На языке того времени «Тремя главами» назывались:

1. Все сочинения Феодора Мопсуэстийского;

2. Сочинения блаж. Феодорита Кирского, в которых он нападает на анафематизмы св. Кирилла Александрийского и Ефесский Собор (431 г.) и отрицает любую форму теопасхизма;

3. Письмо Ивы к Марию Персу, в котором объясняется примирение 433 г. между св. Кириллом и восточными; Ива представил это примирение как капитуляцию Александрийского епископа.

В 544 г. Юстиниан издал эдикт, провозглашающий анафему каждой из этих глав (kejalaia). Блаж. Феодорит и Ива не были осуждены лично, поскольку были реабилитированы в Халкидоне, где они однозначно анафематствовали Нестория. Считалось, что тем самым они отреклись и от всех несторианских взглядов, имевших место в их предыдущих творениях. Указ Юстиниана способствовал развитию политических процессов и догматического движения, и привел к Собору 553 г. Здесь нет возможности излагать драматические обстоятельства Собора, рассказывать подробно о давлении, которое император вынужден был оказать на папу Вигилия и западный епископат, однако необходимо исследовать итоги Собора и его роль в истории богословия.

Составленное Юстинианом в 551 г. и обращенное ко всей полноте Кафолической Церкви исповедание веры (omologia pistews) содержит проект и основные мотивы решений 553 г.40 Император упорно отстаивает ортодоксальность теопасхистских формул, ставших для него критерием православия. Но делает он это не в ущерб Халкидонскому вероопределению; решительно отвергая идею слияния (sugcusis) Божества и человечества во Христе, Юстиниан твердо настаивает на необходимости признания двух природ, осуждая нежелание монофизитов «подсчитывать число (ariqmos) природ». Единство Христа выражается понятием ипостаси, а не природы; таким образом, Юстиниан (вслед за Леонтием Иерусалимским) вполне осознает различие между природой и ипостасью, оставаясь убежденным приверженцем Халкидона. Не принимая полностью терминологию Леонтия, Юстиниан усвоил ее главную идею: природа может существовать только в ипостаси; в противном случае она остается лишь неопределенной абстракцией (aoriston). Благодаря Ипостаси Логоса человечество Христа получает во чреве Марии полноту своего бытия. Таким образом, для ипостаси существует возможность сделаться сложной (upostasis sunqetos), потому что, будучи источником существования, ипостась не может утратить своей самотождественности (to idion), в то время как компоненты сложной природы (jusis sunqetos) лишаются своего самостоятельного существования. Если бы Христос обладал сложной природой, а именно это утверждал Севир, Он не был бы ни Богом, ни человеком, но некой новой природой; тогда как в действительности Он есть и Бог, и человек в Своей сложной Ипостаси. Пытаясь дать определение этого единства, Леонтий Византийский использовал образ человеческого индивидуума, состоящего из души и тела, двух различных природ, соединенных в одной ипостаси. Юстиниан понимал всю недостаточность этого образа, который монофизиты, не разделявшие оригенистских взглядов Леонтия, сразу же истолковали в свою пользу, поскольку тело и душа составляют одну человеческую природу. Император утверждал, что этот образ может быть использован только для описания самого ипостасного единства Христа, но не его сложного характера, поскольку две природы во Христе не являются ни взаимодополняющими, подобно душе и телу, ни одновременно сотворенными, так как нетварное Божество существовало и до Воплощения.

Юстиниан открыто противостоял монофизитству, отстаивая единичное понимание ипостаси и ведя полемическое сражение с Севиром по вопросу о «числе» природ. Тем не менее, он сделал ряд существенных терминологических уступок Севиру. В частности, Юстиниан полагал, что две природы во Христе возможно различать только «словесно или созерцательно, а не как две различные вещи» (logw monw kai qewria, ou mhn autwn twn pragmatwn ecei thn diaresin). Именно в таком смысле понимал две природы (duo juseis en qewria) и Севир. Кроме того, императорское исповедание веры провозглашало истинно православной формулу св. Кирилла (mia jusis tou Qeou Logou sesarkwmenh). После краткого изложения дифизитской христологии император продолжает: «Исповедуя это учение, мы в то же время принимаем и выражение св. Кирилла, учившего лишь об одной воплощенной природе Бога–Слова…, поскольку всегда, когда св. Отец говорил mia jusis tou Qeou Logou sesarkwmenh), он использовал слово «природа» в значении «ипостаси».

