Кафедральным патриаршим собором является Богоявленский, что в Елохове в Москве (до революции — восьмой по размерам), в который в 1948 году с согласия гражданских властей, тайно, под покровом ночи, были перенесены из Кремля мощи святителя московского Алексия.

Патриарх имеет несколько личных резиденций: в Троице-Сергиевой Лавре, в Одессе, в Переделкино под Москвой, пользуется в своих поездках правительственной автомашиной "Чайкой". В настоящее время все основные учреждения Патриархии размещаются в отстроенном к 1000-летию крещения Руси Даниловом монастыре.

При патриархе существует Священный Синод, который по "Положению об управлении Русской Церкви" 1945 года должен состоять из шести членов — епархиальных архиереев при Председателе Патриархе. Трое из них — постоянные (митрополиты Крутицкий, Киевский и Санкт-Петербургский), трое — временные, по вызову из епархий. Временные члены вызываются для присутствия на одной сессии Синода, согласно списку архиереев, по старшинству хиротонии, по одному от каждой из трех групп епархий, на которые разделены все епархии Русской Церкви.

Синодальный год разделяется на две сессии: летнюю (март-август) и зимнюю (сентябрь-февраль). В настоящее время Синод состоит из пяти постоянных членов и двоих временных. Для руководства отдельными сторонами церковной жизни, при Синоде учреждены отделы: Управление делами, Внешних церковных сношений, Издательский, Учебный Комитет, Хозяйственное Управление, Пенсионный Комитет.

Управление делами, как административный орган, приводит в исполнение распоряжение высшей церковной власти (патриарха и Синода) и осуществляет связь с епархиями. Управляющий делами присутствует на заседаниях Синода и ведет журнал его решений. По первоначальному замыслу Отдел внешних церковных сношений должен был служить для связи высшей церковной власти с заграничными Экзархатами, епархиями, благочиниями, миссиями, приходами и со всеми Поместными Православными Церквами и инославными конгрегациями. Но очень скоро он превратился в инструмент (весьма эффективный) откровенной советской пропаганды и оболванивания иностранных гостей, приезжавших в бывший Советский Союз по церковной линии.

Учебный Комитет ведает духовными учебными заведениями, осуществляет подбор (до недавнего времени в полном согласии с Советом по делам религий) преподавательского корпуса, в конечной инстанции одобряет программы и методику преподавания и вообще надзирает за направлением и жизнью духовных школ.

Издательский Отдел осуществляет выпуск ежемесячного журнала ("Журнал Московской Патриархии"), Священного Писания, богослужебных книг, в очень ограниченных тиражах и с предельно высокой ценой.

Пенсионный Комитет, согласно официальной версии, "занимается рассмотрением прошений о предоставлении пенсий и пособий престарелым или потерявшим здоровье священно-церковнослужителям, их вдовам, работникам духовных школ и других церковных учреждений. Как видно, цель Пенсионного Комитета — не предоставлять нормальную пенсию нуждающимся, а "рассматривать прошения" о таковой. Достаточно сказать, что еще недавно месячная пенсия начислялась из расчета полтора рубля за год священнослужения.

Хозяйственное Управление руководит хозяйственной жизнью епархий и приходов, контролирует церковные средства. На эти средства содержится высшее церковное управление со всеми его отделами, духовные школы, оплачиваются расходы по созыву Соборов, церковных Совещаний, приему церковных делегаций, поездки за границу.

Хозяйственный Отдел выпускает необходимые для жизни Церкви предметы. Недалеко от Москвы (пос. Софрино) построены новые корпуса свечного завода и мастерских по изготовлению церковной утвари. В Троице-Сергиевой Лавре и других монастырях имеются иконописные мастерские. Все необходимые материалы Хозяйственное Управление заказывает в государственных организациях и оплачивает за счет фондов Патриархии.

Руководство мастерских до недавнего времени было ставленниками Совета по делам религий и, естественно, занималось хищениями в огромных размерах. Некоторые из руководящих работников Хозяйственного Управления за такие хищения отбывали (впрочем, как правило, небольшой) тюремный срок. Некоторые вовсе отделывались легким испугом (митрополит Мефодий Немцов, архиепископ Алексий Кутепов).

Несколько лет назад при Синоде были образованы новые Комиссии:

* по канонизации святых и

* по изучению материалов, касающихся реабилитации клириков и мирян, репрессированных в советский период.