалось шумными празднествами совсем языческого характера: крики, громкие песни, звуки музыки долетали до храма и во время богослужения заглушали церковное чтение и пение. Иоанн тогда произнес в церкви сильную речь против зрелищ. Императрице донесли, что в этой речи встречались слова: "Опять Иродиада пляшет, опять Иродиада волнуется; опять требует главы Иоанна!.." Еще яростнее запылала ее ненависть против патриарха.

Приближался праздник Пасхи, который нигде в христианском мире не совершался с такой торжественностью, как в Царьграде, в соборном храме святой Софии. Император, желая показать, что он признает незаконным положение Златоустого, отказался принять от него Святые Тайны и велел сказать святителю, чтобы он не являлся в собор. Между тем в Великую Субботу более трех тысяч человек новообращенных должны были принять Святое Крещение в храме святой Софии. Иоанн прибыл туда поутру; началась священная служба, и уже шло Таинство Крещения, как вдруг толпа вооруженных воинов с шумом ворвалась в храм и силой извлекла из него архиепископа. Народ стал защищать его, многие были ранены и убиты; разогнали новообращенных, готовящихся к Крещению; крики ужаса, звук оружия, плач женщин, стоны раненых и умирающих наполнили храм. Иоанна отвели в дом его, а новообращенные бросились в загородные крещальни и даже бани, где, освятив молитвой воду, духовенство стало довершать прерванное Таинство Крещения. Но и туда вторглись воины.

К ночи Константинополь опустел. Народ, чуждаясь церквей, где распоряжались враги святителя, собрался на равнине за городом для слушания торжественной пасхальной службы. Иоанна же в архиерейском доме держали как бы в заточении: около праздника Пятидесятницы ему был предъявлен приговор об изгнании. Как и в первый раз, пришлось ему удалиться тайно. Он пожелал еще раз быть в храме святой Софии и там проститься с верным ему духовенством и прочими друзьями. Между тем народ, узнав, что святитель в храме, собрался во множестве на площади, ожидая, что он выйдет главной дверью. Но святитель, простившись с духовенством и клиром, преподав им наставления и благословение свое, вышел противоположной дверью и вместе с посланными за ним направился к пристани.

Долго народ ждал; наконец, подозревая случившееся, некоторые поспешили к морю, но увидели удалявшийся уже корабль; другие стали ломиться в храм, но их отгоняли воины. Произошло опять ужасное смятение; взломали двери, народ хлынул в храм; опять засверкали мечи, опять стоны раненых и умирающих наполнили храм. Между тем поднялась буря, а в ночь в соборе святой Софии вспыхнул пожар, который разрушил храм, здание сената, богатые дома, окружавшие площадь, и угрожал царскому дворцу.

Враги Иоанна не постыдились указать на него как на виновника этого бедствия. Между тем больной и одинокий святитель продолжал путь к месту своего изгнания. Везде встречали его с любовью, но само путешествие было намеренно устроено так, чтобы причинить ему наибольшее страдание. Больной, изнуренный лихорадкой, он после семидесятидневного мучительного пути достиг, наконец, деревни Кукуз в горах Армении. Здесь, в жалкой деревне, он встретил столько радушия и сочувствия, что стало оживать его истомленное сердце. Все, что было возможно, было сделано епископом Адельфием и жителями, чтобы облегчить положение великого страдальца.