В первой части (глава I) он разбирает “Апокрисис” со стороны библиографической — и прежде всего останавливается на обзоре и сравнении трех редакций апокрисиса — польской, западно–русской и киевской, составленной в 1840 г. при Киевской Духовной академии. Подробное буквальное сличение этих редакций апокрисиса дало возможность автору прийти к положительному и основательно им доказанному выводу относительно оригинального текста апокрисиса; что апокрисис писан первоначально на польском языке; автор внимательно следит за разностями переводов апокрисиса на языки западно–русский и русский, состоящими в изменениях как слов и оборотов речи, так и целых мыслей польского оригинала, в его сокращениях и дополнениях; замеченные разности указаны автором в прибавлении к своему сочинению. После рассуждения о времени и месте первоначального издания апокрисиса и его перевода на язык западно–русский, автор перешел к данным для определения личности Христофора Филалета; содержание апокрисиса и свидетельства современных ему писателей дали возможность указать автору в точных чертах только характер, умственный кругозор и немногие стороны из жизни Филалета, но не собственное имя, скрытое под псевдонимом.

Во второй части (глава II) г. Скабаланович рассматривает содержание апокрисиса как сочинения полемического, направленного в защиту западно–русских православных против сочинения иезуита Скарги “Оборона Брестского собора”. Так как апокрисис по плану и содержанию находился в непосредственной зависимости от порядка и раскрытия мыслей в указанном сочинении Скарги, то автор счел нужным ознакомить сначала с сочинением Скарги, потом уже раскрыть содержание апокрисиса и показать, насколько сочинение Филалета опровергало сочинение Скарги. Для данной характеристики полемики апокрисиса автор сопоставил его с другими современными ему полемическими сочинениями Западно–Русской церкви, указал источники, какими пользовался Филалет для опровержения учения Скарги, и место, какое было занято апокрисисом в ряду других сочинений, направленных против латинства.

В третьей части своего сочинения (главы III—VI) автор описывает полемику, вызванную апокрисисом, между сторонниками латинства — автором “Антиррисиса” и Мелетием Смотрицким с одной стороны, с другой ■— между защитниками западно–русского Православия и Филалета: Андреем Мужиловским и Диплицом. Оценка этой полемики дала возможность уяснить особенности богословских воззрений Филалета, насколько они были общи православным его современникам, какие из этих воззрений православные полемисты находили нужным принимать и защищать без изменения, в том виде, как они были изложены в апокрисисе, и какие они принуждены были отвергнуть, или же принять и защищать в перетолкованном, применительно к понятиям своих единоверцев виде.

В четвертой части (глава VII) рассматривается значение апокрисиса в историческом отношении как сборника исторических документов, помещенных в нем грамот, писем, протестов, как памятника исторического, описывающего современные Филалету исторические события в западно–русском крае, представляющего взгляд самого Филалета на эти события. Автор показывает, какие из исторических документов известны только по апокрисису, какие из них изданы в печати отдельно и насколько их издание верно подлиннику. Так как исторические факты изложены в апокрисисе не в последовательном порядке, но применительно к полемическим задачам Филалета, то автор, указывая на эти факты, подводит их под рубрики и, для большего освещения их, сводит их с историческими указаниями “Эктезиса”, тем более что сам Филалет отсылает своих читателей к этой книге, считая содержание ее согласным с истиной и обещая только дополнять написанное в “Эктезисе”.

Умение автора владеть научным материалом и располагать его в строгом порядке видно во всех частях его обширного исследования».[7]

7 сентября 1873 г. Н. А. Скабаланович был утвержден в должности доцента Санкт–Петербургской Духовной академии.[8] Вскоре после защиты магистерской диссертации он опубликовал в 1875 г. статью «Западноевропейские гильдии и западно–русские братства», в которой ученый прослеживает этапы исторического развития и типы гильдий и братств, привлекая разнообразные источники.[9]

