Еще до получения известий из Москвы владыка Иоанн стал поминать за богослужением Патриарха Алексия I. То же самое сделал и епископ Виктор. Но 28 сентября 1945 года из Женевы на имя епископа Иоанна пришла телеграмма, посланная митрополитом Анастасием, с сообщением о том, что Зарубежный Синод функционирует. Владыка решил, что не следует переходить в юрисдикцию Московского Патриархата без благословения на то своего священноначалия. Он еще не знал, что епископ Виктор уже направил телеграмму Святейшему Патриарху Алексию. Только в октябре 1945 года, когда возобновилась связь между Пекином и Шанхаем, владыка Иоанн узнал об этом. Епископ Виктор согласился ждать положительного ответа со стороны митрополита Анастасия, тем более что сам митрополит Мелетий, представитель Зарубежного Синода, готов был перейти в юрисдикцию Московской Патриархии.[473] В это время за рубежом не было ни одного иерарха, который бы не хотел воссоединиться с Церковью на родине. Среди них был и архиепископ Димитрий (Вознесенский), решивший вернуться домой. Его отъезд в Москву состоялся 29 сентября 1946 года. В Москве он был назначен на покой в Псково-Печорский монастырь. Скончался архиерей через 4 месяца в Ленинграде и был похоронен на Охтенском кладбище. Владыка Димитрий был очень набожным и строгим к себе человеком. Народ его любил за доброту и любовь к службам церковным, которые он совершал три раза в неделю.[474]

По иному сложилось судьба сына епископа Димитрия - архимандрита Филарета (Вознесенского), не принявшего юрисдикцию Московского Патриархата. Он остановился в Харбине, отказался принять советский паспорт, который заставляли брать всех русских. Конечно же, такая его позиция могла повлечь за собой многие проблемы, которые ему все же удавалось преодолевать вплоть до начала 60-х годов. Неприятие всего советского усилило в его характере ригористический дух, в том числе, и по отношению к Московскому Патриархату. Архимандрит Филарет уехал из Китая только тогда, когда там почти не осталось русских. В 1963 году он стал епископом Брисбенским в Австралии, а уже в 1964 году был избран митрополитом и Первоиерархом Зарубежного Синода, преемником митрополита Анастасия.[475]

С конца 1945 по середину 1946 года Русская Православная Церковь в Китае переживала переходный период.

В июне 1946 года указом Патриарха Алексия I Восточно-Азиатский Митрополичий Округ был преобразован в Восточно-Азиатский Экзархат[476] во главе с митрополитом Нестором (Анисимовым), заменившим скончавшегося митрополита Мелетия. Епископ Иоанн (Максимович) был освобожден от Шанхайского викариатства с назначением туда епископа Ювеналия. Но владыка Иоанн отказался подчиняться архиепископу Виктору. К тому же, из Мюнхена пришла радиограмма, в которой сообщалось, что Шанхайский округ отныне преобразуется в самостоятельную епархию во главе с епископом Иоанном. Вскоре владыка Иоанн Шанхайский принимает китайское гражданство.

5 тысяч прихожан в Шанхае остались верны епископу Иоанну. За ним остались собор, приют имени святителя Тихона Задонского, подворье Харбинской женской обители и почти все храмы округа. Лишь в одном из районов Шанхая - Вэйсайде - для 10 тысяч человек, оставшихся на стороне архиепископа Виктора, было отдано помещение, которое было освящено как храм во имя Казанской иконы Божией Матери. Нужно сказать, что все сторонники Московского Патриархата приняли советское гражданство, а те, кто подчинился владыке Иоанну Шанхайскому, остались считаться эмигрантами[477]. В эти годы началось массовое возвращение всех, кто принял гражданство СССР, на Родину. Всех их ждали суровые испытания в стране, которая не была той старой Россией, из которой они уезжали в начале 20-х годов. Многих из новоприбывших ждали ссылки, каторги, лагеря. Особенно трагичной была судьба шанхайцев - репатриантов 1947 года, попавших в сети ГУЛАГа.[478]

