После окончания войны вселенский патриархат посылает с миссией в Америку митрополита Мелетия, который заложил основы местной церковной организации. В 1922 году он был избран патриархом под именем Мелетия IV. Он тотчас решает восстановить юрисдикцию Фанара над греческими приходами в Америке и перегруппировать их в архиепископию, во главе которой он ставит своего предстоятеля, патриаршего «экзарха».

Совокупность этих решений смягчила, но не смогла полностью избавить американскую диаспору от силы воздействия греческой политической драмы. Архиепископство остается слишком слабым в организационном отношении, чтобы связать Церковь нейтралитетом. Экзархи, сменяющие друг друга, обречены на бессилие, возникают расколы, общины отделяются друг от друга и разделяются внутри себя. Однако в 1928 году после образования либерального правительства Веницелоса, получившего широкое одобрение греческого народа, и последовавшего вскоре после избрания на вселенский престол энергичного патриарха Фотия II, возникают предпосылки для оздоровления ситуации. 30 августа 1930 года Фотий II и его синод назначают митрополита Афинагора архиепископом американским. Он прибывает в Нью–Йорк 24 февраля 1931 года.

Из рассеяния изолированных и зачастую враждующих приходов Афинагор создает органическое единство, при котором местная автономия уравновешивается управлением из центра. Как и на Корфу, он обнаруживает качества государственного человека, целиком служащего вере. Неутомимый труженик, он любит беседовать со своими сотрудниками, друзьями, гостями. Он без устали расспрашивает обо всем. Со всех сторон он выслушивает советы и мнения, но, приняв решение однажды, он не позволяет смутить себя каким–либо сожалением или аргументом. «Я воюю, нападаю, всегда иду вперед!» – а вечером допоздна просиживает над книгами. Его культура требует постоянного обновления и приложения: он организует греческий театр, где играют Софокла, Еврипида, а также Вагнера и Римского–Корсакова, изучает основные труды отца Сергия Булгакова, с которым он заводит личное знакомство, когда тот приезжает в Соединенные Штаты.

Первые годы были трудными. К политическим неурядицам, к личным ссорам добавляются привычные здесь независимость и безответственность, возникающие в приходах, зачастую весьма удаленных друг от друга, а иной раз, как на Северо–Востоке, и конкурирующих друг с другом. Под влиянием протестантских мнений миряне здесь все хотят контролировать сами и, видимо, не понимают более, какова должна быть роль священника или епископа. В Детройте возникла целая кампания против Афинагора. В Лоуэле на какой–то момент установилось даже раздельное управление.

Однако новый архиепископ оказался хорошо подготовленным к пониманию американской психологии и желания самостоятельности со стороны приходов. С давних пор принимая участие в работе Христианских Ассоциации Молодых Людей – в 1932 году он участвовал в их генеральной ассамблее в Кливленде – он был хорошо знаком с концепциями американского протестантизма. У него был и опыт приходского самоуправления в оттоманскую эпоху. И уже на Корфу он делал упор на жизни общины и ответственности мирян.

Он начинает с того, что отстаивает независимость Церкви по отношению к событиям в Греции. И она, эта решительно отстаиваемая независимость, оказалась исключительно ценным приобретением архиепископства после установления диктатуры Метаксаса в 1936 году. Затем, после бурных дебатов, архиепископат получает от ассамблеи духовенства и мирян, собравшейся в Чикаго, принятие такой хартии, которая равномерно определяет в рамках целого степени ответственности тех и других.

Архиепископия дает основные направления, касающиеся пастырской и духовной работы, однако она находится в тесном сотрудничестве с Советом духовенства и мирян. Каждые два года собирается ассамблея архиепископии, состоящая из епископов, делегатов 80 от духовенства и мирян, причем представители последних должны быть более многочисленны, и этот соборный орган представляет собой высшую инстанцию, разрешающую основные вопросы.

