После опубликования докторской диссертации Алексея Петровича, вызвавшей разноречивые отклики, его стали обвинять в «либеральном духе» и в «неправославии». Поэтому начались сложности с духовным начальством и с цензурой. Уже в 1885 г. А. П. Лебедев вынужден было покинуть стены любимой Академии, и ему назначили чтение лекций в Казанском Университете. И только ходатайство профессоров Академии о нем спасло его тогда.21 Но уже в 1895 г. профессор все же вынужден был оставить стены своей alma mater и перейти в Московский Университет на кафедру Церковной истории, где после смерти протоиерея А. М. ИванцоваПлатонова освободилось место.22

По собственному выражению, Алексей Петрович чувствовал себя в Университете, как «архиерей на покое». Но этот покой был только кажущимся, так как давал профессору простор для дальнейшего творчества. И он работал тут с неувядающим юношеским жаром. Прежде всего, он принялся за издание 10томного собрания своих трудов. Но кроме того, не проходило и года, чтобы в какомлибо духовном журнале не появилось новое его исследование по церковной истории.

Сам А. П. Лебедев не был сухим кабинетным ученым. Он состоял членом различных церковнообщественных и научнопросветительских обществ. Его научные заслуги настолько высоко ценились, что он был избран почетным членом нескольких Духовных Академий и Университетов.23 В конце своей жизни А. П. Лебедев стал интересоваться наметившейся в России церковной реформой. И хотя он не был избран в члены Предсоборного Присутствия по делам церковной реформы, всегда интересовался его работой и высказывал свои мысли в различных статьях.24

По природе своей Алексей Петрович был чужд оголтелого либерализма. Все, кто его знал, отмечали, что скорее ему был присущ здоровый, незакостенелый консерватизм. Особенно это стало проявляться в конце жизни ученого, когда реформаторские идеи стали носиться в воздухе, и о замыслах перестроить Россию и Православную церковь можно было услышать на каждом шагу. Он не остался в стороне от всех этих споров и дискуссий. А. П. Лебедев отозвался на них печатным словом и с обычной четкостью сформулировал свои тезисы. Во многих его сочинениях последнего времени звучат сближения с современным ему положением дел. Текущая церковная жизнь не осталась вне его наблюдений, она также оказалась объектом критического суждения профессора. Он собирал материалы по новейшему «реформированию» церкви. Тогда же Алексей Петрович выступил в печати с апологетической статьей о митрополите Филарете (Дроздове). В своих научных работах профессор проповедовал исключительную священность православного пастырства. Правда, некоторые его современники считали, что последние статьи А. П. Лебедева написаны скорее в публицистическом духе, а эта сфера деятельности никогда не удавалась ученому.

В конце своей жизни А. П. Лебедев был озабочен проблемой существования своей кафедры в Университете, поскольку при новой распланировке курсов церковная история не вошла ни в одну из обязательных дисциплин и учебных групп, а была выделена в особую группу, с целым циклом церковно  и богословскоисторических дисциплин. Перед самой смертью Алексей Петрович, который никогда не жаловался на свое здоровье, стал страдать от удушья. 14 июля 1908 г. его не стало.

Как отмечает один из учеников А. П. Лебедева, профессор СанктПетербургской Духовной Академии И. Д. Андреев, «голова Алексея Петровича была неиссякаемым родником всевозможных планов, самых интересных тем, самых оригинальных и блестящих объяснений. Он работал над церковной историей на всем ее протяжении, работал упорно и страстно почти 40 лет».25 Так что можно, повидимому, сказать, что история его жизни – это история его лекций и книг. Алексей Петрович внес в разработку своей науки живую энергию. Церковную историю он понял не только как дисциплину, не преследующую никаких других целей, кроме научных, но и осуществлял этот великий принцип на деле, проводя его в своих лекциях и сочинениях. Богато одаренный от природы, он обладал еще неиссякаемой способностью к литературной деятельности и всю свою профессорскую жизнь провел с пером в руках, посвящая, по собственным словам, по 15 часов в сутки чтению книг и письму.26 Профессор А. А. Спасский, ученик А. П. Лебедева, вспоминал, что Алексей Петрович не пропускал ни одного дня, чтобы не написать своим мелким, убористым почерком 2–3 «четверки».27 Прямою специальностью А. П. Лебедева была общая церковная история. Все другие вопросы, которым профессор посвящал иногда даже большие печатные труды, были для него побочны и привходящи. Но даже то, чем А. П. Лебедев непосредственно занимался, являлось необъятной сферой. Как отмечал Н. Глубоковский, «по существу эта сфера тем более трудная для объективного анализа и точного воспроизведения, что в ней затрагивается самый деликатный и таинственный двигатель исторического развития, которое рассматривается здесь лишь с одной христианскорелигиозной стороны. Требуется необычайная зоркость, чтобы везде выделить этот фактор в его истинной значимости для данного исторического момента, чтобы соблюсти надлежащее равновесие в изображении совокупного влияния всех действующих сил... Само собой разумеется, что для сего нужна самая широкая эрудиция. Это показывает, насколько важна и трудна задача „общей церковной истории"».28