В самом Китае во второй половине 40-х годов ХХ века шла гражданская война между Гоминьданом и коммунистическим правительством Северного Китая. Причем, нужно сказать, несмотря на все свои симпатии к китайским коммунистам, правительство СССР признавало руководителя Гоминдана Чан Кайши законным главой Китайской республики. И это продолжалось до 1949 года, когда стало ясно, что коммунисты в Китае победили.[479]

Гоминдановское правительство с подозрением относилось ко всем советским учреждениям на контролируемой им территории Китая. В списки подобных учреждений была занесена и Русская Духовная Миссия, возглавляемая архиепископом Виктором, принявшим советское гражданство. Зато существование Духовной Миссии во главе с китайским гражданином - епископом Иоанном - выглядело вполне законно.[480]

В это время в Харбине на посту Экзарха продолжал оставаться митрополит Нестор. Но 13 июня 1948 года он стал собираться на Собор в Москву. Утром 14 июня он был задержан китайскими коммунистическими властями по обвинению в антикоммунистической деятельности, что и было сообщено в Генконсульство СССР в Харбине. Владыка Нестор был депортирован в Советский Союз, где попал на 8 лет в ссылку в мордовский поселок Явас.[481]

С наступлением китайских коммунистов из объятого красным пламенем Китая белоэмигранты стали готовиться к эвакуации. В Шанхае еще осенью 1948 года проживало около 8 тысяч русских. Первая партия русских эмигрантов покинула город 14 января 1949 года на пароходе "Хван-Лен". Всего на этом пароходе уехало 600 русских беженцев. Перед отъездом всех их напутствовал владыка Иоанн Шанхайский. Часть русских эмигрантов оказалась на Тайване, но большинство отправилось на Филиппины, которые до конца 1949 года приняли 5 тысяч русских эмигрантов. Уже незадолго до захвата Шанхая коммунистами, 4 мая 1949 года, город покинул и владыка Иоанн.

К концу 1949 года коммунистические войска овладели всем континентальным Китаем, а 1 октября этого же года была провозглашена Китайская Народная Республика.

Исход русских из Китая предопределил дальнейшую судьбу Православия в этой стране. 24 января 1950 года Патриарх Алексий I декларировал о необходимости церковно-миссионерской деятельности, направленной на просвещение самих китайцев и на создание Китайской автономной Церкви.

30 июля 1950 года состоялась первая епископская хиротония для Китая. Первым епископом Китайской Церкви стал китаец по национальности владыка Симеона (Ду). После хиротонии он был направлен в Шанхай, в еще недавно кафедральный город епископа Иоанна (Максимовича). Здесь епископ Симеон не нашел общего языка с местным русским духовенством. В дальнейшем, не сложились у него отношения и с Экзархом - архиепископом Виктором.[482]

Несмотря на отъезд русских из Китая, все же в начале 50-х годов здесь еще проживало довольно много бывших подданных Российской империи и тех русских, которые родились уже в Китае. Так, согласно статистическим данным, в 1952 году Маньчжурское архиепископство насчитывало 60 приходов, 200 священников и до 100 тысяч прихожан[483]. Но русская диаспора в Китае постепенно таяла.

В одном Шанхае в начале 1953 года было около 2,5 тысяч европейцев, а к концу года их осталось всего не более 1-ой тысячи, в т.ч. 300 человек православных. К лету 1954 года русских в Шанхае насчитывалось уже только 200 человек. Возникла опасность закрытия всех приходских храмов города за неимением средств на их содержание. Но, невзирая на все эти трудности, в том числе и на трудности материального характера, Шанхайскому епархиальному управлению, удавалось еще издавать "Церковный листок", который, хотя и имел ограниченный объем всего в четыре страницы, все же информировал немногочисленную паству города о распорядке богослужений в храмах Шанхая, указывая дни престольных праздников, архиерейских служб и т.д. [484]