Такова версия самого Никона, описавшего свое избрание через тринадцать лет после собора и накануне суда над ним. Вполне вероятно, что Никон несколько драматизировал обстановку своего избрания и придал слишком формальный характер обещаниям царя и собора повиноваться ему в вопросах церкви. В официальном акте об избрании Никона говорится кратко, но многозначительно: “Удалось умолить Никона быть патриархом с великой нуждой”[12]. Но поскольку грамота об избрании была лично редактирована царем, можно предполагать, что царь вычеркнул из акта фразы, умалявшие его достоинство, как, например, “распростершись ниц”, после того как драматичность и умиление напряженного момента прошли. Уже сам факт личной редакции этого документа аккуратным и тщательным в деталях царем показывает, что он хотел сам просмотреть и отделать по–своему записи о, может быть, уже тогда несколько неприятных моментах избрания. Во всяком случае такие разнообразные и вовсе не дружественные Никону современники избрания, как Аввакум, дьякон Федор, Родос и много знавший о русских церковных делах Павел Алеппский[13], свидетельствуют о том, что обстановка собора действительно была необычна и что она послужила упрочнению авторитета нового патриарха с первого же дня его избрания. В свою очередь, во введении в Служебник 1655 года[14], Никон ввел упоминание об обещании царя, а дружеские отношения между патриархом и Алексеем Михайловичем в 1652—1658 годах подтверждают, что царь признал авторитет своего “собинного друга”.

Через два дня произошла интронизация нового патриарха, прошедшая крайне торжественно и показавшая, что интересы Никона ограничиваются не только русской церковью, но и всем православным миром. Призывая Господне благословение на царя, Никон заговорил о мощи и росте московского государства. Он обещал молиться, чтобы “благочестивое царство прославилось от моря и до моря и от рек до конца вселенной” и сказал, что надеется, что “расточенное [потерянное] возвратится”, т. е. высказал надежду, что Россия снова вернет русские земли, захваченные поляками и шведами[15].

Первые месяцы пребывания Никона на патриаршем престоле не внесли перемен в русскую церковную политику. Новый патриарх энергично, планомерно и успешно продолжал проводить программу боголюбцев по поднятию нравственного уровня духовенства и народа, распространению проповеди и единогласного богослужения и охране русской церковной культуры от иноверных влияний. Теперь, после смерти патриарха Иосифа, консервативная оппозиция не могла уже остановить процесс оздоровления церкви. Обещание, данное царем и боярами на соборе, вырывало почву из‑под ног противников усиления церковного влияния из высшего правящего класса, которые так упорно сопротивлялись проповеди боголюбцев. Никон и царь, Вонифатьев и Неронов направляли все свои усилия на оздоровление страны и церкви и усиление православия. Церковная дисциплина часто возрождалась сама по себе уже при одном воспоминании, что новым патриархом является суровый, аскетический и не останавливающийся перед строгим наказанием Никон. Ряд новых достойных иерархов вроде Павла Коломенского и Макария Новгородского, которые были друзьями боголюбческого движения, были назначены на свободные епископские кафедры[16]. Под бдительным надзором боголюбцев и патриарха единогласие завоевывало все более и более прочные позиции в русском богослужебном обиходе.

Своей личной строгой жизнью, посвящением большего числа священников и дьяконов, посещением больниц, тюрем и богоугодных домов, приглашением на трапезы бедных и странников патриарх показывал пример другим иерархам и низшему духовенству. Помощь бедным и больным, столь характерная для работы боголюбцев, была заметной чертой и в деятельности Никона. Судя по расходным книгам патриаршего приказа, ни один глава русской церкви не оказывал столько помощи нуждающимся, как Никон. Он раздавал милостыню при каждом выходе и даже посылал деньги для улучшения пищи заключенных. Он нередко заходил в тюрьмы при Разбойном и других приказах, в Черную палату, оделяя заключенных едой и одеждой, заступаясь за невинных перед судом. Им были построены дома для инвалидов и стариков, а в годы голода и эпидемий он широко организовывал помощь пострадавшим. Нередко за его стол садилось свыше двухсот нищих и калек[17].

Очень много внимания обращал Никон на строительство и улучшение уже существующих церквей и монастырей[18]. На Валдае, в своей бывшей новгородской епархии, он создает большой монастырский центр, обитель Божьей Матери Иверской, который вскоре превратился в один из самых богатых и цветущих монастырей России. По просьбе патриарха царь передал в ведение монастыря десятки сел с тысячами крепостных крестьян[19].

Оставаясь верным стремлениям боголюбцев повысить нравственность и благосостояние народа, патриарх продолжал борьбу с пьянством, бывшим одним из важнейших социальных зол России. Во время управления новгородской епархией он в этом отношении приобрел значительный опыт и теперь предложил правительству новую программу. Он указал, что потери от налогов по продаже алкоголя с успехом покроются доходами от вывоза хлеба, который будет сэкономлен от уменьшения винокурения. Под его давлением уже через семнадцать дней после его поставления в патриархи, 11 августа 1652 года, был издан указ, ограничивавший и даже совершенно запрещавший продажу водки по праздникам и некоторым постным дням. На каждый город оставлялся только один питейный дом, но и в нем продажа ограничивалась одной бутылкой на человека. В небольших деревнях питейные дома были совсем закрыты и продажа водки монахам и духовенству была запрещена[20]. Через четыре недели новый указ запрещал открывать новые и предписывал закрывать уже существующие кабаки в вотчинах и поместьях, и в результате этих указов деревня должна была быть почти что совершенно очищена не только от питейных домов[21], но и от ростовщиков, так как содержатели кабаков нередко сами одалживали крестьянам деньги для покупки водки.

Не менее энергично боролся Никон с возможным проникновением иноверных влияний и секуляризационных идей в среду русского народа, продолжая политику изоляции масс русского населения от иностранцев, уже начатую боголюбцами и Вонифатьевым.