Вскоре приехал митрополит Иоанн (Миртов), который быстро договорился с НКВД об образе действий. Отец Василий стал готовиться к аресту и послал письмо Нижегородскому митрополиту, и. о. Местоблюстителя Патриаршего престола Сергию (Страгородскому), в котором приносил покаяние в обновленчестве. Одновременно с этим готовил себе преемника.

После возвращения в патриаршью церковь о. Феофан получил от митрополита Сергия благословение на русскоязычное богослужение с практикуемыми в общине особенностями, при этом было сделано важное дополнение:«Руководствуясь примером покойного Святейшего Патриарха, я не нахожу препятствий к тому, чтобы Преосвященные епархиальные архиереи, если найдут полезным, разрешали иеромонаху Феофану (или другим) то же самое и каждый в своей епархии». Это постановление»О принятии в общение со Св. Церковью и о допущении русского языка в церковном Богослужении»было напечатано в»Журнале Московской Патриархии»№5 за 1931 год.

9 декабря 1931 года после всенощной на Знамение Божией Матери о. Феофан был арестован и в 1932 году сослан в с. Суянки Красновишерского района Пермской области, затем находился в с. Чердынь того же района.

Его преемнику о. Василию Абоимову не дали служить в Ильинском храме, ключи от которого забрали обновленцы. Община разошлась по городским приходам, а священник Василий Абоимов и диакон Иоанн Фролов были направлены в село Пахотный Усад, где с благословения митрополита Сергия служили на русском языке. Вскоре о. Василий Абоимов был арестован.

После окончания срока ссылки в 1934 году о. Феофан, не имея права проживания в десяти крупнейших городах страны (минус 10), прописался во Владимире, но жил в Нижнем Новгороде у своих духовных чад.

В 1935 году о. Феофан арестован в Нижнем Новгороде вместе с митрополитом Евгением (Зерновым), священниками Николаем Македонским и Петром Новосельским за совершение пасхального богослужения 1 мая 1935 года.

4 ноября 1935 года ОСО НКВД СССР осужден по ст. 54 п. 10 УК»за пропаганду контрреваолюционной направленности против мероприятий советской власти»к 3 годам ИТЛ. Направлен в Карлаг.

16 октября 1937 года арестован УНКВД Карагандинской области на том основании, что»отбывая наказание в Карлаге Адаменко В. И., так же как и Романовский Н. А. в составе группы бывших священников участвовал в организации»истинно–православной церкви», в которую, помимо о. Феофана и о. Николая Романовского входил также епископ Елецкий Сергий (Зверев). На допросах о. Феофан»виновным себя не признал, участие в собраниях и религиозных обрядах не отрицал». Решением тройки при УНКВД по Карагандинской области от 20 ноября 1937 года иеромонах Феофан (Адаменко) осужден по ст. 58–10–11 и приговорен к высшей мере наказания – расстрелу, который, согласно выписке из акта, приведен в исполнение. Место погребения не известно. В октябре 1943 Сергий (Страгородский), незадолго до этого избранный Патриархом всея Руси, направил в Совет по делам православной церкви при Совете Народных Комиссаров СССР ходатайство об амнистии ряда заключённых священнослужителей, которых он»желал привлечь к церковной работе». В приложенном к ходатайству списке значились фамилии 25 архиереев и одного священника – о. Адаменко. В действительности к тому времени из всего списка в живых оставался лишь один человек, остальные были расстреляны или погибли в тюрьмах и лагерях. Постановлением Президиума Карагандинского областного суда от 28 ноября 1957 года постановление Тройки УНКВД по Карагандинской области от 20 октября 1937 года в отношении иеромонаха Феофана (Адаменко) отменено»за недоказанностью состава преступления». Память с собором новомучеников.