Сказав это, царь, оставив архиепископа, возвратился к себе во дворец. Спустя некоторое время Вахтанг действительно снарядил посольство к патриарху Константинопольскому Геннадию и отправил с ним Михаила, а вместе с актовыми делами вручил им и выбитый свой зуб, с настойчивым требованием прислать немедленно упомянутого архиепископа Петра и епископа Самуила и с ними одиннадцать других достойных епископов для управления всей Грузинской Церковью. По прибытии в Византию грузинско¬го посольства патриарх немедленно низложил Михаила и заточил его в обитель «неусыпающих». По совету императора Аеона с патриархом Геннадием отправили к Антиохийскому патриарху послов с требованием выслать требуемых Вахтангом лиц и вручили им нижеследующее письмо к нему.

«В начале просвещения Грузии женщиной Ниною, — говорилось в письме, — она получила епископа от нашего престола. По случаю войны между греками и персами Грузия не могла иметь епископа от Вашего престола, которому вместе с Грузией принадлежит и север, и восток по апостольскому благовестию».

Далее в письме описывались все дела Вахтанга и отношение его к Церкви, поступок архиепископа и его низложение. Просили немедленно посвятить нареченного царем Петра в архиепископы всей Грузии с признанием за ним всех прав самостоятельного епископа или католикоса и с ним вместе двенадцать достойных мужей в епископы, для управления Грузинской Церковью, и как можно скорее послать их в Константинополь, откуда вместе с принцессой должны были отправиться в Грузию.

Церковь Иверская до прибытия нового архиепископа с новым титулом «католикоса» находилась пока под управлением местных епархиальных епископов; надзор же над ними Вахтанг взял на себя.

Антиохия, около 488 года, почти против своего желания, наконец признала самостоятельность Иверской Церкви и послала в Константинополь двенадцать епископов с католикосом во главе их. Когда епископы прибыли в Византию, император весьма радушно принял их, снабдив всеми необходимыми принадлежностями для нового католикоса, церковной утварью и вместе со своей дочерью Еленой отправил их к Вахтангу, проводив их с войском до границ Грузии. Царь, узнав о приближении своей супруги и святых учеников чудотворца, вышел навстречу со всей знатью, любезно принял их и проводил в столицу, а затем, спустя некоторое время, пышно отпраздновал свою свадьбу, потом с подобающей честью возвел епископа Петра на апостольскую кафедру св. Нины.

Кафедра святых апостолов, основателей Грузинской Церкви, снова увидела у себя подобного первосвятителя, каким был Петр, достойный ученик святого Григория Назианзина. Вахтанг с его помощью принялся за устройство церкви; для самого католикоса в Мцхете, на месте прежде бывшего храма святого Мириана с животворящим столбом мцхетским, известным прежде под именем Сиони 102, заложил огромный кафедральный храм в честь Двенадцати Апостолов. Архиепископу Самуилу, по выражению летописи, предоставил Самтаврский храм с кафедрой города Мцхета, как викарию и наместнику католикосского престола. Затем для одних новоприезжих епископов открыл новые епархии, а другим предоставил прежде бывшие кафедры. И таким образом всех кафедр при нем открылось двенадцать, а именно: 1) Кларджетская, с главным храмом Асизским, 2) Артанская с храмом Эрушетским, основанным по повелению святого Константина Великого, 3) Джавахетская с храмом Цундским, 4) Манглисская, 5) Больнисская, 6) Руставская, 7) Нино-Цмидская, 8) Чермийская, 9) Челетская, 10) Хорнабуджская, 11) Агаракская и 12) Никозская с главным храмом усыпальницы святого первомученика Грузинской Церкви Раждена.

Открыв эти кафедры и поставив во главе их независимого католикоса Мцхетского, предоставил Грузинской Церкви полное самоуправление, не отдавая никакого отчета ни одному из патриархов Востока 103, но еще некоторое время  право посвящения и утверждения католикосов в их звании оставлено было за антиохийским первосвятителем. Вскоре Церковь Грузинская избавилась и от этого стеснительного для себя положения; дела же, касающиеся церковных вероопределений, Грузинская Церковь всецело переносила на рассмотрение вселенских патриархов и Соборов, как увидим дальше.