Антиохия, около 488 года, почти против своего желания, наконец признала самостоятельность Иверской Церкви и послала в Константинополь двенадцать епископов с католикосом во главе их. Когда епископы прибыли в Византию, император весьма радушно принял их, снабдив всеми необходимыми принадлежностями для нового католикоса, церковной утварью и вместе со своей дочерью Еленой отправил их к Вахтангу, проводив их с войском до границ Грузии. Царь, узнав о приближении своей супруги и святых учеников чудотворца, вышел навстречу со всей знатью, любезно принял их и проводил в столицу, а затем, спустя некоторое время, пышно отпраздновал свою свадьбу, потом с подобающей честью возвел епископа Петра на апостольскую кафедру св. Нины.

Кафедра святых апостолов, основателей Грузинской Церкви, снова увидела у себя подобного первосвятителя, каким был Петр, достойный ученик святого Григория Назианзина. Вахтанг с его помощью принялся за устройство церкви; для самого католикоса в Мцхете, на месте прежде бывшего храма святого Мириана с животворящим столбом мцхетским, известным прежде под именем Сиони 102, заложил огромный кафедральный храм в честь Двенадцати Апостолов. Архиепископу Самуилу, по выражению летописи, предоставил Самтаврский храм с кафедрой города Мцхета, как викарию и наместнику католикосского престола. Затем для одних новоприезжих епископов открыл новые епархии, а другим предоставил прежде бывшие кафедры. И таким образом всех кафедр при нем открылось двенадцать, а именно: 1) Кларджетская, с главным храмом Асизским, 2) Артанская с храмом Эрушетским, основанным по повелению святого Константина Великого, 3) Джавахетская с храмом Цундским, 4) Манглисская, 5) Больнисская, 6) Руставская, 7) Нино-Цмидская, 8) Чермийская, 9) Челетская, 10) Хорнабуджская, 11) Агаракская и 12) Никозская с главным храмом усыпальницы святого первомученика Грузинской Церкви Раждена.

Открыв эти кафедры и поставив во главе их независимого католикоса Мцхетского, предоставил Грузинской Церкви полное самоуправление, не отдавая никакого отчета ни одному из патриархов Востока 103, но еще некоторое время  право посвящения и утверждения католикосов в их звании оставлено было за антиохийским первосвятителем. Вскоре Церковь Грузинская избавилась и от этого стеснительного для себя положения; дела же, касающиеся церковных вероопределений, Грузинская Церковь всецело переносила на рассмотрение вселенских патриархов и Соборов, как увидим дальше.

С устроением упомянутых кафедр царь имел в виду образование и просвещение юной Церкви с целью поставить ее на один уровень с прочими Церквами Востока. Для этого при главных кафедральных храмах обязал всех епископов учредить школы, где должна была обучаться грузинская молодежь. Надзору епископов поручено было все духовенство, народ всей епархии и, наконец, благосостояние управляемых областей.

При этом Вахтанг главное свое внимание обратил на священные книги, частью плохо переведенные, а частью искаженные до него разными переписчиками. Для этого приказал снова предпринять переводы главных богослужебных книг по подлинникам греческим и сирийским и строго предписал всему духовенству иметь бдительный надзор за исправностью священных книг и на основании их искоренять всевозможные суеверия, оставшиеся в народе еще от язычества. Для большего успеха духовно-гражданского развития своего царства царь отдаленные провинции поручил своим детям, чтобы иметь через них непосредственный надзор равно над всеми. Сами же областные правители поручены были надзору областных епископов, во избежание же особенных столкновений они оба безусловно подчинялись ведению царя. Каждый из них отдельно должен был доносить своему повелителю отчеты о состоянии вверенной области или страны. Такими средствами царь содействовал укреплению и духовному развитию молодой Церкви и самого государства.

Вскоре Вахтанг достиг желаемой цели. Церковь стала процветать под его мощной рукой, и, несмотря на все государственные неурядицы, происходившие при преемниках его, народ остался твердым в вере, завещанной святой Ниной. Конечно, всему этому Грузинская Церковь обязана прежде всего трудам и покровительству Вахтанга Великого.

Несмотря, однако, на все благополучие, ей пришлось весьма скоро лишиться любимого ею царя-защитника. Умер зять Вахтанга персидский царь Фируз, и на престол взошел преемник его жестокий Кабад (491—531 гг.), весьма недоброжелательно относившийся к грекам и стремившийся к восстановлению древнего персидского владычества 104 с его огнепоклонничеством.