Скрывая в начале свое заблуждение, он предоставил заявить его прежде всего одному из пресвитеров своего клира, Анастасию. Однажды в церкви, в присутствии епископа, Анастасий, проповедуя о воплощении, стал утверждать, что не должно именовать Пресвятую Деву Богородицей, ибо Творец не мог быть рожден Своим созданием. Возмущенные слушатели обратились к патриарху, но и патриарх выразил подобное же мнение.

Это еретическое мнение, уже осужденное Церковью в первых веках, возбудило общее негодование; пресвитер Прокл с великой силой обличал неправомыслие Нестория. Несторий, однако же, не только не смирился, но, раздраженный сопротивлением в народе, стал, пользуясь своей властью, гнать и преследовать всех, кто осмеливался опровергать его. К несчастью, он имел опору в самом императоре. Императорская власть была тогда в руках неспособных: Феодосии II ни в чем не походил на великого своего деда. Слабый, бесхарактерный, безличный, он продолжал находиться под влиянием Нестория, который, умея пользоваться царской благосклонностью, продолжал беспрепятственно проповедовать учение свое не только в Константинополе, но и распространял его в других отдаленных местах посредством писаных бесед, которые рассылал по церквям и монастырям.

Эти беседы дошли до Египта и произвели между иноками волнение. Тогда патриарх Александрийский Кирилл явился защитником своей паствы и всего православного мира от лжеучения. Он стал обличать его в своих окружных посланиях и в переписке с самим Несторием. Римский папа Целестин присоединился к Кириллу в своих обличениях, так что сам Несторий, ввиду общего волнения, стал требовать созвания собора, к чему склоняла императора и благочестивая сестра его Пульхерия. Так открылся Третий Вселенский собор в городе Ефесе, 7 июня 431 года, в храме Пресвятой Богородицы.

Лжеучение Нестория было осуждено, и более двухсот епископов изъявили свое согласие с определениями Собора. Несторий объявлен низложенным и лишенным епископства.

Догмат Церкви о воплощении Сына Божия был выражен следующими словами:

Исповедуем, что Господь наш Иисус Христос есть Сын Божий, Бог совершенный и человек совершенный, с душой разумной и телом; что Он прежде век рожден от Отца по Божеству, и в последние времена Он же Самый, нас ради и нашего ради спасения, рожден от Марии Девы по человечеству, так что совершилось единение двух естеств, ради которого единого Христа и единого Господа исповедуем.

Святой Кирилл, возвратившись в Александрию, продолжал управлять Церковью до смерти своей в 444 году. Полный ревности к вере истинной, он заботился об искоренении в Египте остатков язычества. Богословские его творения имеют великую цену для Церкви: главным их предметом был догмат воплощения и опровержение лжеучений относительно этого догмата. На все книги Священного Писания он написал толкование. Ему приписывают составление молитвы Пресвятой Богородице Богородице Дево, радуйся, составление чина часов для Великого Пятка. Несторий жил несколько лет в монастыре близ Антиохии, но был потом сослан в пустынное место в Египте. Ересь его пустила, однако, корни в Азии, особливо в Персии и в Армении.

Вскоре новые смуты возникли в Константинополе. Благочестивые епископы, истинно желавшие блага и мира Церкви, боялись возбуждать богословские споры, столь опасные для христианской любви; они знали, сколько эти споры, столь опасные для христианской любви, возбуждают взаимной вражды, как часто они служат предлогом для корыстных целей, орудием ненависти и честолюбия. Но не таков был преемник Кирилла Александрийского Диоскор, человек честолюбивый и гордый; из личных видов своих он стал покровителем новой ереси Евтихия.

Евтихий был архимандритом одного из Константинопольских монастырей — и ревностным противником Нестория. Но, опровергая лжеучение Нестория, он впал в новую ересь — видоизменение несторианства. Он утверждал, что в Господе Иисусе Христе человеческое естество было совершенно поглощено Божеством, и потому в Нем следует признавать только одно Божеское естество (отсюда название этой ереси монофизитской). Некоторые епископы обвинили Евтихия в ереси перед Флавианом, патриархом Константинопольским, а один из них потребовал, чтобы мнения Евтихия были подвергнуты рассмотрению поместного собора, который именно в это время происходил в Константинополе.

Миролюбивому Флавиану нежелательно было поднимать спор; он знал, как легко в таком отвлеченном вопросе придать всякому необдуманному выражению значение ереси; и, боясь нарушить только что водворившийся мир, он всячески старался частным образом привести Евтихия к сознанию своего неправомыслия; но все было тщетно, и собор должен был принять обвинения и призвать Евтихия к ответу. Евтихий несколько раз отказывался явиться; и лишь по третьему зову явился с вооруженной стражей. На вопросы епископов он отвечал двусмысленно, оказывал пренебрежение Флавиану; но был уличен в ереси и определением собора лишен церковной степени.

Евтихий не покорился этому решению и требовал пересмотра дела. Он имел сильных покровителей при дворе слабого Феодосия; они обвинили Флавиана в ереси и убедили царя созвать собор в Ефесе в 449 году. Диоскор на нем председательствовал: он признал изложение учения Евтихия правым и произнес низложение Флавиана. Толпа монахов, фанатически преданных Евтихию, вместе с вооруженными воинами, которых призвал Диоскор, набросилась на Флавиана: ему нанесли столько тяжких ран, что он скончался через несколько дней. Среди шума и смятения кончился этот беззаконный собор, справедливо заклейменный названием Разбойничьего собора.

Тогдашний папа Римский Лев и множество епископов восточных стали настойчиво требовать, чтобы император снова созвал Вселенский собор; но Феодосии внезапно скончался, и уже сестра его Пульхерия и супруг ее, император Маркиан, в 451 году созвали Четвертый Вселенский собор в Халкидоне.

Заседания Собора происходили в церкви святой мученицы Евфимии при участии 630 епископов, в присутствии императора и императрицы; председателем был патриарх Анатолий, преемник Флавиана. Ересь Евтихия была осуждена; Евтихий и Диоскор низложены и изгнаны; повторено осуждение ереси Нестория, и по прочтении письма папы Льва изложен догмат, что Иисус Христос есть истинный Бог и истинный человек; по Божеству Он вечно рождается от Отца и во всем Ему подобен; по человечеству же Он во времени родился от Пресвятой Девы Богородицы и во всем подобен нам, кроме греха; по воплощении Он имеет одно лицо и два естества, соединенные в Нем неслиянно, неизменно, нераздельно, неразлучно.

Собор Халкидонский подтвердил определения бывших прежде трех Вселенских соборов и семи Поместных и равенство Константинопольской кафедры с Римской, которой она уступала только место.