Во время поездки на Соловки в полной мере проявилась властная натура Никона. Сопровождавшие его бояре жаловались на Новгородского владыку, который, не жалея себя, и от них требовал аскетических подвигов: заставлял выстаивать долгие службы, класть немереное количество поклонов, строго поститься.

Во время путешествия Никона на Соловки скончался Патриарх Иосиф. Никон вернулся в столицу уже практически преемником почившего Первосвятителя, оставалось лишь формальное избрание. Правда, группа протопопов из кружка "ревнителей" (в их числе Иван Неронов, Аввакум Петров, Логгин, Даниил и прочие будущие вожди старообрядческого раскола) после недельного поста предложила на Патриаршество царского духовника Стефана Вонифатьева. "Боголюбцы" цеплялись за последнюю возможность сохранить свою власть в Церкви, которую они фактически узурпировали в Патриаршество оттесненного ими от дел Иосифа. Но Стефан отказался избираться в Патриархи. 22 июля 1652 г. Освященный Собор, зная настроение Алексея Михайловича и желая ему угодить, выбрал на Патриаршество Никона.

Почти сразу после избрания нового Патриарха начались первые неожиданности: Никон несколько раз отказывался прийти со своего Новгородского подворья в Успенский собор на церемонию наречения на Патриаршество, которая должна была проходить с участием царя. Наконец, его привели насильно. Никон стал отказываться от Патриаршего сана, ссылаясь на свою неспособность и неразумие. Такое поведение было вполне традиционным. Столь же традиционно избранного Патриарха уговаривали принять власть над Церковью. Но далее Никон повел себя весьма необычно: он отказывался не троекратно, как требовал сложившийся ритуал, а столь решительно и долго, что заставил царя встать на колени перед Никоном и умолять его принять Патриаршество. Избранный Патриарх прослезился, увидев эту картину, но принял Патриаршество только после того, как царь обещал блюсти догматы и каноны Православия нерушимо и во всем слушаться его, Никона, как архипастыря и отца. Государь, бояре и Освященный Собор присягнули в том на Евангелии. И лишь тогда Никон согласился стать Патриархом. Позднее он утверждал, что предупредил царя о том, что согласен быть на Патриаршестве только три года, и если царь не будет у него в послушании, то уйдет с Первосвятительской кафедры. Уже в этом эпизоде с избранием на Патриаршество вполне проявилась идея возвышения священства над царством, усиления Патриаршества. Именно она, скорее всего, и была в жизни Никона главной целью, тогда как его знаменитые реформы явились лишь средством достижения этого теократического идеала.

25 июля 1652 г. была совершена интронизация нового Патриарха, и 47-летний Никон стал новым Предстоятелем Русской Церкви. Теперь его энергичная натура могла, наконец-то, проявиться в полной мере. Молодой царь благоговел перед Никоном, бесконечно доверял ему, советовался с ним по всем важнейшим государственным делам. Отъезжая из Москвы, Алексей Михайлович регулярно переписывался с Патриархом. Но наиболее ярко сыновнее отношение царя к Патриарху проявилось в том, что Алексей Михайлович разрешил Никону именоваться "Великим Государем". Прежде так титуловали только Патриарха Филарета, что мыслилось как мера исключительная, так как он был отцом и фактическим соправителем царя Михаила Феодоровича. Но царь Алексей даровал титул "Великого Государя" вчерашнему крестьянину-мордвину, подчеркнув, что тоже видит в нем своего отца. Однако в реальности эта беспрецедентная мера только укрепила Никона в мысли возвысить Патриаршество над царством. Отныне он стал стремиться придать своему новому титулу вполне реальное содержание.

