Первой заботой епископа Игнатия по управлению паствой было устроение богослужения в надлежащем церковном чине и восстановление должных отношений между духовенством и народом, как в городах, так и в селах. Сам он в обращении с духовенством был приветлив, прост и прям, постоянно заботился о его быте, образовании и взаимных отношениях, приличествующих священному сану; внимательно входил в действия благочинных, в нравственное состояние тех, кои подвергались наказаниям и замечаниям, стараясь, сколько возможно, отделять служебную виновность лица от его семейных обстоятельств и всяких домашних нужд. В исходе августа Преосвященный объехал юго-восточную часть епархии, посетил города Моздок и Кизляр и селениями восточной части губернии возвратился в Ставрополь, где на зиму и перешел во вновь построенный дом.

Преосвященный Игнатий обращал свое внимание также и на воспитание юношества в подведомственных ему учебных заведениях. Так, он нашел необходимым ограничить меры наказания, бывшие в обычаях в этих училищах, предложением семинарскому правлению, чтобы воспитатели обращали более внимания на нравственную сторону взысканий, развивали в детях и юношах совестливость, как более гарантирующую их доброе поведение, и тщательно обсуждали правдивость наказаний, соразмеряя их с виновностью; чтобы самые наказания эти были разумно-человечные, без увлечения гневом или горячностью.

Глава XIII

С наступлением весны 1859 года Преосвященный Игнатий весьма сочувственно отнесся к делу об улучшении быта крестьян с уничтожением крепостного права. Его глубоко огорчило кривое толкование воли Государя-Освободителя, извращение смысла слов «свобода» — «воля», благоволением Монарха дарованных своим подданным. По этому поводу Преосвященным были сделаны два предложения, разосланные циркулярно по епархии: в том и другом излагался евангельский взгляд на дело, и предлагалось духовенству руководствоваться этим взглядом в случаях сношения с прихожанами, когда эти будут обращаться за советом или вразумлением касательно крестьянского вопроса.

Летом того же года Преосвященный объезжал западную часть своей епархии; посетил приходы и монастыри Черноморья и около двух месяцев прожил в Тамани. С осени он занялся приисканием и устройством нового помещения для семинарии, помещавшейся в наемном по контракту доме, тесном и неудобном, которому уже приближался исходный срок найма. При содействии местного гражданского начальства состоялся весьма выгодный наем на продолжительный срок частных домов под это заведение в нагорной и самой здоровой части города, рядом с церковью Святого Апостола Андрея Первозванного, что на архиерейской лесной даче, примыкающей в этом месте к главной торговой площади города. Множество следственных дел, тянувшихся производством, множество давних неудовольствий между прихожанами и духовенством и еще большее число дел, возникших от немирных столкновений уездных гражданских властей с духовными, или были окончены мирными соглашениями, или разобраны и решены; из множества их осталось разве ничтожное количество неоконченных, так что вообще можно сказать, что епархия была приведена в полное благосостояние.

Но скорби не оставляли преследовать епископа Игнатия и в этом его положении, а кончина митрополита Григория лишила его ближайшего человека, принимавшего в нем дружеское участие. К тому же его постигла очень тяжкая болезнь: натуральная оспа, соединенная с сильной горячкой. Продолжительно тянулось его выздоровление, силы его стали заметно слабеть, он решился проситься прямо на покой в знакомый уже Николо-Бабаевский монастырь; в конце июля 1861 года подал о том рапорт в Синод и обратился с письмом к Государю Императору.

Вот содержание этого письма:

«Августейший Монарх,

Всемилостивейший Государь!

То милостивое внимание, которого удостаивали меня Ваши Августейшие Родители, называя меня своим воспитанником, дозволяет мне обратиться к Вашему Императорскому Величеству с всеподданнейшею и убедительнейшею просьбою. Не во внимание к какой-либо заслуге или достоинству, — коих нет у меня — в память Ваших почивших Родителей окажите мне милость, повелите удовлетворить моему прошению, даруйте мне просимый приют, в котором я мог бы окончить в мире дни мои, вознося недостойные и убогие молитвы к Богу о благоденствии Вашем и всего Вашего Августейшего Дома, о покое и вечном блаженстве Ваших приснопамятных Родителей.

С чувствами верноподданническими благоговейнейшего уважения и совершеннейшей преданности имею счастье быть», и проч. 24 июля 1861 года».

Августа 5-го состоялось увольнение с назначением пенсии по 1000 руб. в год; впоследствии она по Высочайшему повелению увеличена прибавкой 500 рублей.

19 сентября 1861 года Государь посетил Кавказ, но в Ставрополе не был, а осматривая вновь покоренные земли за Кубанью, спрашивал у графа Евдокимова (главная квартира которого была в Ставрополе) о Преосвященном и через него прислал ему орденские знаки Святой Анны 1-й степени, которые уже не застали Владыку в Ставрополе, а отправлены к нему по почте на новое место жительства.

При отъезде из Ставрополя, так же, как и прежде из Петербурга, у Преосвященного не имелось собственных денежных средств; он должен был опять прибегнуть к посторонней помощи, чтобы рассчитаться с некоторыми долгами и покрыть путевые издержки. На пути следования через Москву он остановился у старого знакомца своего Преосвященного Леонида, епископа Дмитровского, викария Московского, и прогостил у него за болезнью до двух недель. У него сделался нервный удар в правой ноге, и хотя принятыми медицинскими мерами и получил некоторое облегчение, но с того времени стал постоянно страдать слабостью этой ноги.