Весной 1934 года Владыка Лука посещает Ташкент, затем переезжает в Андижан, оперирует, читает лекции. Здесь он заболевает лихорадкой папатачи, которая грозит потерей зрения, после неудачной операции он слепнет на один глаз. В этом же году, наконец, удается издать "Очерки гнойной хирургии". Он совершает церковные службы и руководит отделением ташкентского Института неотложной помощи.

13 декабря 1937 года - новый арест. В тюрьме Владыку допрашивают конвейером (13 суток без сна), с требованием подписать протоколы. Он объявляет голодовку (18 суток), протоколов не подписывает. Следует новая высылка в Сибирь. С 1937 года по 1941-й Владыка жил в селе Большая Мурта Красноярской области.

Началась Великая Отечественная война. В сентябре 1941 года Владыка был доставлен в Красноярск для работы в местном эвакопункте - здравоохранительном учреждении из десятков госпиталей, предназначенных для лечения раненых.

В 1943-м Преосвященный Лука становится архиепископом Красноярским. Через год его переводят в Тамбов архиепископом Тамбовским и Мичуринским. Там он продолжает медидинскую работу: на его попечении 150 госпиталей.

В 1945 году была отмечена пастырская и врачебная деятельность Владыки: он удостаивается права ношения бриллиантового креста на клобуке и награждается медалью "За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.".

В феврале 1946 года архиепископ Тамбовский и Мичуринский Лука стал лауреатом Сталинской премии 1 степени за научную разработку новых хирургических методов лечения гнойных заболеваний и ранений, изложенных в научных трудах "Очерки гнойной хирургии" и "Поздние резекции при инфицированных огнестрельных ранениях суставов".

В 1945-1947 годах им закончена работа над эссе "Дух, душа и тело", начатая в начале 20-х годов.

26 мая 1946 года Преосвященный Лука, несмотря на протесты тамбовской паствы, переведен в Симферополь и назначен архиепископом Крымским и Симферопольским.

1946-1961 годы были всецело посвящены архипастырскому служению. Болезнь глаз прогрессировала, и в 1958 году наступила полная слепота.

Однако, как вспоминает протоиереи Евгений Воршевский, даже такой недуг не мешал Владыке совершать Божественные службы. Архиепископ Лука входил без посторонней помощи в храм, прикладывался к иконам, читал наизусть богослужебные молитвы и Евангелие, помазывал елеем, произносил проникновенные проповеди. Ослепший архипастырь также продолжал управлять Симферопольской епархией в течение трех лет и иногда принимать больных, поражая местных врачей безошибочными диагнозами.

Скончался Преосвященный Лука 11 июня 1961 года в День Всех Святых, в земле Российской просиявших. Похоронен Владыка на городском кладбище Симферополя.

В 1996 году Святейшим Синодом Украинской Православной Церкви Московского Патриархата было принято решение о причислении Высокопреосвященного архиепископа Луки к лику местночтимых святых, как Святителя и исповедника веры. 18 марта 1996 года состоялось обретение святых останков архиепископа Луки, которые 20 марта были перенесены в Свято-Троицкий кафедральный собор Симферополя. Здесь 25 мая состоялся торжественный акт причисления Высокопреосвященного Луки к лику местночтимых святых. Отныне каждое утро, в 7 часов, в кафедральном Свято-Троицком соборе Симферополя совершается акафист Святителю у его раки.

Высокопреосвященный Владыка Лазарь освятил место в поселке Кяцивели для строительства храма в честь Святителя Луки. Позже был освящен закладной камень храма.

Ибо слово Божие живо и действенно и острее всякого меча обоюдоострого: оно проникает до разделения души и духа, составов и мозгов, и судит помышления и намерения сердечные. (Евр. 4,12)