Патриарх принимает деятельно участие в важнейших государственных делах. Его мнение царь не только уважал, но и руководствовался им. Недовольство Никона статьями Уложения 1649 г., ограничивающими права Церкви, заставило царя отступить от затеваемой секулярной реформы. Он оставил Никона безраздельным хозяином в его Патриаршей области, границы которой в это время многократно расширились. Вопреки статьям Уложения государь жаловал Никону новые земельные владения. Сам Никон также приобретал новые вотчины. Так, например, он приобрел почти целиком несколько уездов в Новгородской земле: Валдайский, Старорусский, Крестецкий, присоединил к Патриаршей области обширные территории в Тверской земле, Поволжье, отвоеванных у Польши юго-западных областях и южно-русских степях. Количество крестьянских хозяйств в Патриаршей области при Никоне возросло с 10 тысяч до 25 тысяч. Никон отстроил три крупных ставропигиальных монастыря, которые получили статус Патриарших резиденций: Иверский монастырь на Валдае, Крестовоздвиженский Кий-островский в устье Онеги и Воскресенский Новоиерусалимский под Москвой, на реке Истре. Царь пожаловал их Никону в личную собственность.

При строительстве Новоиерусалимского ансамбля вполне проявились специфические теократические идеалы Никона, которые были довольно далеки от православной традиции и скорее напоминали некое подобие восточного папизма. Никон хотел видеть в своем Новом Иерусалиме новый духовный центр православного мира. Весь комплекс монастырских земель представлял собой уменьшенный макет Святой Земли, монастырь символизировал Иерусалим, а монастырский Воскресенский собор с комплексом приделов был копией Храма Гроба Господня. В алтаре собора Никон поместил пять тронов для себя и четырех Восточных Патриархов, причем, кафизма Московского Первосвятителя была поставлена в центре. Как царю Алексею кружила голову мечта стать вселенским православным государем, так Никон мечтал стать настоящим Вселенским Патриархом, духовным главой всего православного мира, и не таким номинальным и призрачным, как стамбульский владыка, лишь титуловавшийся "Вселенским", а вполне реальным. Но налицо был парадокс: воплощение этой мечты Никона сделало бы его любимый монастырь не Новым Иерусалимом, а скорее неким подобием восточного Ватикана.

К своей цели Никон шел постепенно. Первым делом он считал, необходимым реализовать программу церковных реформ. Прежде всего, она должна была обеспечить Никону расположение царя, для которого исправление русского обряда по греческому образцу было залогом грядущего объединение всего православного мира под скипетром Московского государя. Положение Никона в этой православной сверхдержаве в случае возвышения духовной власти над светской стало бы еще более грандиозным. Ради воплощения этих масштабных замыслов Никон начинает свои церковные преобразования. Этим же целям должно было служить и усиление внешнего блеска Московского Патриаршества, которому Никон хотел придать невиданное доселе величие.

Никон не сознавал, что Москва и так уже стала реальным центром мирового Православия, в чем и было настоящее исполнение пророчества старца Филофея о Третьем Риме. Это была реальность, которая не требовала какого-то специального оформления через внешние формы. Но, к сожалению, к XVII веку оказался во многом утраченным опыт духовной жизни, сильно понизился уровень богословского образования. Русский человек этого времени свою религиозность мыслил почти исключительно через внешние обрядовые формы. Никон и оппонирующие ему протопопы в этом смысле мало отличались друг от друга. Разница была лишь в том, что будущие вожди раскола видели истину Православия в строгом следовании старому русскому обряду, Никон же созидал новые имперские формы величия Третьего Рима.

Внешний блеск Патриаршего служения при Никоне достигает апогея. Пышность и красота богослужений этого времени были необыкновенными даже для Москвы, традиционно отводившей обряду особое место. На Патриарших службах Никону сослужили несколько десятков священнослужителей, иногда до 75 человек. Красоте и богатству Успенского собора соответствовали столь же великолепные пудового веса облачения и драгоценная утварь, украшенные каменьями и жемчугом и блиставшие царственным золотом.

Никона нисколько не волновало, что его стремление возвеличить Патриаршество болезненно ударило по духовенству. Патриарх стал единолично судить и низлагать не только своих клириков, но и епископов. Впоследствии Никону вменяли в вину, что он единолично низложил епископа Павла Коломенского и запретил в служении Симеона Тобольского. Строгостью и прежде отличались многие Первоиерархи Русской Церкви. Но у Никона строгость уже граничила с жестокостью, а иногда (как в случае с Павлом Коломенским) просто переходила в мстительную расправу с несогласными. Никон был скор на суд и расправу. По Москве ходили Патриаршие дьяки и вызнавали насчет беспорядков среди столичного клира. Виновных, особенно пьяных попов, арестовывали и строго наказывали. Московское духовенство жило в постоянном страхе перед своим Первосвятителем, которого боялись, но не любили. Это, в сочетании с крайним высокомерием самого Никона, крайне ожесточило против него духовенство, особенно его бывших друзей по кружку "ревнителей".