Далее Юстиниан приводит отрывки из «Послания к Суксенсу» св. Кирилла, стремясь доказать, что монофизитством окрашена только терминология св. Кирилла, в то время как суть его учения согласуется с определением Халкидонского Собора.Юстиниан шел навстречу монофизитам настолько, насколько позволяла его верность Халкидону. Многие православные, например Ипатий Ефесский на совещании 532 года, — безоговорочно принимали только те творения св. Кирилла, которые были официально одобрены в Ефесе и Халкидоне. Религиозная политика Юстиниана, напротив, состояла в том, чтобы, полностью восстановив авторитет св. Кирилла среди православных, привести монофизитов к принятию Халкидонского собора. Существовало только одно средство добиться единства веры: надо было показать обеим сторонам, что противоречия между св. Кириллом и Халкидоном имели не более чем терминологический характер. В 553 году эта политика была принята официально в результате посмертного осуждения тех, кто, естественно, уже не мог себя защитить, но чьи произведения представляли серьезное препятствие на пути окончательного триумфа александрийского богословия.«Исповедание веры» Юстиниана содержало в себе 14 анафематизмов, которые Собор 553 года просто переработал, не изменяя содержания. Значение анафематизмов понятно: представляя их на одобрение Собора, Юстиниан стремился снять с Халкидона обвинения в несторианстве (см. особенно анафематизмы 5, 6 и 14). Повторное осуждение несторианства «Трех глав» в том виде, в каком оно там содержится, выражается в неоднократном утверждении единства субъекта воплощенного Слова (анафематизмы 2, 3, 4 и 5), кроме того, в торжественном провозглашении теопасхизма (анафематизм 10) и, помимо этого, в запрещении (анафематизм 13, касающийся произведений Феодорита) выражать любое несогласие с творениями св. Кирилла, в частности с «Двенадцатью главами» против Нестория, которые не были официально приняты на Ефесском и Халкидонском Соборах. Оставалось только одно препятствие для триумфа кириллова богословия. Собор провозгласил, что выражение mia jusis («единая природа») можно и должно, под угрозой анафемы, понимать только в значении mia upostasis (анафематизм 8). Таким образом, св. Кирилл признается православным, но православие его следует понимать в свете халкидонского вероопределения, и, наоборот, Халкидон не должен рассматриваться как отречение от св. Кирилла. Конечно, для монофизитов это было камнем преткновения, хотя Собор и шел им навстречу, принимая выражение Юстиниана, согласно которому различие между природами во Христе является только созерцательным (en qewria, анафематизм 7). И в самом деле, разве Севир Антиохийский говорил не то же самое?Непосредственное осуждение «Трех глав» было включено в три последних анафематизма. Персонально осужден был только Феодор Мопсуэстийский. Имена Ивы и Феодорита формально были защищены авторитетом Четвертого Вселенского Собора. Последнего попрежнему продолжали читать и цитировать наряду с другими великими учителями Греческой Церкви; что касается Ивы, текст, в котором о нем упоминается, набросил тень сомнения на подлинность его письма к Марию, и, таким образом, его личный авторитет не пострадал.Тем не менее ясно, что значение богословских решений 553 года шире, чем проблемы, связанные с отдельными личностями. Пусть даже богословие Феодора действительно можно было истолковать в православном смысле (что, впрочем, сомнительно) — провозглашение св. Кирилла Александрийского абсолютным regula fidei в христологических вопросах, предпринятое Юстинианом и его Собором, явилось исключительно важным событием и для Востока, где оно определило дальнейшее развитие богословия, и для Запада, где оно было принято только после долгих колебаний.Пятый Вселенский Собор разрешил далеко не все проблемы, связанные с тайной Воплощения, однако, реабилитировав учение Кирилла о единстве субъекта во Христе, он актуализировал огромное значение понятия ипостасного единства воплощенного Слова. Против Аполлинария Собор подтвердил, что человеческая природа, воипостазированная Словом, являлась плотью, одушевленной разумной душой (sarka emyucwmen yuch logikh kai noera, анафематизм 4), и, следовательно, человечество Христа было истинным человечеством, а Христос, как и утверждалось в Халкидоне, был совершенно единосущным нам по Своему человечеству, но ипостась Его человечества была Ипостасью Превечного Слова. Это решение Собора, являвшееся выражением новоалександрийского богословия, сделало невозможным отождествление ипостаси с понятием самосознания или ума. Как человек Христос обладал всем, что присуще человеку, но Он не был человеческой ипостасью. Рождение, искушения, страдания и смерть — все это было в Нем истинно человеческим. Но Его «Я», источник и субъект (агент) всех этих необходимых состояний свободно воспринятой человеческой природы, было Словом, являющимся также основанием и для communicatio idiomatum, и для окончательного обожения человеческого естества. Все это возможно только в том случае, если ипостась сохраняет свой «открытый характер», т. е. мыслится как источник и основание, а не как содержание конкретного существа, либо один из аспектов природного, божественного или человеческого, существования. Энергии и действия человеческой природы не перестали быть истинно человеческими вследствие того, что она была «воипостазирована в Слове».Именно понятие ипостаси позволило византийскому богословию сохранить в своем понимании Воплощения положительное содержание антиохийской мысли и принципиальный смысл Томоса папы Льва, согласно которому каждое естество «действует так, как ему свойственно».