И на другой уже день был послан указ в Вологду к Преосвященному Стефану о перемещении игумена Игнатия в Московскую епархию. Но, как известно, судьбой игумена Игнатия занялся сам Государь Император Николай I, и Митрополит Филарет личным письмом вызвал его уже не в Москву, а в Санкт-Петербург, причем пригласил его остановиться у него на подворье. Там и состоялось их знакомство. Об этом игумен Игнатий писал своим родителям. «Между тем продолжаю я жить на Троицком подворье, — пишет он в письме от 1 января 1834 г., — пользуясь особенными милостями Митрополита Филарета, который есть редкость в нынешнее время. С решительною приверженностию к православной Церкви соединяет он Христианскую деятельность и естественный проницательный аналитический ум. Каждый день, если куда не отозван, обедаю у него, и он бывает столько снисходителен, что весьма подолгу со мною беседует о духовных предметах».

Трудно сказать, как сложилась бы судьба святителя Игнатия, если бы он остался в монастыре, подведомственном Митрополиту Филарету. Может быть, Московский владыка благосклонно руководил его к высшим должностям, как это было с Преосвященным Леонидом (Краснопевковым) [5], и ему не пришлось бы переживать те скорби, которые выпали на его долю из-за близости столицы. А может быть, при его независимом самостоятельном характере ему еще труднее было бы из-за постоянной непосредственной опеки, которую Владыка Митрополит осуществлял над монастырями своей епархии [6].

Между тем установившиеся при первом знакомстве отношения продолжались. Митрополит Филарет очень благосклонно принял предложение архимандрита Игнатия назначить настоятелем Николо-Угрешского монастыря его знакомого иеромонаха Илария, содействовал назначению, по его же предложению, настоятелем Валаамского монастыря отца Дамаскина; в 1837 г. предлагал ему стать одним из цензоров и с пониманием принял его отказ; положительно отнесся к его мысли «переложить книгу Аввы Дорофея на язык более общеупотребительный»; в письмах своих неоднократно повторял, что «очень утешительно мне общение Ваше с моим смирением». Из писем видно также, что во время пребываний Митрополита Филарета в Петербурге архимандрит Игнатий не упускал случая увидеться с ним. К сожалению, последнее из сохранившихся писем относится к 1842 г., хотя из других источников известно, что переписка продолжалась, по крайней мере, до 1856 г.

В 1847 г. архимандрит Игнатий, получив отпуск для лечения, отправился в Николо-Бабаевский монастырь. По пути он заезжал на несколько дней в Москву. «Митрополит Московский очень добр, — писал он оттуда своему наместнику в Сергиеву пустынь, — постарел». Архимандрит Пимен (Угрешский) в своих «Воспоминаниях» описал их встречу более подробно. «Митрополит Филарет обошелся с ним [архимандритом Игнатием] отменно приветливо, сделал ему самый почетный и радушный прием, неоднократно принимал его у себя и посещал в доме И. А. Мальцева, где он останавливался, и, пригласив его к себе на обед, собрал высшее московское духовенство, чтоб его с ним познакомить». А когда архимандрит Игнатий собрался ехать в Троице-Сергиеву Лавру, Митрополит Филарет написал туда наместнику архимандриту Антонию: «Будет у вас Сергиевой пустыни архимандрит Игнатий. Примите его братолюбиво.  Заговорите с ним о афонском иеромонахе Иосифе, которого он видит не так, как вы мне показывали прежде» [7].

Конечно, и после возвращения из отпуска архимандрит Игнатий не раз навещал и представлялся Митрополиту Филарету во время его пребываний в Петербурге. А о том, что между ними продолжалась переписка и иногда по важным церковным проблемам, свидетельствует еще одно письмо к отцу Антонию от 28 апреля 1852 г.: «Вот еще письмо, которое, по милости Святославского, дошло до меня через год, и, конечно, оставило писавшего в неудовольствии на мое молчание.

