Несколько раз подряд Никон отказывался от избрания и даже не захотел идти на собор. Тогда за ним было послано особое посольство во главе с двумя митрополитами и боярином В. В. Бутурлиным, заведовавшим Большим приказом, т. е. бывшим чем‑то вроде министра Двора и Удельных Имуществ. Несмотря на это, дипломатичный Никон снова отказался идти на собор и наконец был приведен туда почти силой. В ответ на предложение собора принять патриарший престол он снова категорически отказался, и тогда, по словам его же собственного рассказа, царь и весь собор сначала стали перед ним на колени, а затем “распростершись ниц” стали умолять его принять избрание[10]. Только после этого Никон условно согласился принять избрание, обратившись с речью к собору:

“Благочестивый царь, честные бояре, освященный собор, если угодил я вам, чтобы быть у вас патриархом, то дайте слово и обещание, что будете исполнять евангельские догматы, правила святых отцев и законы благочестивых царей. Если обещаете слушать меня во всем, как пастыреначальника и отца крайнейшего, то по желанию и прошению вашему не могу отрекаться от великого архиепископства”.

В ответ на это требование царь и собор обещали слушаться его во всем, что касается церковных дел[11].

Такова версия самого Никона, описавшего свое избрание через тринадцать лет после собора и накануне суда над ним. Вполне вероятно, что Никон несколько драматизировал обстановку своего избрания и придал слишком формальный характер обещаниям царя и собора повиноваться ему в вопросах церкви. В официальном акте об избрании Никона говорится кратко, но многозначительно: “Удалось умолить Никона быть патриархом с великой нуждой”[12]. Но поскольку грамота об избрании была лично редактирована царем, можно предполагать, что царь вычеркнул из акта фразы, умалявшие его достоинство, как, например, “распростершись ниц”, после того как драматичность и умиление напряженного момента прошли. Уже сам факт личной редакции этого документа аккуратным и тщательным в деталях царем показывает, что он хотел сам просмотреть и отделать по–своему записи о, может быть, уже тогда несколько неприятных моментах избрания. Во всяком случае такие разнообразные и вовсе не дружественные Никону современники избрания, как Аввакум, дьякон Федор, Родос и много знавший о русских церковных делах Павел Алеппский[13], свидетельствуют о том, что обстановка собора действительно была необычна и что она послужила упрочнению авторитета нового патриарха с первого же дня его избрания. В свою очередь, во введении в Служебник 1655 года[14], Никон ввел упоминание об обещании царя, а дружеские отношения между патриархом и Алексеем Михайловичем в 1652—1658 годах подтверждают, что царь признал авторитет своего “собинного друга”.

Через два дня произошла интронизация нового патриарха, прошедшая крайне торжественно и показавшая, что интересы Никона ограничиваются не только русской церковью, но и всем православным миром. Призывая Господне благословение на царя, Никон заговорил о мощи и росте московского государства. Он обещал молиться, чтобы “благочестивое царство прославилось от моря и до моря и от рек до конца вселенной” и сказал, что надеется, что “расточенное [потерянное] возвратится”, т. е. высказал надежду, что Россия снова вернет русские земли, захваченные поляками и шведами[15].

Первые месяцы пребывания Никона на патриаршем престоле не внесли перемен в русскую церковную политику. Новый патриарх энергично, планомерно и успешно продолжал проводить программу боголюбцев по поднятию нравственного уровня духовенства и народа, распространению проповеди и единогласного богослужения и охране русской церковной культуры от иноверных влияний. Теперь, после смерти патриарха Иосифа, консервативная оппозиция не могла уже остановить процесс оздоровления церкви. Обещание, данное царем и боярами на соборе, вырывало почву из‑под ног противников усиления церковного влияния из высшего правящего класса, которые так упорно сопротивлялись проповеди боголюбцев. Никон и царь, Вонифатьев и Неронов направляли все свои усилия на оздоровление страны и церкви и усиление православия. Церковная дисциплина часто возрождалась сама по себе уже при одном воспоминании, что новым патриархом является суровый, аскетический и не останавливающийся перед строгим наказанием Никон. Ряд новых достойных иерархов вроде Павла Коломенского и Макария Новгородского, которые были друзьями боголюбческого движения, были назначены на свободные епископские кафедры[16]. Под бдительным надзором боголюбцев и патриарха единогласие завоевывало все более и более прочные позиции в русском богослужебном обиходе.

Своей личной строгой жизнью, посвящением большего числа священников и дьяконов, посещением больниц, тюрем и богоугодных домов, приглашением на трапезы бедных и странников патриарх показывал пример другим иерархам и низшему духовенству. Помощь бедным и больным, столь характерная для работы боголюбцев, была заметной чертой и в деятельности Никона. Судя по расходным книгам патриаршего приказа, ни один глава русской церкви не оказывал столько помощи нуждающимся, как Никон. Он раздавал милостыню при каждом выходе и даже посылал деньги для улучшения пищи заключенных. Он нередко заходил в тюрьмы при Разбойном и других приказах, в Черную палату, оделяя заключенных едой и одеждой, заступаясь за невинных перед судом. Им были построены дома для инвалидов и стариков, а в годы голода и эпидемий он широко организовывал помощь пострадавшим. Нередко за его стол садилось свыше двухсот нищих и калек[17].