1. Учебный курс характеризовался фрагментарностью и «многопредметностью», лишавшей студентов возможности глубоко и детально изучить богословскую науку в ее целокупности; сумма учебных дисциплин, входящих в куррикулум духовной школы, не выстраивалась в единую мировоззренческую картину.

2. Методом усвоения учебного материала было его механическое зазубривание; материал предлагался в готовом виде, с заранее сделанными преподавателем выводами; самостоятельное осмысление студентом учебного материала не предполагалось.

3. Не поощрялась самостоятельная работа, отсутствовал творческий подход к учебе, не приветствовалась студенческая инициатива, что являлось следствием недоверия к студенту со стороны руководства школы и преподавателей.

4. Духовная школа была оторвана от реальности; оставаясь замкнутым мирком, живущим по своим законам, она не давала учащимся той жизненной школы, которая была им необходима для будущего пастырского служения.

5. Преподавание строилось на схоластических образцах, унаследованных от «латинообразных» духовных семинарий петровской эпохи; преодоление схоластического наследия происходило крайне медленно.

6. Между профессорско–преподавательской корпорацией и студентами существовала стена отчуждения, которую лишь очень немногим преподавателям удавалось преодолеть; наставники редко пользовались уважением студентов.

7. Взаимное недоверие существовало между инспекцией и студентами; процветало самоуправство инспекции; поощрялось доносительство.

8. Система обеспечения дисциплины держалась на порочном принципе «власти товарища над товарищем»; помощники инспекторов из числа учащихся пользовались почти неограниченной властью, развращавшей как их самих, так и других студентов.

9. Личность студента не уважалась администрацией духовных школ; личные контакты между администрацией и студентами были сведены к минимуму; даже в случае исключения из семинарии студента могли не вызвать для личной беседы с руководством школы.

10. Жесткий контроль за внешними аспектами поведения учащегося, сочетавшийся с полным невниманием к его внутреннему миру, был неспособен искоренить в духовной школе даже такие грубые пороки, как пьянство и разврат; запрет на развлечения способствовал тому, что студенты искали возможности «отвести душу» вне стен духовной школы, допуская недозволенные с нравственной точки зрения поступки.

11. Монашеское присутствие в духовной школе не всегда носило позитивный характер; нередко возникало непонимание между монашествующими, занимавшими ответственные должности в семинарском правлении, и студентами, готовящимся к вступлению в брак; наличие монахов в составе инспекции духовной школы («иеромонахов для полицейских функций»183) отнюдь не способствовало росту авторитета монашества среди студентов.

12. Постоянный контроль за неукоснительным посещением богослужения и поведением учащихся в церкви не способствовал возрастанию в них истинно христианского благочестия; принуждение студентов к исповеди и причастию приводило к утрате благоговения перед этими таинствами; внешнее формальное благочестие нередко соседствовало у студентов с внутренним цинизмом.

13. Отсутствие в куррикулуме духовной школы такого предмета, как литургическое богословие, которое бы объясняло смысл богослужения, тоже не способствовало сознательному восприятию церковной службы.

14. Всей системой воспитания на учащихся оказывалось мощное психологическое давление, которое во многих случаях превышало пределы их духовной и нравственной выносливости; для некоторых учеба заканчивалась оставлением духовной школы, уходом из Церкви, потерей веры в Бога и даже — в исключительных случаях — самоубийством.