В это время в Китае происходят серьезные внутриполитические изменения, связанные с ростом национализма и шовинистических идей. Это привело к упразднению Восточно-Азиатского Экзархата и к созданию автономной Китайской Православной Церкви. Русскому духовенству было предложено покинуть Китай. Состоялось передача всего недвижимого имущества Православной Церкви Китайской Народной Республике. Сам акт передачи состоялся 30 марта 1956 года.

27 февраля 1956 года из Китая уехал харбинский епископ Никандр, а 26 мая из страны уехал последний русский архиерей - архиепископ Виктор.

В конце 1957 года в Харбине оставалось до 5 тысяч православных, из них 2 тысячи ждали разрешения на выезд в СССР и Австралию.

Как и в СССР, в конце 50-х годов в Китае начались гонения на религию. В 1958 году в Харбине был закрыт и превращен в цирковое училище Благовещенский храм. Находившиеся в этом храме останки митрополита Мелетия были осквернены. Был закрыт и ряд других храмов города.

На рубеже 50-х - 60-х годов происходит резкий переворот во взаимоотношениях Китая и СССР. Сотрудничество во всех сферах было прекращено. В Советский Союз были отозваны все советские специалисты. Правительство КНР предложило покинуть страну всем русским, не имеющим китайского гражданства. С приближением "культурной революции" русских в Китае почти не осталось. Церковная жизнь была сведена фактически на нет. В 1964 году был закрыт последний русский православный храм в Пекине.[485]

Политика религиозной дискриминации проводилась и по отношению ко всем другим религиям страны. Сжигались деревянные статуи Будды, глиняные разбивались. Маленькие храмы в деревнях закрывались, большие превращались в склады сельхозинвентаря. Громились святые для конфуцианского Китая алтари предков, которые были в каждом китайском доме.[486]

3 марта 1965 года в Шанхае преставился последний китайский епископ - Симеон. После его кончины был закрыт Шанхайский кафедральный собор и превращен в биржу. Наступил черед закрытия последних храмов Харбина. С отъездом 28 августа 1965 года игуменьи Ариадны в США, был закрыт последний православный монастырь Китая.[487]

К 1966 году из 25 православных церквей,[488] существовавших ранее в Харбине, остался один кафедральный собор во имя святителя Николая, который хунвэйбины ("красные охранники" из числа маоистской молодежи) разнесли по бревнам[489] под предлогом, что в кресте, расположенном на его куполе, находится вражеская радиостанция, работающая на "советских ревизионистов".[490] С этого времени вплоть до середины 80-х годы ХХ века православные Китая остались фактически без единого храма, без богослужения, без таинств.

На западе Китая в Синьцзян-Уйгурском автономном округе также было довольно много русских, тем более что этот административный район граничит со среднеазиатскими республиками бывшего СССР.

Центром церковной жизни в Синьцзяне с конца 30-х годов был город Кульджа. Его православные жители в 1946 году возбудили перед Московской Патриархией ходатайство о назначении сюда священника из СССР. В Китае шла гражданская война, поэтому все приходы в Синьцзяне оказались в непосредственном подчинении Московского Патриархата. Лишь после восстановления связи с Пекином, православные Западного Китая снова вошли в общение с Российской Духовной Миссией в столице страны.

В 1954 году начался массовый отъезд русского населения в СССР и Австралию. Церковная жизнь в Синьцзяне постепенно приходит в упадок. К 1960 году в округе осталось всего 500 православных. В этом году в СССР уехал игумен Софроний (Иогель). В конце концов, в годы "культурной революции" в Синьцзяне, как и во всем Китае, были закрыты все православные храмы.

Несколько по-иному сложилась судьба Русского Православия в Сянгане (Гонконге), тогда еще британской колонии.

До начала Второй Мировой войны русская православная община, возглавляемая о. Димитрием (Успенским), собиралась для богослужений в англиканском храме. В годы военной оккупации многие русские, как и вообще европейцы попали в японские лагеря для пленных.

После войны гонконгская община во имя святых Первоверховных апостолов Петра и Павла перешла в юрисдикцию Московского Патриархата. Но прибывшие в Гонконг русские беженцы из Манчжурии в этом британском владении решили создать свой собственный приход. Домовой храм они устроили в гараже прихода Московского Патриархата. Но через несколько лет, в связи с отъездом беженцев из Пекина, он был закрыт. С окончательным утверждением коммунистов в Китае в 1949 году были прерваны связи Петропавловской общины с Восточно-Азиатским Экзархатом Московского Патриархата. В 1955 году в Гонконге осталось только 85 прихожан русской православной общины. Все они были против любых связей с Московской Патриархией, хотя формально входили в ее юрисдикцию.