Алексей Петрович понимал все это и стремился в своей научной работе следовать высоким требованиям, которые предъявлялись к церковному историку. В связи с этим возникал естественный вопрос о совместимости церковноисторического познания и догматическоконфессиональных воззрений той Церкви, к которой причислял себя историк. Как отмечал А. А. Спасский, А. П. Лебедев следующим образом относился к этому моменту: «основы православия так ясны, что погрешить против них можно только сознательно, а не случайно или вследствие небрежности или неосторожности».29

В А. П. Лебедеве всегда жил только историк, который основы своей честно исповедываемой веры соизмерял и просветлял разумом всей совокупности фактов истории. Его труды лишены были различных гипотетичных выводов, и поэтому, как отмечал Н. Глубоковский, в них нельзя было увидеть какуюлибо тенденциозность.30 А. П. Лебедев по существу первый историк по времени и по достоинству Православной Восточной церкви, давший отчетливую картину исторических судеб Православного христианства. Его современники ставили рядом с ним в западной науке разве только берлинского профессора А. Гарнака.31 Алексей Петрович хорошо понимал, что знания имеют цену не тогда, когда они сосредоточены в голове ученого, а когда становятся публичным явлением и получают общественное значение. Он посвятил свою научную деятельность исследованиям по всем сферам церковноисторической науки, включая период первых веков христианства, период Вселенских соборов, эпоху Византийской церкви и кончая судьбами Греческой церкви, от ее подпадения под власть турок до современного ему периода (конец XIX в.). Один перечень его трудов мог бы занять 1,5–2 печатных листа.32 Представляют интерес воспоминания учеников А. П. Лебедева по поводу того, как Алексей Петрович понимал и относился к церковноисторической науке.

«Поставив себе целью дать в живых очерках всю историю Грековосточной церкви, он не мог вдаваться в скрупулезную специальность, но и не плавал по верхам церковноисторической жизни, он следил главным образом за общими течениями церковной истории, лишь изредка вдаваясь в специальные, но всегда краткие экскурсы».33 «По его (А. П. Лебедева – М. М.)  мнению, церковная история является матерью богословских наук, и, обнимая их всех, служит для них почвой и опорой. История – это не мертвая хроника и не отвлеченный шаблон. Она должна сохранять свою жизненную ценность, где даже самое отдаленное прошлое открывает всегда генезис и смысл настоящего, определяя для последующего времени наличную ценность и предрешая ему свойственную будущность».34 И далее: «Церковная история становилась учительницей не по менторской назойливости, но потому, что открывала закон исторического возникновения и движения аналогичных явлений и институтов. Минувшее у Алексея Петровича не считалось исчезнувшим, но было моментом продолжения бытия и поэтому имело право органически участвовать в нем».35 В этом достоинстве и отражена церковная история. Вот почему и сам профессор, поучаясь больше в древности, не погрязал в одних воспоминаниях и не обладал кабинетной индифферентностью к окружающей действительности. Под влиянием пера А. П. Лебедева она теряет книжную отвлеченность и своей жизненностью привлекает к себе не только специалистов.

В основе работ ученого лежало серьезное и всестороннее изучение источников и столь же внимательное и широкое исследование всех более или менее заслуживающих опытов их научного воспроизведения. Везде и всюду профессор начинал с изыскания источников для взятой им эпохи и посвящал данному предмету целые книги или специальные отделы своих трудов. Поэтому все его построения отличались документальной солидностью. Алексей Петрович не признавал размашистые гипотезы, если они вырывались изпод власти источника. Правда, все сочинения ученого не были обременены и перегружены «научным аппаратом», но последний всегда имелся у него во всех главных частях. Как отмечал Н. Глубоковский, основа всякого научного исследования – это работа с историческими источниками, где необходим их строгий разбор и оценка для каждого исторического периода. Только после этого уже начинается воссоздание живого исторического явления. Такого же понимания придерживался и А. П. Лебедев.