В 1878 г. Н. А. Скабалановичем были опубликованы в «Христианском Чтении» три статьи: «Галилей перед судом римской курии» (Январь–февраль. С. 74–116), «Религиозный характер борьбы османских турок с греко–славянским миром до взятия Константинополя в 1453 г.» (Март–апрель. С. 445–480), «Политика турецкого правительства по отношению к христианским подданным и их религии» (Сентябрь–октябрь. С. 423–464). Они свидетельствуют о том, что ученый не мог оставаться в стороне от событий Русско–турецкой войны 1877–1878 гг. Всем трем работам, посвященным исключительно, на первый взгляд, историко–церковным проблемам прошлого, присущ кажущийся в исторической перспективе излишне обличительный пафос. Это, несомненно, было свидетельством актуализации страниц истории под воздействием текущих событий. Работы написаны с блеском писательского и научного дарования исследователя. Н. А. Скабаланович возложил вину за процесс над Галилеем на Католическую церковь, которая «вскормила в своих недрах такие противохристианские учреждения, как инквизиция и орден иезуитов». Не наука столкнулась с религией, а личные корпоративные интересы пришли между собою в столкновение, утверждает Н. А. Скабаланович. Галилей подвергся гонениям не потому, что в его лице выступили на борьбу начало точного знания с началами веры, но потому, что он бросил вызов рутине, и иезуиты усмотрели в его стремлении опасность своим интересам и безраздельному влиянию на общество. Религия послужила игрушкой, простым орудием в руках иезуитов». Такого же взгляда придерживался на процесс и сам Галилей, по мнению Н. А. Скабалановича. «Потомство сравнило гонения, которым подвергался Галилей, с преследованиями, которые перенес Сократ. Сочувственное потомством перешло на сторону Галилея и народная фантазия сделала его героем и мучеником» (С. 74).

В отличие от современной ему светской истории науки, Н. А. Скабаланович, рассматривая суд над Галилеем, расставлял иные акценты. В стремлении противопоставить науку религии, историки XIX в. интенсивно разрабатывали сюжеты, которые можно объединить под рубрикой «мученики науки». И дело Галилея давало возможность показать противостояние религиозно–догматического и нарождающегося научного метода познания Нового времени. Н. А. Скабаланович же рассматривал этот процесс именно с историко–церковной точки зрения, находя возможным выдвинуть обвинения в адрес римской курии и ордена иезуитов.

В двух других статьях освещены вопросы религиозной борьбы турок с греко–славянским миром до завоевания Константинополя в 1453 г. и положение христианских общин на территории Османской империи до XIX в. Автор красочно рисует глумление над христианами, обращение их в рабство, насильственное обращение христиан в мусульманство, останавливается и на случаях обращения мусульман в христианство. Большое внимание Н. А. Скабаланович уделяет юридическому положению христианских общин и их внутренней жизни.

Советом Академии он был удостоен степени доктора богословия за сочинение «Византийское государство и Церковь в XI в., от смерти Василия II Болгаробойцы до воцарения Алексея I Комнина» и утвержден в ней указом Св. Синода от 21 мая 1884 г. за№ 1852.[10] Совет Санкт–Петербургской Духовной академии «…в собрании своем 17 августа 1884 г. по единогласному решению постановил на имеющуюся вакансию экстраординарного профессора избрать доцента по кафедре новой общей гражданской истории, доктора богословия Н. Скабалановича и об утверждении его в этом звании со дня избрания, а именно с 17 августа 1884 г. Документы предоставить Св. Синоду».[11] В Российском Государственном Историческом архиве имеется и решение Св. Синода: «Доцента СПб. Духовной академии, доктора богословия Н. Скабалановича, избранного Советом названной Академии, в звании экстраординарного профессора утвердить (Исполнено 4 октября 1884 г. )».[12]

С 1886 по 1892 гг. Н. А. Скабаланович состоял редактором «Церковного Вестника», в котором позднее он вел отдел, посвященный изложению и критической оценке отзывов в печати о текущих вопросах церковнообщественной жизни.

Материалы Центрального Государственного Исторического архива сохранили и точную дату ухода Н. А. Скабалановича из сферы активной научно–педагогической деятельности. Приводим выписку из Журнала заседания Совета Академии за 1903/ 1904 гг. (СПб., 1904. С. 16).

«XII. Слушали: Прошение заслуженного ординар, проф. Академии Н. А. Скабалановича: “В виду исполняющегося в 7–й день месяца сентября текущего 1903 года тридцатилетия моей службы в Академии, покорнейше прошу Совет ходатайствовать об увольнении меня с означенного времени (7 сентября) в отставку — с мундиром, занимаемой мною должности присвоенным”.

Определили: Выразив профессору Н. А. Скабалановичу желание Совета, чтобы он продолжал чтение лекций в Академии сверхштатным профессором, представить установленным порядком Святейшему Синоду об увольнении его с 7 сентября сего 1903 года, согласно прошению, от должности профессора Академии с правом ношения в отставке мундира; ходатайство же о назначении ему пенсии сообщить для зависящих распоряжений Правлению Академии.