Однако архиепископия будет особым образом связана с организацией приходов. «В Америке, – сказал он мне, – я организовал четыреста общин, которые я старательно отделил друг от друга». Каждая из них совместно управляется на трех уровнях: властью духовной, представленной священником, назначенным епископом после консультации с верующими, властью «царственного священства», представленной мирским председателем, избираемым всем приходом, и властью культуры и мудрости, представленной теми, кто занят преподаванием священных предметов. Каждая община имеет свою школу, свою женскую ассоциацию, занятую взаимопомощью и социальным служением, и свою молодежную ассоциацию. Все должны ощущать свою духовную и материальную ответственность за приходскую жизнь. Священник ни в коем случае не должен заниматься продажей таинств. Тот, кто хочет крестить своего ребенка или венчаться в церкви, должен быть членом общины и потому регулярно помогать ей. В противном случае, пусть подождет.

Жизнь общины следует по годовому кругу больших церковных праздников. Однако эти праздники должны слиться с конкретным человеческим существованием тех больших семейств, которые и есть общины, чтобы литургически окрасить их, пропитать их собою. «Таким образом, мы решили в Америке, что пасхальное время, те сорок дней до Вознесения, когда поют Христос Воскресе и особым образом прославляют Матерь Божию, станут также праздничными днями матери–христианки. И весь январь, со дня святого Василия Великого будет праздничным временем самой общины, ибо Василий Великий был прежде всего пастырем…»

И благодаря святому Василию, архиепископу удалось справиться с финансовыми трудностями, вызванными «великим кризисом», когда епископские и приходские кассы были опустошены, и архиепископия оказалось в долгах.

«Я сказал им: я нашел благодетеля, который в самый большой и солидный из банков положил для нас капитал, который принесет нам 80.000 долларов в год. И кто же это? Святой Василий! В какой же банк? В сердце нашего народа! День святого Василия приносит ныне более 100.000 долларов в год греческой Церкви Америки».

Сам ставший американским гражданином, Афинагор, не колеблясь, принимается за то, чтобы привить православие на американской почве, оберегая лишь его догматическое и сакраментальное богатство. Но, не имея никакой склонности к отуреченной византийской музыке, и не открыв еще всего великолепия первоначального византийского распева (творческому возрождению которого он содействует ныне на Фанаре), он допускает – с известной долей либерализма – введение органа в храмы и даже исполенение Свадебного марша Мендельсона во время венчания!

Прежде всего он вносит ряд смелых изменений в статус священника. В Греции жалкое положение многих клириков, в особенности их костюм, необходимость отпускать бороду и волосы, иной раз закрывают дорогу к священству многим молодым людям, желающим при этом служить Церкви. Переносить подобный стиль в Соединенные Штаты – значит преграждать путь формированию местного духовенства. Но Афинагор хочет видеть пастырями молодых православных американцев, из греков или новообращенных. Он позволяет священникам не носить широкой рясы – имеющей, впрочем, турецкое происхождение, – не носить бороды или длинных волос – знака гражданской власти в Византии, власти, унаследованной затем людьми Церкви в оттоманскую эпоху. Священники должны получать достойное вознаграждение от своих общин; и чтобы быть не только требоисполнителями, но и пастырями, они должны получить надлежащее образование. В 1937 году в Помфрете, штат Коннектикут, архиепископ основывает семинарию Святого Креста, студенты которой завершают свою учебу в Афинах или в Халки. В 1947 году семинария, рядом с которой возникает и богословская Академия Святого Василия, переносится в Бостон, для того, чтобы использовать культурные ресурсы этого города и близость лучших американских университетов. За несколько лет Академия сама станет крупным университетом, греческим университетом Америки, в котором богословский факультет соседствует с Колледжем наук и искусств.

В рамках изменения того же статуса священника, Афинагор подготавливает реформу, которая позволила бы рукополагать не только монахов и женатых людей, что отвечает неразрывной традиции православия со времен древней Церкви, но и давала бы возможность священникам жениться после их рукоположения. Архиепископ намеревался предложить эту реформу ассамблее духовенства и мирян как раз тогда, когда был избран патриархом.