Число врагов Никона росло, но он, абсолютно уверенный в постоянстве царской дружбы, не придавал этому значения, держался заносчиво и ни с кем не считался. Протопопы и бояре одинаково возненавидели Никона как горделивого выскочку и ждали удобного момента, чтобы воздать ему за пережитые унижения. Но если протопопы скорбели о потере своего влияния на дела церковные, то бояре помимо гордыни и обид не могли простить Патриарху его огромного влияния на дела государственные. В соответствии с собственным пониманием места Патриарха в Российском государстве Никон стал активно влиять на внешнюю и внутреннюю политику царя Алексея. Именно Патриарх посоветовал царю принять предложение гетмана Богдана Хмельницкого о присоединении Малороссии к Москве в 1654 г. что, вызвало большие осложнения во взаимоотношениях России и Польши и в итоге привело к войне. Царь решился на войну по благословению Никона, который убедил Алексея Михайловича в том, что воссоединение Малороссии с Московским государством это первый шаг на пути реализации программы созидания вселенской православной империи.

Поначалу война шла успешно для России. Был возвращен потерянный после смуты Смоленск, взяты Полоцк и даже Вильна. В 1656 г. по совету Никона царь отважился и на войну со шведами. Влияние Никона на царя Алексея в ходе военных действий еще более возросло. Во время военных действий Никон оказал царю большую услугу личного характера. В Москве вспыхнула эпидемия чумы. Смертность была велика, и царская семья оказалась в опасности. Но Никон вовремя сумел вывезти Романовых и поместить их в безопасное место, семья царя Алексея была спасена. Государь выражал за это Никону огромную благодарность, что еще более скрепляло их дружбу.

Когда царь находился в военных походах, правителем в Москве он оставлял Патриарха, который в это время возглавлял Боярскую думу. Никон в отсутствие монарха управлял государством. От имени царя и себя самого он издавал грамоты. На имя Первосвятителя присылались челобитные. Никон вел дипломатическую переписку. Патриарх все держал под своим контролем, и любой важный государственный акт должен был быть скреплен его подписью. При этом Никон вновь проявлял присущие ему властность и деспотизм, держал себя с боярами высокомерно, нередко унижая их. Естественно, бояре не могли простить Патриарху обид и бесчестья. Многие из них помышляли о том, чтобы расстроить дружбу царя и Предстоятеля Церкви, а со временем и вовсе устранить горделивого Патриарха.

В числе наиболее отрицательно настроенных к Никону бояр оказались и ближайшие царские родственники и любимцы: Стрешневы (родня матери царя Алексея), Милославские (родственники первой супруги царя Алексея), влиятельный боярин Морозов (приходившийся государю свояком), князь Никита Одоевский (идейный противник Никона как главный автор Уложения 1649 г.), князь Алексей Трубецкой, кн. Юрий Долгоруков, боярин Салтыков и прочие. Их озлобление против Никона было тем острее, что многие почитали себя обойденными царским вниманием. Ненависть к Патриарху нередко принимала вызывающие формы. Так, боярин Стрешнев выучил своего пуделя глумливой шутке: тот складывал лапки наподобие архиерейского благословения и откликался на имя Никон. Но подобными мелочами дело подкапывания под Патриарха отнюдь не ограничивалось. Бояре стали исподволь настраивать царя против его любимца. Обстоятельства этому благоприятствовали. Алексей Михайлович возмужал и стал гораздо более самостоятельным. Его стремление к самовластному правлению подогревалось его окружением. Бояре старались представить Никона в глазах монарха как восхитителя царской власти. Сказалось и то, что в годы войны царь отвык от Никона и его советов, стал смотреть на вещи своими, а не его, Патриарха, глазами. Алексей Михайлович вполне уже привык обходиться без властного Первоиерарха.