За пределами Москвы признание Василия Ив. Шуйского царем было слабо распространено. Пущенному слуху, что Димитрий не убит, а бежал из Москвы, — верили. Велик был ореол Ивана Грозного, как друга простого народа. Хотели видеть в Самозванце сына "народного царя". Кн. Григорий Шаховский, любимец Лжедимитрия, посланный царем Шуйским на воеводство в пограничный Путивль, оказался предателем. Предусмотрительно похитив в Москве государственную печать, он поднял восстание. Чернигов, Стародуб, Новгород-Северский, Белгород и др. южные города отложились от Москвы. Царь и патриарх послали на юг для увещаний Крутицкого митрополита Пафнутия. Его миссия была безуспешна. Началось демагогическое движение под водительством Ивана Болотникова.

Князь Гр. Шаховский рассылал указы от имени ц. Дмитрия, от которого он, якобы, при личном свидании в Польше и получил свое воеводство. Повстанцам легко сдавались один за другим города: Орел, Мценск, Тула, Калуга, Рязань, Дорогобуж. Тверь сопротивлялась, вдохновляемая своим архиепископом Феоктистом, позднее замученным бунтовщиками. Болотников скоро появился под самой Москвой в селе Коломенском.

Патриарх Ермоген начал (30.11.1606 г.) рассылать по России свои миротворные грамоты, убеждая в них верить не сказкам, а действительным фактам; описаны обстоятельства гибели Лжедимитрия, открытие мощей подлинного царевича Димитрия и чудеса от них, воцарение В. Шуйского, "царя благочестивого и поборателя о православной вере". А вот нашлись изменники, стоящие уже в Коломенском под Москвой. Предписывалось, чтобы духовенство многократно прочитывало темному народу эти грамоты и пело молебны о здравии и спасении Богом венчанного Государя, а не слушало воров и разбойников. Лишь постепенно служилые и торговые люди осознали гибельность призваний Болотникова, и начали снова переходить в стан царя Василия. Посланному царем молодому воеводе, кн. Михаилу Скопин Шуйскому удалось разбить фронт Болотникова. Болотников бежал в Калугу. Казанский митрополит Ефрем наложил на взбунтовавшихся жителей Свияжска богослужебный интердикт. Подействовало. Смирились. Ефрем исхлопотал царское прощение. Патриарх от лица собора послал благословение Ефрему, как доблестному пастырю.

Но положение царя Шуйского все равно было непрочно. Средние и низшие слои населения (т.е. в сущности весь народ, кроме боярского меньшинства) тянулись к имени Димитрия, сына Грозного, как к символу "народолюбца", выведшего через опричнину мелких "людишек" в служилый землевладельческий класс. Начавшееся социальное брожение еще не нашло своего удовлетворения. Надо было усиленно доказывать, что Димитрия на свете нет. Правительство распространяло литературу с доказательствами, что Самозванец подлинно убит и что им был именно Гришка Отрепьев, расстрига, а что истинный царевич убит по проискам жестокого царя Бориса. Но в свое время против последней версии высказывался патр. Иов — почитатель своего благодетеля, царя Бориса. Теперь же было решено для спасения государственного порядка убедить Иова "открыть правду" и признать, что смерть Димитрию приключилась не "Божиим изволением", а умыслом Бориса, что Димитрий — истинный мученик, что и являют творимые им чудеса. Ради спасения от ужасов гражданской воины, жертвой которой уже раз стал патриарх Иов, он согласился теперь признать всенародно свой грех (по примеру инокини Марфы) и призвать к покаянию все классы населения в совершенных ими грехах клятвопреступлений. Вот почему царь по совету с патр. Ермогеном вызывает из монастырского затвора патр. Иова, чтобы тот дал народу прощение за все совершенные измены, после строгого всенародного поста.

Обряд состоялся 20.02.1607 г. в Успенском соборе при сослужении двух патриархов. После молебна, совершенного Ермогеном, представители мирян подали в руки патриарху Иову покаянную челобитную. Перечисляли в ней ряд своих измен и клятвопреступлений. Просили, чтобы патриархи простили измены и им, и всем другим русским людям, неживущим в Москве или уже скончавшимся. Патриархи повелели архидиакону Олимпию прочитать громко и эту челобитную, и разрешительную в ответ на нее грамоту патр. Иова, бывшего участника событий времени царя Бориса. В этой разрешительной грамоте патр. Иов утверждает, что подлинный царевич Димитрий убит в Угличе. Тогда он, патриарх, заклинал народ быть верным царю Борису, а теперь он от этих своих клятв разрешает народ и сам просит у народа за них прощения. Москвичи плакали и целовали десницу Иова.

Но... события Смуты развивались по своей внутренней диалектике. 15.000 царского войска перешло под Калугой к Болотникову. Патр. Ермоген тогда подверг Болотникова церковному проклятию вместе с его главными соучастниками. Пока действовал только миф именем Димитрия. Скоро отыскался в Литве живой претендент. 1-го августа 1607 г. новый Лжедимитрий объявился в Стародубе, окруженный польскими войсками под командой генералов Лисовского и Сапеги. Им подчинялись запорожские и донские казаки и много другого бродячего люда. Через год уже вся южная и средняя Россия была захвачена "Вором". 1-го июня 1608 г. Вор утвердил свою ставку в 12 верстах от самой Москвы, в Тушине. Польша и Ватикан из последовательности вновь поставили ставку на этого Тушинского Вора. Марина и его признала своим мужем. Ее духовник иезуит для успокоения совести, повенчал ее тайно с новым Самозванцем. Гордая панна падала все ниже со ступеньки на ступеньку. Вместе с ней падали и латинские интриги. Сохранилась подлинная инструкция агентам этой интриги при дворе Вора. (См. Ист. Соловьева и Hist. Russ. Monum. II, 81 и 85). Предписывалось:

1. протестантам и врагам унии закрыть доступ в государство,

2. греческих монахов изгнать,

3. осторожно начинать сговоры об унии, ничего не разглашая и ведя переписку с Римом тайно, подбирать служилых людей и духовенство с расчетом на их способность к унии,

4. представлять связь с греками, как рабство, а унию — как свободу со всякими льготами,

5. устроить семинарии, взяв из заграницы преподавателей светских, а в Вильну, или лучше в Рим, отправлять наиболее способных учеников, и для общего образования приглашать молодых русских в Польшу в иезуитские учебные заведения,

6. зазывать москвичей присутствовать при польском богослужении,

7. хорошо бы в штате царицы содержать священников униатов для собеседований с русскими и для богослужений по русскому обряду.

Таким образом, и второй Самозванец, как и первый, должен был изворачиваться под этим иезуитским прессом.