Эта система, упраздненная не более четверти века назад, не устраивала многих в Церкви Востока, потому в XVI веке в ней появляется параллельная линия Католикосов: наряду с линией, ведущей свое начало от древних Католикосов Селевкие-Ктесифонских («линия А» по терминологии В. В. Болотова) [52] , возникает другая («линия Б»), сохранившаяся до наших дней [53] .

Бедственное положение Церкви Востока начиная с XVI века толкало ее Католикосов и отдельных иерархов на поиски сближения с другими христианскими Церквами, в частности, с Римско­Католической Церковью. С конца XVII века параллельно с двумя линиями Католикосов Церкви Востока существует третья линия Католикосов («линия В» по терминологии Болотова), находящихся в общении с Римом и носящих титул Патриархов Вавилонских [54] .

В 1844 году Вавилонский Патриарх был признан властями Оттоманской Порты как глава «Халдейской Церкви», в отличие от Католикоса Церкви Востока, признававшегося в качестве главы «Несторианской Церкви» [55] . К началу XIX века поселения ассирийских христиан сосредотачивались преимущественно в горном регионе Хаккари (центральный Курдистан), в долинах Салма и в Урмии (

современная провинция Азербайджан в Иране), а также в Мосуле (южный Курдистан) [56] . Бесправное положение в исламском государстве, постоянные притеснения со стороны правительства и жестокие набеги курдов делали жизнь в этом регионе опасной и невыносимой. Вот что пишет очевидец: Близость границы служит причиной бесконечных тревог для христианских селений, находящихся близ нее по обеим сторонам, Деревни, находящиеся в Турции, расхищаются курдами из Персии, а деревни, находящиеся в Персии — губятся курдами из Турции.

Когда консулу предъявляют протест против такого хищничества, то между турецким и персидским правительством начинаются переговоры, которые долго тянутся и кончаются ничем, так как соперничество между турками и персами удерживается чиновниками от принятия энергичных мер [57] . Отношения Католикосов Церкви Востока с Оттоманской Портой складывались крайне неровно, и в течение всего XIX столетия ассирийцы искали защиты у Российской империи.

Представители Церкви Востока, кроме того, стремились к сближению с Российской Церковью. В 1898 году к Российской Церкви присоединилась большая группа урмийских христиан сиро-халдеев во главе с епископом Супурганским Ионой (Ионаном). Для окормления их была создана Урмийская миссия, просуществовавшая до конца Первой мировой войны [58] . Однако война и события послевоенного периода практически свели на нет все усилия по обращению сирийских христиан в Православие, предпринятые Российской Церковью в конце XIX — начале XX веков.

Постоянные контакты с Россией стали одной из причин жестоких гонений на ассирийских христиан со стороны турок и курдов после потери Россией своего влияния в Персии. Когда летом 1917 года российские войска были отозваны из Урмии, христиане стали жертвами массовых депортаций и казней. Католикос-Патриарх Мар Шимон Беньямин был убит курдами в марте 1918 года [59] .

Брат убитого Католикоса наследовал его престол с именем Мар Шимон Паулюс. После смерти последнего в 1920 году престол перешел к его племяннику, Мар Шимону Ешану, ставшему Католикосом в возрасте 11 лет. В течение Первой мировой войны в результате массовых убийств погибло несколько десятков тысяч ассирийцев. Сестра убитого Католикоса Сурма д-Бейт Мар Шимон писала в 1920 году: Наш народ почти полностью уничтожен. С начала Мировой войны более 40.

000 человек погибло в результате массовых убийств, войны, голода и эпидемий. Мы потеряли свои дома, потеряли книги, написанные на пергаменте более тысячи лет назад и бережно хранившиеся. Наши дома, земли и виноградники опустошены... [60] Одна из погибших в 1918 году древних сирийских рукописей содержала полный текст 2-го тома творений Исаака Сирина. Об этом речь пойдет ниже.

Часть оставшихся в живых после Второй мировой войны ассирийцев бежала в Россию, другая часть обосновалась в Ираке, понадеявшись на защиту англичан (Ирак в тот период находился под протекторатом Великобритании). После ухода англичан в 1933 году иракские власти выслали Католикоса-Патриарха Мар Шимона Ешана из страны, и он эмигрировал в Сан-Франциско (США)

, где обосновался вместе с небольшой ассирийской диаспорой. Современная Ассирийская Церковь Востока — лишь слабая тень некогда могущественной Церкви, границы которой простирались от Китая и Монголии на Востоке до южных областей Индии. Резиденция проживающего в изгнании Католикоса Востока ныне находится в пригороде Чикаго Мортон-Грув (штат Иллинойс, США).

Общее количество верующих насчитывает около 400 тысяч человек. Приходы Ассирийской Церкви Востока имеются в США, Австралии, Канаде, Англии, Швеции, Германии, Голландии, Иране, Ираке и России. Ассирийцы продолжают почитать Феодора Мопсуестийского, Диодора Тарсийского и Нестория в качестве «учителей Церкви». В число «учителей Церкви» входит и мар Исаак, епископ Ниневийский.

В богослужебных книгах Ассирийской Церкви Востока нет особой службы святому Исааку, однако это связано лишь с тем, что весь корпус литургических текстов Церкви Востока был завершен к VII веку и более изменениям не подвергался. Совершая службу преподобному Исааку, современные ассирийцы используют «общую службу преподобным», в которую в нужных местах вставляется его имя.

В Православной Церкви почитание Исаака Сирина имеет более чем тысячелетнюю историю: оно началось после появления на свет греческого перевода его творений и продолжается поныне. Память преподобного Исаака, епископа Ниневийского, совершается в Православной Церкви 10 февраля (28 января по старому стилю), вместе с памятью другого великого сирийского писателя и аскета — преподобного Ефрема Сирина.