Много трудился и много молился отрок вместе со старцем, строго соблюдая посты.

Утром солнце, восходя, освещало через оконце склоненную к полу в мягких русых кудрях голову юноши.

Любил юноша старца всей душой и во всем его слушался. И была между ними непрерывная связь и радость в совместной работе. Оба были смиренны, а потому и чисты сердцем. Поучения старца глубоко западали в его душу и впоследствии дали большие плоды в его подвижнической жизни.

Закончив учение, Корнилий вернулся в дом матери. Но его всей душой тянуло к монастырской жизни. И когда он впервые был привезен в Псково-Печерский и малоблагоустроенный монастырек — судьба его, можно сказать, мгновенно решилась.

Церковь в пещере, несмотря на то, что была в земле, душу уносила ввысь, к небу. И это дивное влияние пещерного храма испытал на себе тогда еще очень молодой Корнилий.

Необыкновенное состояние овладело душою отрока, когда они шли из пещерной церкви. Он отстал от матери, опустился на колени и замер в неописуемом восторге перед величием Творца. Свет широким потоком хлынул ему в душу и наполнил сердце духовным восторгом и беспредельной молитвой... Слезы высокой духовной радости струились по его лицу. Мать, найдя его в таком состоянии, не могла понять, почему он и плакал, и улыбался одновременно. Получив осенение свыше и почувствовав призвание на великий иноческий подвиг именно здесь, он навсегда поселился в этой обители с "Богом зданными пещерами" и пещерной церковью. Псковичам было свойственно пустынножительство. И душа юноши Корнилия тянулась в глубь лесов.

Первые годы жизни Корнилия в обители были полны молитвенного подвига и неустанных трудов. Это был период подготовки его к великому игуменскому служению.

Подвижническая жизнь юного отшельника скоро выделила его из числа братии. Они прониклись к нему глубоким уважением, так как он неукоснительно исполнял монашеские правила, любил упражняться в молитве, без устали работал для обители, и притом отличался большой начитанностью.

И братия монастыря избрала его своим игуменом, когда было ему всего 28 лет. Так рано духовно созрела эта чистая душа для больших дел.

Он достойно нес возложенное на него бремя большой ответственности пред Богом и людьми.

Игуменствовал он 41 год, с 1529 года по момент его трагической кончины — 20 февраля 1570 года. Много успел он сделать за это время. Внешнее устройство монастыря, его благолепие, вызывающее у многих посетителей благоговейный восторг при вступлении на монастырскую землю, до нынешнего дня привлекает сюда и множество паломников, и большое число экскурсантов.

Вступая на трудный путь игуменства, он взял в свои руки зажженную свечу русского иночества и понес ее в века и, что самое важное, донес эту свечу до нашего времени.

Он старался личным примером возбудить в подчиненных ему иноках ревность к подвижничеству: был твердый, правдивый и строгий блюститель монашеских обетов и порядков в обители, дорожил высоким назначением обители как "училища благочестия", поэтому всякого инока, отступившего от монашеского устава (невзирая на лица), подвергал исправительным мерам, а если тот не исправлялся, то удалял его из обители. При нем жизнь иноков протекала в духе первых христианских подвижников — в строгом исполнении монашеских уставов, трудах, смирении, молитве и посте.

Но при всей его строгой требовательности число иноков в обители за время его игуменства возросло до 100 человек, а было не более 15 человек.