Умея схватить в каждом явлении главное, А. П. Лебедев сразу вводил его во всю глубину, почему подробности становились не утомительными деталями, а более отчетливыми. Отличительной чертой его исследования было и то, что все элементы изучаемой эпохи выделялись во всей взаимосвязи родственных групп и явлений. В этом многие из коллег ученого видели достоинство его научных трудов и лекций.36 Другим достоинством была популярность изложения ученым своего исследования. По словам Н. Глубоковского: «Язык его очень прост, и поэтому чтение его сочинений приносило не только научную пользу, но и истинно эстетическое наслаждение. Этим Алексей Петрович хотел усилить, или лучше сказать, зародить и воспитать интерес к церковной истории, привлечь к ней новые силы и поднять ее на должную высоту в научном смысле».37 Интересна характеристика научной деятельности А. П. Лебедева, данная ему А. А. Спасским: «Полнота и объективность является постоянным спутником его работ. Ни одна важная черта, ни одна характерная мелочь не опущена без внимания и поставлена на своем месте. Изящный литературный стиль, общедоступность изложения, картинность восприятия событий – все это делает сочинения А. П. Лебедева источником умственного наслаждения. Популярность – вот отличительная черта всех его научных работ, к которой он сознательно стремился. Поставив себе целью дать в живых очерках всю историю Грековосточной церкви, он не плавал по верхам церковноисторической жизни».38

Наряду с тщательным ознакомлением с документальным материалом, А. П. Лебедев всегда с вниманием относился и к современной ему литературе по церковноисторической тематике. Он не простирал своей критики до границ систематического скептицизма и везде находил достаточно, хотя и относительных, но все же достоверных материалов, вполне вероятных исторически. Поэтому его научные изыскания обеспечивались обильными и солидными данными и имели объективную убедительность. «Хотя нельзя, конечно, сказать, – пишет Н. Глубоковский, – что А. П. Лебедев всегда был самостоятелен в своих исследованиях по замыслу и исполнению. Будучи хорошо знакомым с современной западной наукой, особенно немецкой, он охотно усваивал наиболее ценные ее приобретения и никогда не стремился к преднамеренной самобытности во чтобы то ни стало. Напротив, немало его работ было написано под непосредственным влиянием и вдохновением западных образцов. Но не следует в этом видеть простую компиляцию. Эти работы служили только отправной точкой в дальнейшем собственном творчестве».39Профессор А. А. Спасский отмечает: «А. П. Лебедев также занял в нашей науке роль публициста по отношению к западной, и своей целью поставил ознакомление русской публики со всякой ученой новинкой, появившейся на западе и скольконибудь заслуживавшей внимания, и здесь, как и везде, он внес систему в свое дело».40 Все мнения и теории западных историков критически перерабатывались, и изпод пера Алексея Петровича выходил совершенно новый и оригинальный труд.

В этом контексте надо отметить первый том сочинений А. П. Лебедева, посвященный церковноисторической литературе с IV по XIX век.41 Это та научная почва, на которой работал ученый. В этом труде прослеживается прогресс церковноисторического познания, как он отразился в литературе. Автор начинает свое изложение с еще несовершенных опытов церковной историографии вроде «достопамятностей» Гегесиппа, и через Евсевия Кесарийского (первого церковного историка в собственном смысле слова) подходит к Сократу, Созомену и Феодориту Киррскому. Затем он характеризует развитие западноевропейской церковноисторической науки в ее главных представителях: Магдебургские центурии, «Анналы» Барония, труды Августа Неандера, Фердинанда Баура и кончает свое повествование Адольфом Гарнаком.42 Исследование А. П. Лебедева завершается «наблюдением касательно развития русской церковноисторической мысли и науки» с XVIII века до середины XIX века. Научная значимость данного труда очевидна до сих пор. Он дает занимающемуся церковной историей тот необходимый материал, чтобы он не только надлежащим образом воспользовался теми источниками для воспроизведения церковной историографии, какими являются древние памятники церковноисторической литературы, но и сумел извлечь из них необходимые и отвергнуть ненужные.

Боясь детальных и частных изысканий, А. П. Лебедев был врагом узкой самоуглубленности и любил рассматривать всякую подробность при широком освещении всей исторической перспективы. Такой подход виден уже в докторской диссертации о Вселенских соборах IV–V веков.43 Алексей Петрович первый посмотрел на историю догматических движений исторически. В этом и заключалась научная новизна его диссертации. В основе истории развития догматов и Вселенских соборов, по его мнению, лежали не случайные причины, а те глубокие волнения, которые переживала Вселенская Церковь и ее интеллектуальная мысль в эпоху первых 4х соборов.44 Эти волнения коренились в различии гносеологических предпосылок, отражавшихся на догматическом строе различных воззрений. Различие в них разделили богословскую мысль IV–V веков на два основные направления, или, по терминологии А. П. Лебедева, «школы», – Александрийскую и Антиохийскую. Из их соперничества и выводил Алексей Петрович все события этого периода.