Видите, что о. архимандрит Сергиевой пустыни Игнатий написал книгу против книги Фомы Кемпийского и желает, чтобы я ее видел и побудил его к изданию ее в свет. Не надеюсь, чтобы, если прочитаю книгу, мог я написать о ней то, что понравилось бы ему. Мне странною кажется мысль писать назидательную книгу именно против Фомы Кемпийского [8]. Мне кажется, всего удобнее продолжить молчание, в котором я до сих пор оставался невольно. Но сим дается ему причина к неудовольствию. Не читав книгу, если скажу, что не надеюсь быть с нею согласен, это будет жестко, а может, еще менее могу сказать мягко, когда прочитаю книгу».

В мае 1856 г. архимандрит Игнатий, по пути в Оптину Пустынь, заезжал в Москву на короткое время. Об этом имеется запись в дневнике о. архимандрита Леонида (Краснопевкова): «Перед тем как ехать, подкатила карета к крыльцу. Кто же? Отец архимандрит Сергиевской пустыни. Слышал я, что накануне он обедал у Владыки, и думал, как бы увидеть его, а он — как тут». Из письма Святителя к архимандриту Леониду от 17 декабря 1856 г. можно увидеть, что Митрополит Филарет был согласен с Митрополитом Григорием Петербургским, когда тот предлагал возвести его в сан епископа: «Искренно благодарю Вас за письмо Ваше от 11 декабря. Очень приятно было мне видеть из него расположение ко мне Святителя Московского. Полагаю, что вследствие отношений его с Преосвященным Григорием Петербургским последовало о мне представление от сего последнего в Св. Синод. Но един Бог ведает полезное человеку и обществу человеческому и потому устрояет судьбу человеков по своему премудрому промыслу».

А почти через год, в ноябре 1857 г., по пути в Ставрополь, в Москву заезжал теперь уже епископ Игнатий. Архимандрит Леонид 28 ноября 1857 г. записал в дневнике: «Преосвященный Игнатий был у Владыки 2 раза, вчера обедал у него и вечером навестил меня, как больного». Митрополит Филарет о первом посещении писал отцу Антонию 27 ноября 1857 г.: «Сегодня был у меня новый Преосвященный Кавказский. Благодушествует и с решимостью принимается за дело. Уже избрал себе нового ректора семинарии и инспектора и секретаря для консистории. Радуется о благоволении к нему владыки Новгородского. Но есть и скорбные вести, которые он подтверждает. О оптинских монахах, взятых в Иерусалимскую миссию, он думает, что их лучше бы удержать под опытным руководством старца Макария, чтобы употребить их для поддержания и распространения доброго монашества в России. Может быть, это и правда. Для Иерусалима могли бы найтись другие». П. П. Яковлев добавляет еще, что в Москве у Преосвященного Игнатия случился приступ его болезни, во время которой Митрополит прислал к нему своего доктора и сам навестил его.

В последующие годы Преосвященный Игнатий в письмах своих к о. Леониду (Краснопевкову) постоянно интересовался здоровьем Митрополита Филарета: «Уведомьте меня о здоровье Высокопреосвященнейшего Митрополита и о Вашем». И благодарил за сообщения: «Искренне благодарю Вас за уведомление о здравии Высокопреосвященнейшего Митрополита. Немудрено, что прозорливый старец ведет самую уединенную жизнь: из тишины своей келлии он видит те тучи, которые скопляются на горизонте»; «Весьма благодарю Вас за известие о Высокопреосвященнейшем Митрополите. Всеблагий Господь да подкрепит его силы в настоящее трудное время, в которое начинают заигрывать многоразличные бури».

Первое время по прибытии в Ставрополь Преосвященный Игнатий выражал удовлетворение своим перемещением: «Хотя здесь место новое и почти все надо заводить; хотя я страдаю от необычно суровой зимы, от особенного неудобства в помещении, но я спокоен и потому доволен». Но очень скоро он начал замечать противодействие своим распоряжениям по благоустройству Епархии со стороны ректора семинарии и некоторых членов Консистории.

Главным преткновением между ним и ректором семинарии архимандритом Германом был вопрос о преподавании осетинского и татарского языков, «общеупотребительных между горскими народами». В 1859 г., во время поездки епископа Игнатия по епархии, ректор Герман сделал самовольное распоряжение об отмене  при начале нового курса преподавания этих языков, заменив их изучением французского и латинского. Осенью 1859 г. ректора Германа перевели на ту же должность в Самару.

В «Полном жизнеописании святителя Игнатия Кавказского» написано: «В бытность епископа Игнатия на Кавказе митрополит [Филарет] принял под свое покровительство партию лиц, совокупившихся для противодействия епископу [Игнатию], под главным руководством протоиерея Крастилевского и ректора семинарии Епифания Избитского» [9].

Епифаний Избитский, из дворян Киевской губернии, римско-католического вероисповедания, недавно принявший православие и монашество, после отъезда архимандрита Германа в Самару занял его место в Ставрополе. Вначале «он показывал большую деятельность по должности своей» и епископ Игнатий ввел его «в лучшие отношения с местными властями гражданского ведомства». Но почувствовав уверенность в своем положении, он, якобы пользуясь покровительством Митрополита Филарета, начал интриговать против Епископа и вообще вести себя недостойно. А вот что пишет по поводу Епифания сам епископ Игнатий Преосвященному Леониду: «Письмо Ваше я храню как сокровище. Оно и есть сокровище. В нем показаны самые верные отношения Епископа к Ректору и Ректора к Епископу. Как эти отношения установил у себя и этих отношений постоянно держится мудрый и опытный Святитель Московский, то я счел обязанностию своею держаться их и держаться постоянно в сношениях моих с Архимандритом Епифанием. На днях я счел долгом моим показать благодетельное письмо Архимандриту, чтоб он увидел из письма тот образ мыслей, который имеют в Москве о обязанностях Ректора пред его Епархиальным Архиереем». В следующем письме: «О. Ректор Епифаний написал просительное письмо к г-ну Синодальному Обер-Прокурору о перемещении своем отсюда по неспособности выносить здешний климат. Я советовал написать ему и к Первосвятителю Московскому, что он, как говорит, и исполнил. И я писал к Его Высокопреосвященству, прося Его не оставить о. Епифания. Вместе с тем о. Ректор подал в Семинарское правление записку о своей болезненности; несмотря на эту болезненность, я просил его посещать меня от времени до времени, полагая, что моя беседа, не имеющая другого достоинства, кроме благонамеренности, может успокаивать дух его, в чем он очень нуждается. Усмотрев,  что он приходит в совершенное исступление и самозабвение в то время, как подвергается вспыльчивости, что в это состояние он приводится другими и не замечает того, — я заключил, что он неспособен к должности Ректора. Недавно он сам высказал эту мысль: слава Богу, если он говорит искренно. Понять свою неспособность — великое благо! Очень понимаю, как Вы пишете, что один Первосвятитель старался и старается ввести в Высшую Иерархию новый элемент. Такое мнение разделял и наш покойный Митрополит Григорий. Но, кажется, одной Особе Вашего Преосвященства суждено оправдать избрание и мысль Московского Первосвятителя».

По поводу действий члена Консистории протоиерея Крастилевского епископу Игнатию пришлось не один раз обращаться в Святейший Синод. Смысл сводился к тому, что Крастилевский, имея от природы своевольный и дерзкий характер, при предшественнике епископа Игнатия «навык властвовать неограниченно над Епископом, Консисториею и епархиею». Епископ Игнатий входил в Святейший Синод с представлением об увольнении Крастилевского от звания члена Консистории, и представление это было удовлетворено. Но Крастилевский, «как человек весьма коварный и довольно знающий дело, избрал путь интриги, увлекая действовать в свою пользу людей посторонних». Исходя из таких обстоятельств, Преосвященный Игнатий направил в Святейший Синод отношение, в котором представил необходимость перемещения Крастилевского в другую епархию. В «Полном жизнеописании святителя Игнатия» утверждается, что «Преосвященный митрополит Филарет вскоре затем явно взял сторону врагов епископа» [10], и что «жена Крастилевского нашла доступ и покровительство своему супругу у Митрополита Филарета Московского» [11]. Успешное влияние их интриг выразилось в том, что отношение епископа Игнатия «осталось без последствий». Из этого утверждения создается впечатление, что 77-летнему «прозорливому старцу» Митрополиту Филарету, при всей его громадной занятости, при его ответственном отношении к своему сану, при частых недомоганиях, только и дела было, что покровительствовать какому-то протоиерею в его интригах против епископа Игнатия.